තනි-න්යෂ්ටික RNA අනුක්රමය
තාක්ෂණික යෝජනා ක්රමය
ද්විත්ව හරස් මාර්ග සහිත නාලිකා අටක ක්ෂුද්‍ර තරල පද්ධතියකින් සමන්විත 10× Genomics Chromium™ මගින් න්‍යෂ්ටීන් හුදකලා කිරීම සාක්ෂාත් කරගනු ලැබේ. මෙම පද්ධතිය තුළ, බාර්කෝඩ් සහ ප්‍රයිමර් සහිත ජෙල් පබළු, එන්සයිම සහ තනි න්‍යෂ්ටියක් නැනෝලිටර ප්‍රමාණයේ තෙල් බිංදුවක කොටු කර, ජෙල් බීඩ්-ඉමල්ෂන් (ජීඊඑම්) ජනනය කරයි. GEM සෑදූ පසු, සෛල විනාශ කිරීම සහ තීරු කේත මුදා හැරීම සෑම GEM එකකම සිදු කෙරේ. mRNA 10× තීරු කේත සහ UMI සහිත cDNA අණු බවට ප්‍රතිලෝම පිටපත් කරනු ලැබේ, ඒවා තවදුරටත් සම්මත අනුක්‍රමික පුස්තකාල ඉදිකිරීමට යටත් වේ.
විශේෂාංග
● ශීත කළ පටක වලින් තනි න්යෂ්ටික අත්හිටුවීම සකස් කිරීම
● cDNA සංස්ලේෂණයෙන් පසුව Gel Bead-in-Emulsion (GEM) සෑදීම
● GEM එකක එක් එක් පබළු කොටස් 4කින් සමන්විත ප්‍රයිමර් වලින් පුරවා ඇත:
mRNA ප්‍රාථමිකකරණය සහ cDNA සංස්ලේෂණය සඳහා පොලි(dT) වලිගය,
විස්තාරණ නැඹුරුව නිවැරදි කිරීමට අද්විතීය අණුක හඳුනාගැනීම (UMI).
10x තීරු කේතය
අර්ධ කියවීම 1 අනුක්‍රමික ප්‍රාථමිකයේ බන්ධන අනුපිළිවෙල
වාසි
තනි-න්යෂ්ටිය RNA අනුක්‍රමණය තනි සෛල RNA අනුක්‍රමණයේ සීමාවන් මග හරියි, සක්‍රීය කරයි:
● ශීත කළ සාම්පල භාවිතය සහ නැවුම් සාම්පලවලට පමණක් සීමා නොවේ
● නැවුම් සෛලවල එන්සයිම ප්‍රතිකාර හා සසඳන විට ශීත කළ සෛලවල අඩු ආතතිය, අඩු ආතතිය-ප්‍රේරිත ජානවල පිටපත් දත්තවල පිළිබිඹු වේ
● රතු රුධිර සෛල කලින් ඉවත් කිරීම අවශ්ය නොවේ
● අසීමිත සෛල විෂ්කම්භය
● පටක විඝටනය වීමේදී සෛල කැටි ගැසීමට හෝ විනාශ වීමට ඉඩ ඇති සංකීර්ණ හා බිඳෙන සුළු පටක වර්ග ඇතුළුව විශ්ලේෂණය සඳහා සුදුසුකම් ඇති සාම්පල විශාල පෙළක්
තනි සෛල RNA අනුක්‍රමණය මගින් විශ්ලේෂණය කළ නොහැකි සහ තනි න්යෂ්ටික RNA අනුක්‍රමණය සඳහා සුදුසුකම් ලබන සාම්පල:
| සෛල / පටක | හේතුව |
| නැවුම් ශීත කළ පටක | නැවුම් හෝ දිගු කාලයක් සුරැකි සංවිධාන ලබා ගැනීමට නොහැක |
| මාංශ පේශී සෛල, මෙගාකාරියෝසයිට්, මේදය... | උපකරණයට ඇතුළු වීමට සෛල විෂ්කම්භය විශාල වැඩිය |
| අක්මාව… | කැඩීමට නොහැකි තරම් බිඳෙන සුළුය, තනි සෛල වෙන්කර හඳුනාගත නොහැක |
| නියුරෝන සෛල, මොළය... | වඩාත් සංවේදී, ආතතියට පහසු, අනුපිළිවෙල ප්රතිඵල වෙනස් කරනු ඇත |
| අග්න්‍යාශය, තයිරොයිඩ්… | ආවේණික එන්සයිම වලින් පොහොසත්, තනි සෛල අත්හිටුවීම නිෂ්පාදනයට බලපායි |
තනි න්යෂ්ටිය එදිරිව තනි සෛලය
| තනි-න්යෂ්ටිය | තනි සෛලය |
| අසීමිත සෛල විෂ්කම්භය | සෛල විෂ්කම්භය: 10-40 μm |
| ද්රව්යය ශීත කළ පටක විය හැක | ද්රව්යය නැවුම් පටක විය යුතුය |
| ශීත කළ සෛලවල අඩු ආතතිය | එන්සයිම ප්‍රතිකාර මගින් සෛල ආතති ප්‍රතික්‍රියාව ඇති විය හැක |
| රතු රුධිර සෛල ඉවත් කිරීම අවශ්ය නොවේ | රතු රුධිර සෛල ඉවත් කිරීම අවශ්ය වේ |
| න්යෂ්ටික ප්රකාශන ජෛව තොරතුරු | මුළු සෛලයම ජෛව තොරතුරු ප්‍රකාශ කරයි |
පිරිවිතර
