-
තනි-න්යෂ්ටික RNA අනුක්රමය
තනි-සෛල ග්‍රහණය සහ අභිරුචි පුස්තකාල ඉදිකිරීම් ශිල්පීය ක්‍රම දියුණු කිරීම, ඉහළ-නිලධාරී අනුපිළිවෙල සමඟ සම්බන්ධ වී, සෛල මට්ටමින් ජාන ප්‍රකාශන අධ්‍යයනයේ විප්ලවීය වෙනසක් සිදු කර ඇත. මෙම ප්‍රගමනය මගින් සංකීර්ණ සෛල ජනගහන ගැඹුරින් හා වඩා විස්තීර්ණ විශ්ලේෂණයක් සිදු කිරීමට ඉඩ සලසයි, සියලුම සෛල මත සාමාන්‍ය ජාන ප්‍රකාශනය හා සම්බන්ධ සීමාවන් මඟහරවා ගැනීම සහ මෙම ජනගහනය තුළ සැබෑ විෂමජාතිය ආරක්ෂා කරයි. තනි සෛල RNA අනුක්‍රමණය (scRNA-seq) ප්‍රතික්ෂේප කළ නොහැකි වාසි ඇති අතර, එය තනි සෛල අත්හිටුවීමක් නිර්මාණය කිරීම දුෂ්කර වන අතර නැවුම් සාම්පල අවශ්‍ය වන ඇතැම් පටකවල අභියෝගවලට මුහුණ දෙයි. BMKGene හි දී, අපි අති නවීන 10X Genomics Chromium තාක්ෂණය භාවිතයෙන් තනි-න්යෂ්ටික RNA අනුක්‍රමණය (snRNA-seq) ලබා දීමෙන් මෙම බාධාව විසඳන්නෙමු. මෙම ප්‍රවේශය තනි සෛල මට්ටමින් පිටපත් කිරීමේ විශ්ලේෂණයට සුදුසු සාම්පල වර්ණාවලිය පුළුල් කරයි.
න්‍යෂ්ටීන් හුදකලා කිරීම නව්‍ය 10X ජෙනොමික්ස් ක්‍රෝමියම් චිපය හරහා සිදු කෙරේ, ද්විත්ව හරස් මාර්ග සහිත නාලිකා අටක ක්ෂුද්‍ර තරල පද්ධතියක් ඇතුළත් වේ. මෙම පද්ධතිය තුළ, බාර්කෝඩ්, ප්‍රයිමර්, එන්සයිම සහ තනි න්‍යෂ්ටියක් ඇතුළත් ජෙල් පබළු නැනෝලිටර ප්‍රමාණයේ තෙල් බිංදු වල කොටු කර Gel Bead-in-Emulsion (GEM) සාදයි. GEM සෑදීමෙන් පසුව, එක් එක් GEM තුළ සෛල ඛාදනය සහ තීරු කේතය මුදා හැරීම සිදු වේ. පසුව, mRNA අණු cDNAs වෙත ප්‍රතිලෝම පිටපත් කිරීම සිදු කරයි, 10X තීරු කේත සහ අද්විතීය අණුක හඳුනාගැනීම් (UMIs) ඇතුළත් වේ. මෙම cDNAs පසුව සම්මත අනුක්‍රමික පුස්තකාල ඉදිකිරීමට යටත් වන අතර, තනි සෛල මට්ටමින් ජාන ප්‍රකාශන පැතිකඩ පිළිබඳ ශක්තිමත් සහ විස්තීර්ණ ගවේෂණයකට පහසුකම් සපයයි.
