Prokaryotic RNA අනුක්‍රමණය
විශේෂාංග
● RNA නියැදි සැකසීමේදී rRNA ක්ෂය වීම සහ දිශානුගත RNA පුස්තකාලය සකස් කිරීම ඇතුළත් විය.
● යොමු ජෙනෝමයකට පෙළගැස්වීම මත පදනම් වූ ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය
● විශ්ලේෂණයට ජාන ප්‍රකාශනය සහ DEGs පමණක් නොව පිටපත් ව්‍යුහය සහ sRNA විශ්ලේෂණය ද ඇතුළත් වේ
සේවා වාසි
●දැඩි තත්ත්ව පාලනය: අපි නියැදි සහ පුස්තකාල සැකසීමේ සිට අනුක්‍රමණය කිරීම සහ ජෛව තොරතුරු විද්‍යාව දක්වා සියලුම අදියරයන් හරහා මූලික පාලන ලක්ෂ්‍ය ක්‍රියාත්මක කරමු. මෙම සුපරික්ෂාකාරී අධීක්‍ෂණය අඛණ්ඩව උසස් තත්ත්වයේ ප්‍රතිඵල ලබා දීම සහතික කරයි.
●නූල්-විශේෂිත අනුක්‍රමික දත්ත: RNA පුස්තකාලය සකස් කිරීම දිශානුගත වීම නිසා, ප්‍රති-සංවේද පිටපත් හඳුනාගැනීම සක්‍රීය කරයි.
●ප්‍රොකැරියෝටික් ට්‍රාන්ස්ක්‍රිප්ටෝම් වලට ගැලපෙන සම්පූර්ණ විශ්ලේෂණය: ජෛව තොරතුරු නල මාර්ගයට ජාන ප්‍රකාශනය පිළිබඳ විශ්ලේෂණය පමණක් නොව, ඔපෙරෝන්, යූටීආර් සහ ප්‍රවර්ධකයින් හඳුනා ගැනීම ඇතුළුව පිටපත් ව්‍යුහය විශ්ලේෂණය කිරීම ද ඇතුළත් වේ. එයට sRNA විශ්ලේෂණය, එනම් ද්විතියික ව්‍යුහය සහ ඉලක්ක පිළිබඳ විවරණ සහ අනාවැකි ද ඇතුළත් වේ.
●අලෙවියෙන් පසු සහාය: අපගේ කැපවීම ව්‍යාපෘති නිම කිරීමෙන් ඔබ්බට මාස 3ක අලෙවියෙන් පසු සේවා කාලයක් සමඟින් දීර්ඝ වේ. මෙම කාලය තුළ, අපි ව්‍යාපෘති පසු විපරම්, දෝශ නිරාකරණ සහාය, සහ ප්‍රතිඵලවලට අදාළ ඕනෑම විමසීමක් විසඳීමට ප්‍රශ්න සහ පිළිතුරු සැසි පිරිනමන්නෙමු.
නියැදි අවශ්‍යතා සහ භාරදීම
| පුස්තකාලය | අනුපිළිවෙල උපාය | නිර්දේශිත දත්ත | තත්ත්ව පාලනය |
| rRNA ක්ෂය වූ දිශානුගත පුස්තකාලය | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
නියැදි අවශ්‍යතා:
| Conc.(ng/μl) | මුදල (μg) | පිරිසිදුකම | අඛණ්ඩතාව |
| ≥50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 සීමිත හෝ ප්‍රෝටීන් හෝ DNA දූෂණය ජෙල් මත නොපෙන්වයි. | RIN≥6.5 |
නිර්දේශිත සාම්පල භාරදීම
බහාලුම්: 2 ml කේන්ද්රාපසාරී නළය (ටින් තීරු නිර්දේශ නොකරයි)
නියැදි ලේබල් කිරීම: සමූහ+ප්‍රතිනිර්මාණය උදා: A1, A2, A3; B1, B2, B3.
නැව්ගත කිරීම:
1. වියළි අයිස්: සාම්පල බෑග්වල අසුරා වියළි අයිස්වල තැන්පත් කළ යුතුය.
2. RNA ස්ථායී නල: RNA සාම්පල RNA ස්ථායීකරණ නලයෙන් වියළා ගත හැකිය (උදා: RNAstable®) සහ කාමර උෂ්ණත්වයේ දී නැව්ගත කළ හැක.
සේවා වැඩ ප්රවාහය
සාම්පල භාරදීම
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණ කාර්ය ප්රවාහය
පහත විශ්ලේෂණය ඇතුළත් වේ:
● අමු දත්ත තත්ත්ව පාලනය
● යොමු ජෙනෝමය වෙත පෙළගැස්වීම
● පුස්තකාල තත්ත්ව තක්සේරුව: RNA ඛණ්ඩනය අහඹු බව, ප්‍රමාණය ඇතුළු කිරීම සහ සංතෘප්තිය අනුක්‍රමණය කිරීම
● පුරෝකථනය කරන ලද කේතීකරණ ජානවල ක්රියාකාරී විවරණ
● ප්රකාශන විශ්ලේෂණය: සහසම්බන්ධතාවය සහ ප්‍රධාන සංරචක විශ්ලේෂණය (PCA)
● අවකල ජාන ප්‍රකාශනය (DEGs)
● ක්රියාකාරී විවරණ සහ DEGs පොහොසත් කිරීම
● sRNA විශ්ලේෂණය: පුරෝකථනය, විවරණ, ඉලක්කය සහ ද්විතියික ව්‍යුහ අනාවැකි
● පිටපත් ව්‍යුහ විශ්ලේෂණය: ඔපෙරෝන්, ආරම්භක සහ අවසන් ස්ථාන, පරිවර්තනය නොකළ කලාපය (UTS), ප්‍රවර්ධක, සහ SNP/InDel විශ්ලේෂණය
සංතෘප්තිය අනුක්‍රමණය කිරීම
කේතීකරණ ජානවල ක්රියාකාරී විවරණ
සාම්පල අතර සහසම්බන්ධය
අවකල ප්‍රකාශිත ජාන (DEGs) විශ්ලේෂණය
ක්රියාකාරී සුපෝෂණය විශ්ලේෂණය
sRNA විවරණ
මෙම විශේෂාංගගත ප්‍රකාශනයේ BMKGene හි Nanopore පූර්ණ-දිග mRNA අනුක්‍රමික සේවා මගින් පහසුකම් සපයන දියුණුව ගවේෂණය කරන්න.
Guan, CP et al. (2018) 'Biofilm-Forming Staphylococcus epidermidis හි ගෝලීය පිටපත් කිරීමේ වෙනස්කම් Sophorea alopecuroides හි සම්පූර්ණ ඇල්කලෝයිඩ් වලට ප්‍රතිචාර දක්වයි',ක්ෂුද්‍ර ජීව විද්‍යාව පිළිබඳ පෝලන්ත සඟරාව, 67(2), පි. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