| නියැදි අවශ්යතා | පුස්තකාලය | අනුපිළිවෙල උපාය | නිර්දේශිත දත්ත | තත්ත්ව පාලනය |
| සත්ව පටක ≥ 200 mg ශාක පටක ≥ 400 mg | 10x Genomics sn cDNA පුස්තකාලය | Illumina PE150 | සෛලයකට 100K PE කියවීම් (100-200 Gb) | 700-1200 න්‍යෂ්ටි/μl සහ න්‍යෂ්ටියේ අඛණ්ඩතාව අන්වීක්ෂය යටතේ නිරීක්ෂණය විය |
නියැදි සකස් කිරීමේ මාර්ගෝපදේශය සහ සේවා කාර්ය ප්රවාහය පිළිබඳ වැඩි විස්තර සඳහා කරුණාකර කතා කිරීමට නිදහස් වන්න aBMKGENE විශේෂඥ
සේවා වැඩ ප්රවාහය
පහත විශ්ලේෂණය ඇතුළත් වේ:
● තත්ත්ව පාලනය: සෛල ගණන, ජාන හඳුනාගැනීම, සෛල නිවැරදිව හඳුනාගැනීම, RNA අණු සහ ප්රකාශන ප්‍රමාණකරණය
● අභ්යන්තර නියැදි විශ්ලේෂණය:
සෛල පොකුරු කිරීම සහ පොකුරු අනුසටහන
අවකල ප්රකාශන විශ්ලේෂණය: පොකුරු වල DEG හඳුනාගැනීම
ක්‍රියාකාරී විවරණ සහ පොකුරු DEGs පොහොසත් කිරීම
● අන්තර් කණ්ඩායම් විශ්ලේෂණය:
දත්ත සංයෝජනය
අවකල ප්රකාශන විශ්ලේෂණය: කණ්ඩායම් වශයෙන් DEG හඳුනාගැනීම
කණ්ඩායම් DEG වල ක්‍රියාකාරී විවරණ සහ පොහොසත් කිරීම
● උසස් විශ්ලේෂණය:
සෛල චක්රය විශ්ලේෂණය
ව්යාජ කාල විශ්ලේෂණය
සෛල සන්නිවේදන විශ්ලේෂණය (CellPhoneDB)
ජාන කට්ටල පොහොසත් කිරීමේ විශ්ලේෂණය (GSEA)
අභ්යන්තර නියැදි විශ්ලේෂණය
සෛල පොකුරු කිරීම:
අවකල ප්රකාශන විශ්ලේෂණය: පොකුරු DEGs
අන්තර් කණ්ඩායම් විශ්ලේෂණය
අවකල ප්රකාශන විශ්ලේෂණය: කණ්ඩායම් DEGs
උසස් විශ්ලේෂණය:
ව්යාජ කාල විශ්ලේෂණය:
සෛල චක්රය විශ්ලේෂණය:
මෙම විශේෂාංගගත ප්‍රකාශනවල 10X Chromium මගින් BMKGene හි තනි-න්යෂ්ටික RNA අනුක්‍රමික සේවා මගින් පහසුකම් සපයන දියුණුව ගවේෂණය කරන්න:
වැන්ග්, එල්. සහ අල්. (2021) 'තනි සෛල පිටපත් කිරීමේ විශ්ලේෂණය ස්ටෙරොයිඩ්-ප්‍රතිරෝධී ඇදුම උග්‍රවීමේදී පෙනහළු වල ප්රතිශක්තිකරණ භූ දර්ශනය හෙළි කරයි',ඇමරිකා එක්සත් ජනපදයේ ජාතික විද්‍යා ඇකඩමියේ ක්‍රියාදාමයන්, 118(2), පි. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) 'සොහොන්' රෝගය සහ හෂිමොටෝගේ තයිරොයිඩයිටිස් හි ක්ෂුද්‍ර පරිසරයේ ප්රතිශක්තිකරණ සෛල තුළ අක්‍රීය ජාන ප්‍රකාශනය සහ අසාමාන්‍ය පරිවෘත්තීය සංඥා සඳහා ගෝලීය නියාමන ජාලයක්',ප්රතිශක්තිකරණ විද්යාවෙහි මායිම්, 13, පි. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
Tian, H. et al. (2023) 'තනි සෛල පිටපත් කිරීම මගින් flounder (Paralichthys olivaceus) හි අක්‍රිය වූ Edwardsiella tarda සමඟ එන්නත් කිරීමෙන් පසු ලියුකෝසයිට් වල විෂමතාවය සහ ප්රතිශක්තිකරණ ප්‍රතිචාර අනාවරණය කරයි',ජලජීවී වගාව, 566, පි. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
යූ, වයි සහ අල්. (2023) 'ආමාශ පිළිකා ඇති රෝගීන්ගේ පිළිකා නාශක ප්‍රතිශක්තිය ප්‍රතිනිර්මාණය කිරීම හරහා ප්රතිශක්තිකරණ මුරපොල නිෂේධකවල ප්‍රතිඵලය ඡායා ගතික චිකිත්සාව වැඩි දියුණු කරයි',ආමාශ පිළිකා, 26(5), පි. 798-813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