වේදිකාව: 10× Genomics Chromium සහ Illumina NovaSeq වේදිකාව
-
10x Genomics Visium අවකාශීය පිටපත් කිරීම
අවකාශීය පිටපත් කිරීම යනු පර්යේෂකයන්ට ඒවායේ අවකාශීය සන්දර්භය ආරක්ෂා කරමින් පටක තුළ ජාන ප්‍රකාශන රටා විමර්ශනය කිරීමට ඉඩ සලසන අති නවීන තාක්‍ෂණයකි. මෙම වසමේ එක් ප්‍රබල වේදිකාවක් වන්නේ 10x Genomics Visium සහ Illumina අනුපිළිවෙලයි. 10X Visium හි මූලධර්මය පටක කොටස් තැන්පත් කර ඇති නම් කරන ලද ග්‍රහණ ප්‍රදේශයක් සහිත විශේෂිත චිපයක් මත පිහිටා ඇත. මෙම ග්‍රහණ ප්‍රදේශයේ තීරු කේත සහිත ලප අඩංගු වන අතර, ඒ සෑම එකක්ම පටක තුළ ඇති අද්විතීය අවකාශීය ස්ථානයකට අනුරූප වේ. පටක වලින් අල්ලා ගන්නා ලද RNA අණු පසුව ප්‍රතිලෝම පිටපත් කිරීමේ ක්‍රියාවලියේදී අද්විතීය අණුක හඳුනාගැනීම් (UMIs) සමඟ ලේබල් කරනු ලැබේ. මෙම තීරු කේත සහිත ලප සහ UMI මගින් නිශ්චිත අවකාශීය සිතියම්ගත කිරීම සහ තනි සෛල විභේදනයකදී ජාන ප්‍රකාශනය ප්‍රමාණ කිරීම සක්‍රීය කරයි. අවකාශීය තීරු කේත සහිත සාම්පල සහ UMI වල සංයෝජනය ජනනය කරන ලද දත්තවල නිරවද්‍යතාවය සහ නිශ්චිතභාවය සහතික කරයි. මෙම අවකාශීය පිටපත් කිරීමේ තාක්ෂණය භාවිතා කිරීමෙන්, පර්යේෂකයන්ට සෛලවල අවකාශීය සංවිධානය සහ පටක තුළ සිදුවන සංකීර්ණ අණුක අන්තර්ක්‍රියා පිළිබඳ ගැඹුරු අවබෝධයක් ලබා ගත හැකි අතර, ඔන්කොලොජි, ස්නායු විද්‍යාව, සංවර්ධන ජීව විද්‍යාව, ප්‍රතිශක්ති විද්‍යාව ඇතුළු විවිධ ක්ෂේත්‍රවල ජීව විද්‍යාත්මක ක්‍රියාවලීන්ට යටින් පවතින යාන්ත්‍රණයන් පිළිබඳ අගනා අවබෝධයක් ලබා දිය හැකිය. , සහ උද්භිද අධ්යයන.
වේදිකාව: 10X Genomics Visium සහ Illumina NovaSeq
-
සම්පූර්ණ දිග mRNA අනුක්‍රමණය-නැනෝපෝර්
NGS මත පදනම් වූ mRNA අනුක්‍රමණය ජාන ප්‍රකාශනය ප්‍රමාණනය කිරීම සඳහා බහුකාර්ය මෙවලමක් වන අතර, කෙටි කියවීම් මත රඳා පැවතීම සංකීර්ණ පිටපත් කිරීමේ විශ්ලේෂණයන්හි එහි කාර්යක්ෂමතාව සීමා කරයි. අනෙක් අතට, නැනෝපෝර් අනුක්‍රමණය දිගු-කියවන තාක්ෂණය භාවිතා කරයි, පූර්ණ-දිග mRNA පිටපත් අනුක්‍රමණය කිරීම සක්‍රීය කරයි. මෙම ප්‍රවේශය විකල්ප බෙදීම්, ජාන විලයනය, බහු-ඇඩෙනයිලීකරණය සහ mRNA සමස්ථානික ප්‍රමාණකරණය පිළිබඳ පුළුල් ගවේෂණයකට පහසුකම් සපයයි.
නැනෝපෝර් අනුක්‍රමණය, නැනෝපෝර් තනි අණු තත්‍ය කාලීන විද්‍යුත් සංඥා මත රඳා පවතින ක්‍රමයක්, තත්‍ය කාලීන ප්‍රතිඵල සපයයි. මෝටර් ප්‍රෝටීන මගින් මෙහෙයවනු ලබන ද්විත්ව නූල් DNA ජෛව පටලයක තැන්පත් කර ඇති නැනෝපෝර් ප්‍රෝටීන සමඟ බන්ධනය වන අතර වෝල්ටීයතා වෙනසක් යටතේ නැනෝපෝර නාලිකාව හරහා ගමන් කරන විට ලිහිල් වේ. DNA නූල් මත විවිධ භෂ්ම මගින් ජනනය වන සුවිශේෂී විද්‍යුත් සංඥා හඳුනාගෙන තත්‍ය කාලීනව වර්ගීකරණය කර, නිවැරදි සහ අඛණ්ඩ නියුක්ලියෝටයිඩ අනුක්‍රමණයට පහසුකම් සපයයි. මෙම නවෝත්පාදන ප්‍රවේශය කෙටි කියවීමේ සීමාවන් ජය ගන්නා අතර ක්ෂණික ප්‍රතිඵල සහිත සංකීර්ණ පිටපත් අධ්‍යයනයන් ඇතුළුව සංකීර්ණ ප්‍රවේණි විශ්ලේෂණය සඳහා ගතික වේදිකාවක් සපයයි.
