16S/18S/ITS AMPLICON Sekvencing-pacbio
Servisné funkcie
● Platforma na sekvenovanie: PacBio Revio
● Režim sekvenovania: CCS (HIFI číta)
● Amplifikácia cieľovej oblasti, po ktorej nasleduje tandemové prepojenie amplikónov pred prípravou knižnice HIFI SMRT Bell
Výhody
●Vyššie taxonomické rozlíšenie: THan krátkodobé sekvenovanie,umožnenie vyšších miery klasifikácie OTU na úrovni druhov.
●Vysoko presné základné volanie: Sekvenovanie režimu PACBIO CCS (HIFI číta).
●Bez izolácie: Rýchla identifikácia mikrobiálneho zloženia vo vzorkách životného prostredia.
●Uplatniteľné: Rôzne štúdie mikrobiálnej komunity.
●Komplexná bioinformatická analýza: Najnovší balík QIIME2 (kvantitatívny pohľad na mikrobiálnu ekológiu) s rôznymi analýzami z hľadiska databázy, anotácie, OTU/ASV.
●Rozsiahla odbornosť: S tisíckami projektov na sekvenovanie amplikónov, ktoré sa uskutočňujú každoročne, BMKGene prináša desaťročie skúseností, vysoko kvalifikovaný analytický tím, komplexný obsah a vynikajúcu podporu po predaji.
Špecifikácia služieb
| Knižnica | Stratégia | Odporúčané údaje |
| Amplikón | Pacbio Revio | 30/30/50 K značky (CCS) |
Vzorové požiadavky
| Koncentrácia (ng/µl) | Celkové množstvo (µg) | Objem (ul) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥ 20 |
Odporúčané doručenie vzorky
Vzorky zmrazte v tekutom dusíku na 3-4 hodiny a skladujte v tekutom dusíku alebo -80 stupňa na dlhodobú rezerváciu. Vyžaduje sa preprava vzorky so suchým ľadom.
Pracovný tok služieb
Dodanie vzorky
Konštrukcia knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Služby po predaji
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
● Spracované riadenie kvality údajov
● OTU Clustering/De-Noise (ASV)
● Anotácia OTU
● Analýza diverzity alfa: viac indexov vrátane Shannona, Simpsona a ACE.
● Analýza beta rozmanitosti
● Analýza medzi skupinami
● Korelačná analýza: medzi environmentálnymi faktormi a zložením a rozmanitosťou Out
● Predikcia funkčného génu 16S
Histogram taxonomického rozdelenia
Distribúcia komunity fylogenetický strom
Analýza diverzity alfa: Ace
index
Analýza rozmanitosti beta: PCOA
Analýza medziskupín: ANOVA
Preskúmajte pokroky uľahčené spoločnosťou BMKGene's AmpliCON Sekvencing Services s PacBIO prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Gao, X. a Wang, H. (2023) „Porovnávacia analýza bakteriálnych profilov a funkcií v bachore počas adaptácie na rôzne fenológia (Regreen vs. Grassy) v alpských oviec s dvoma rastúcimi štádiami na alpskej lúke“, fermentácia, 9 ( 1), s. 16. doi: 10,3390/fermentácia9010016/s1.
Li, S. a kol. (2023) „Zachytenie mikrobiálnej tmavej hmoty v púštnych pôdach pomocou metagenomiky založenej na kultúre a analýzy s vysokým rozlíšením“, NPJ biofilmy a mikrobiómy 2023 9: 1, 9 (1), s. 1–14. doi: 10,1038/S41522-023-00439-8.
Mu, L. a kol. (2022) „Účinky solí mastných kyselín na fermentačné charakteristiky, bakteriálnu diverzitu a aeróbnu stabilitu zmiešanej siláže pripravenej s lucerna, ryžovými slamami a pšenicami“, Journal of Science of Food and Agriculture, 102 (4), s. 1475– 1487. doi: 10.1002/jsfa.11482.
Yang, J. a kol. (2023) „Interakcia medzi biomarkermi oxidačného stresu a črevnou mikrobiotou pri antioxidačných účinkoch extraktov z Sonchus brachyotus dc. V oxidačnom strese indukovanom oxazolónom u dospelých zebrafish ', Antioxidants 2023, zv. 12, strana 192, 12 (1), s. 192. Doi: 10,3390/antiox12010192.
