16S/18S/ITS Amplikónové sekvenovanie-NGS
Funkcie služby
● Sekvenčná platforma: Illumina NovaSeq.
● Zosilnenie krátkych oblastí 16S, 18S a ITS, okrem iných cieľov zosilnenia.
● Flexibilný výber amplikónu.
● Predchádzajúce projektové skúsenosti s viacerými cieľmi zosilnenia.
Výhody služby
●Bez izolácie:Rýchla identifikácia mikrobiálneho zloženia vo vzorkách životného prostredia.
●Vysoké rozlíšenie: V málo zastúpených zložkách vo vzorkách životného prostredia.
●Široko použiteľné: Rôzne štúdie mikrobiálnych spoločenstiev.
●Komplexná bioinformatická analýza: Najnovší balík QIIME2 (kvantitatívny pohľad do mikrobiálnej ekológie) s rôznymi analýzami z hľadiska databázy, anotácie, OTU/ASV.
●Rozsiahla odbornosť: So 150 000 projektmi sekvenovania amplikónov ročne, BMKGENE prináša viac ako desaťročné skúsenosti, vysoko kvalifikovaný analytický tím, komplexný obsah a vynikajúcu popredajnú podporu.
Špecifikácie služby
| Knižnica | Stratégia sekvenovania | Odporúčané údaje |
| Amplikon | Illumina PE250 | 50/100/300 000 štítkov (prečítané páry) |
Požiadavky na služby
| Koncentrácia (ng/µL) | Celková suma (ng) | Objem (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Pôda/kal: 1-2g
● Črevný obsah-zviera: 0,5-2g
● Črevný obsah-hmyz: 0,1-0,25g
● Povrch rastliny (obohatený sediment): 0,1-0,5g
● Sediment obohatený fermentačným bujónom): 0,1-0,5g
● Výkaly (veľké zvieratá): 0,5-2g
● Výkaly (myš): 3-5 zŕn
● Pľúcna alveolárna laváž: filtračný papier
● Vaginálny tampón: 5-6 tampónov
● Kožný/genitálny tampón/sliny/ústne mäkké tkanivo/faryngeálny tampón/rektálny tampón: 2-3 tampóny
● Povrchové mikroorganizmy: filtračný papier
● Vodné teleso/vzduch/biofilm: filtračný papier
● Endofyty: 1-2g
● Zubný povlak: 0,5-1g
Tok servisných prác
Doručenie vzorky
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza údajov
Popredajné služby
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
- Kontrola kvality nespracovaných údajov
- Klastrovanie OTU/Odhlučnenie (ASV)
- anotácia OTU
- Alfa analýza diverzity: viaceré indexy, vrátane Shannon, Simpson a ACE.
- Beta analýza diverzity
- Medziskupinová analýza
- Korelačná analýza: medzi environmentálnymi faktormi a zložením a diverzitou OUT
- Predikcia funkčného génu 16S
Histogram taxonomického rozdelenia
taxonomická abundancia zoskupujúca tepelná mapa
Analýza diverzity alfa: krivka zriedenia
analýza beta diverzity: NMDS
Medziskupinová analýza: objav biomarkerov LEFSE
Preskúmajte pokroky, ktoré uľahčujú služby sekvenovania amplikónov BMKGene s Illumina prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Dong, C. a kol. (2022) „Zostavenie, jadro mikrobioty a funkcia rhizosférickej pôdy a mikrobioty kôry v Eucommia ulmoides“, Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. a kol. (2023) „Transplantácia konzorcií syntetických baktérií na liečbu bakteriálnej vaginózy vyvolanej Gardnerella vaginalis u myší“, Microbiom, 11 (1), s. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. a Liu, H. (2022) „Mikrobiómy vzdušného prachu zozbieraného počas pozemného uzavretého bioregeneračného experimentu na podporu života „Lunar Palace 365“, Environmentálne mikrobiómy, 17(1), s. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. a kol. (2022) „Hojnosť funkčných génov súvisiacich s transformáciou dusíka riadená stratou dusíka pri kompostovaní závislá od suroviny“, Bioresource Technology, 361, s. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