වේදිකාව: Nanopore PromethION 48
-
සම්පූර්ණ දිග mRNA අනුක්‍රමණය -PacBio
NGS මත පදනම් වූ mRNA අනුක්‍රමණය ජාන ප්‍රකාශනය ප්‍රමාණනය කිරීම සඳහා බහුකාර්ය මෙවලමක් වන අතර, කෙටි කියවීම් මත රඳා පැවතීම සංකීර්ණ පිටපත් කිරීමේ විශ්ලේෂණයන්හි එහි භාවිතය සීමා කරයි. අනෙක් අතට, PacBio අනුක්‍රමණය (Iso-Seq) දිගු-කියවන තාක්ෂණය භාවිතා කරයි, පූර්ණ-දිග mRNA පිටපත් අනුක්‍රමණය කිරීම සක්‍රීය කරයි. මෙම ප්‍රවේශය විකල්ප බෙදීම්, ජාන විලයනය සහ බහු-ඇඩෙනයිලේෂන් පිළිබඳ පුළුල් ගවේෂණයකට පහසුකම් සපයයි. කෙසේ වෙතත්, අවශ්‍ය වන ඉහළ දත්ත ප්‍රමාණය හේතුවෙන් ජාන ප්‍රකාශන ප්‍රමාණකරණය සඳහා වෙනත් තේරීම් තිබේ. PacBio අනුක්‍රමික තාක්ෂණය තනි-අණු, තත්‍ය-කාලීන (SMRT) අනුක්‍රමණය මත රඳා පවතින අතර, පූර්ණ-දිග mRNA පිටපත් ග්‍රහණය කර ගැනීමේ දී සුවිශේෂී වාසියක් සපයයි. මෙම නව්‍ය ප්‍රවේශයට ශුන්‍ය මාදිලියේ තරංග මාර්ගෝපදේශ (ZMWs) සහ අනුක්‍රමණයේදී DNA පොලිමරේස් ක්‍රියාකාරකම් තත්‍ය කාලීනව නිරීක්ෂණය කිරීමට හැකි ක්ෂුද්‍ර රෙදිපිළි ළිං භාවිතා කිරීම ඇතුළත් වේ. මෙම ZMWs තුළ, PacBio's DNA පොලිමරේස් DNA අනුපූරක පොටක් සංස්ලේෂණය කරයි, සම්පූර්ණ mRNA පිටපත් පුරා විහිදෙන දිගු කියවීම් ජනනය කරයි. චක්‍රලේඛ සම්මුති අනුපිළිවෙලෙහි (CCS) PacBio ක්‍රියාකාරිත්වය එකම අණුව නැවත නැවත අනුපිළිවෙලින් අනුපිළිවෙලින් නිරවද්‍යතාවය වැඩි කරයි. උත්පාදනය කරන ලද HiFi කියවීම් NGS හා සැසඳිය හැකි නිරවද්‍යතාවයක් ඇති අතර, සංකීර්ණ පිටපත් කිරීමේ විශේෂාංග පිළිබඳ විස්තීර්ණ සහ විශ්වාසනීය විශ්ලේෂණයකට තවදුරටත් දායක වේ.
වේදිකාව: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
යුකැරියෝටික් mRNA අනුක්‍රමණය-NGS
mRNA අනුක්‍රමණය, බහුකාර්ය තාක්‍ෂණයක්, විශේෂිත කොන්දේසි යටතේ සෛල තුළ ඇති සියලුම mRNA පිටපත් වල විස්තීර්ණ පැතිකඩ සවිබල ගන්වයි. එහි පුළුල් පරාසයක යෙදීම් සමඟින්, මෙම අති නවීන මෙවලම සංකීර්ණ ජාන ප්‍රකාශන පැතිකඩ, ජාන ව්‍යුහයන් සහ විවිධ ජීව විද්‍යාත්මක ක්‍රියාවලීන් හා සම්බන්ධ අණුක යාන්ත්‍රණ එළිදක්වයි. මූලික පර්යේෂණ, සායනික රෝග විනිශ්චය සහ ඖෂධ සංවර්ධනය තුළ බහුලව භාවිතා වන mRNA අනුක්‍රමණය සෛලීය ගතිකත්වයේ සහ ජාන නියාමනයේ සංකීර්ණතා පිළිබඳ අවබෝධයක් ලබා දෙයි, විවිධ ක්ෂේත්‍රවල එහි විභවය පිළිබඳ කුතුහලයක් ඇති කරයි.
