10x genomický priestorový transkriptóm Visium
Technická schéma
Funkcie
● Rozlíšenie: 100 µm
● Priemer bodu: 55 µm
● Počet miest: 4992
● Oblasť zachytenia: 6,5 x 6,5 mm
● Každé miesto s čiapkou je naložené primérmi zloženými zo 4 sekcií:
- poly (DT) chvost na priming mRNA a syntézu cDNA
- jedinečný molekulárny identifikátor (UMI) na nápravu zosilnenia
- Priestorový čiarový kód
- väzobná sekvencia čiastočného čítania 1 sekvencovací primer
● H&E farbenie sekcií
Výhody
●Jednorazová služba: Integruje všetky skúsenosti a kroky založené na zručnostiach, vrátane kryo oddielu, farbenia, optimalizácie tkanív, priestorového čiarového kódovania, prípravy knižnice, sekvenovania a bioinformatiky.
● Vysoko kvalifikovaný technický tím: so skúsenosťami s viac ako 250 druhmi tkanív a 100+ druhov vrátane človeka, myši, cicavcov, rýb a rastlín.
●Aktualizácia celého projektu v reálnom čase: s úplnou kontrolou experimentálneho pokroku.
●Komplexná štandardná bioinformatika:Balík obsahuje 29 analýz a 100+ vysokokvalitných čísel.
●Prispôsobená analýza a vizualizácia údajov: K dispozícii pre rôzne požiadavky na výskum.
●Voliteľná spoločná analýza so sekvencovaním mRNA s jednou bunkou
Špecifikácie
| Vzorové požiadavky | Knižnica | Stratégia | Odporúčané údaje | Kontrola kvality |
| Vzorky kryo zapustené z októbra (Optimálny priemer: približne 6x6x6 mm³) 2 bloky na vzorku | 10x Visium cDNA knižnica | Illumina PE150 | 50 000 PE číta na miesto (60 GB) | Rin> 7 |
Viac informácií o usmerňovaní prípravy vzoriek a pracovnom toku služieb, neváhajte a porozprávajte sa s aBmkgene expert
Pracovný tok služieb
Vo fáze prípravy vzorky sa vykonáva počiatočná skúška extrakcie objemovej RNA, aby sa zabezpečila získanie vysoko kvalitnej RNA. V štádiu optimalizácie tkanív sú rezy zafarbené a vizualizované a sú optimalizované podmienky permeabilizácie pre uvoľňovanie mRNA z tkaniva. Optimalizovaný protokol sa potom aplikuje počas konštrukcie knižnice, po ktorom nasleduje sekvenovanie a analýza údajov.
Kompletný servisný pracovný postup zahŕňa aktualizácie v reálnom čase a potvrdenia klienta, aby sa udržala responzívna slučka spätnej väzby, čím sa zabezpečila hladké vykonanie projektu.
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
Kontrola kvality údajov:
o Výstup údajov a distribúcia skóre kvality
o Detekcia génov na miesto
o Tkanivové pokrytie
Analýza vnútornej vzorky:
o Génové bohatstvo
o Zoskupovanie bodov vrátane analýzy zníženej dimenzie
o Analýza diferenciálnej expresie medzi zhlukami: identifikácia markerových génov
o Funkčná anotácia a obohatenie markerových génov
Analýza medzi skupinami
o Opätovná komikcia škvŕn z oboch vzoriek (napr. choré a kontrola) a opätovného zoskupenia
o Identifikácia markerových génov pre každý klaster
o Funkčná anotácia a obohatenie markerových génov
o Diferenciálna expresia toho istého zhluku medzi skupinami
Analýza vnútornej vzorky
Zoskupovanie
Identifikácia markerových génov a priestorové rozloženie
Analýza medzi skupinami
Kombinácia údajov z oboch skupín a opätovného zoskupenia
Markerové gény nových zhlukov
Preskúmajte pokroky uľahčené spoločnosťou BMKGene's Spatial Transcriptomics Service od spoločnosti 10X Visium v týchto uvedených publikáciách:
Chen, D. a kol. (2023) „MTHL1, potenciálny homológ Drosophila adhézie cicavcov GPCRS, je zapojený do protinádorových reakcií na injikované onkogénne bunky v muškách“,Zborník Národnej akadémie vied Spojených štátov amerických, 120 (30), s. E2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. a kol. (2023) „oceľ umožňuje vymedzenie priestorových transkriptomických údajov“,Briefingy v bioinformatike, 24 (2), str. 1–10. doi: 10,1093/bib/bbad068.
Liu, C. a kol. (2022) „Spatiotemporálny atlas organogenézy pri vývoji kvetov orchideí“,Výskum nukleových kyselín, 50 (17), str. 9724 - 9737. doi: 10.1093/nar/gkac773.
Wang, J. a kol. (2023) „Integrácia priestorovej transkriptomiky a sekvenovania RNA s jednou nukleusom odhaľuje potenciálne terapeutické stratégie pre leiomyóm maternice“,Medzinárodný denník biologických vied, 19 (8), s. 2515 - 2530. doi: 10,7150/ijbs.83510.