වේදිකාව: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
යොමු නොවන mRNA අනුක්‍රමණය-NGS
mRNA අනුක්‍රමණය නිශ්චිත කොන්දේසි යටතේ සෛල තුළ ඇති සියලුම mRNA පිටපත්වල විස්තීර්ණ පැතිකඩ සවිබල ගන්වයි. මෙම අති නවීන තාක්ෂණය විවිධ ජීව විද්‍යාත්මක ක්‍රියාවලීන් හා සම්බන්ධ සංකීර්ණ ජාන ප්‍රකාශන පැතිකඩ, ජාන ව්‍යුහයන් සහ අණුක යාන්ත්‍රණ එළිදක්වන ප්‍රබල මෙවලමක් ලෙස සේවය කරයි. මූලික පර්යේෂණ, සායනික රෝග විනිශ්චය සහ ඖෂධ සංවර්ධනය තුළ පුළුල් ලෙස භාවිතා කර ඇති, mRNA අනුක්‍රමණය සෛලීය ගතිකත්වයේ සහ ජාන නියාමනයේ සංකීර්ණතා පිළිබඳ අවබෝධයක් ලබා දෙයි.
වේදිකාව: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
දිගු කේත-නොවන අනුපිළිවෙල-ඉලුමිනා
දිගු කේතීකරණය නොවන RNA (lncRNAs) නියුක්ලියෝටයිඩ 200 කට වඩා දිගු වන අතර ඒවා අවම කේතීකරණ විභවයක් ඇති අතර කේතීකරණය නොවන RNA තුළ ප්‍රධාන මූලද්‍රව්‍ය වේ. න්‍යෂ්ටිය සහ සයිටොප්ලාස්මයේ දක්නට ලැබෙන, මෙම RNAs සෛලීය සහ අණුක ක්‍රියාවලීන් හැඩගැස්වීමේදී ඒවායේ වැදගත්කම අවධාරනය කරමින්, එපිජෙනටික්, ට්‍රාන්ස්ක්‍රිප්ෂනල් සහ පශ්චාත් පිටපත් කිරීමේ නියාමනය සඳහා තීරණාත්මක කාර්යභාරයක් ඉටු කරයි. LncRNA අනුක්‍රමණය යනු සෛල අවකලනය, ඔන්ටොජෙනිසිස් සහ මානව රෝග සඳහා ප්‍රබල මෙවලමකි.
වේදිකාව: Illumina NovaSeq
-
කුඩා RNA අනුක්‍රමණය - Illumina
කුඩා RNA (sRNA) අණු, microRNAs (miRNAs), කුඩා මැදිහත්වීම් RNAs (siRNAs) සහ piwi-interacting RNAs (piRNAs) ඇතුළත් වේ. මේවා අතර, නියුක්ලියෝටයිඩ 18-25 පමණ දිග miRNAs, විවිධ සෛලීය ක්‍රියාවලීන්හි ඒවායේ ප්‍රධාන නියාමන භූමිකාවන් සඳහා විශේෂයෙන් කැපී පෙනේ. පටක-විශේෂිත සහ අදියර-විශේෂිත ප්‍රකාශන රටා සමඟ, miRNAs විවිධ විශේෂයන් හරහා ඉහළ සංරක්ෂණයක් ප්‍රදර්ශනය කරයි.
වේදිකාව: Illumina NovaSeq
-
CircRNA අනුක්‍රමණය-ඉලුමිනා
චක්‍ර RNA අනුක්‍රමණය (circRNA-seq) යනු, කැනොනිකල් නොවන බෙදීම් සිදුවීම් හේතුවෙන් සංවෘත ලූප සාදන RNA අණු කාණ්ඩයක් වන වෘත්තාකාර RNA වර්ග පැතිකඩ සහ විශ්ලේෂණය කිරීම, මෙම RNA වලට වැඩි ස්ථායීතාවයක් ලබා දීමයි. සමහර circRNAs microRNA ස්පොන්ජ් ලෙස ක්‍රියා කරන බව පෙන්වා දී ඇති අතර, microRNA අනුක්‍රමණය කිරීම සහ ඒවායේ ඉලක්ක mRNA නියාමනය කිරීමෙන් වළක්වයි, අනෙකුත් circRNAs ප්‍රෝටීන සමඟ අන්තර් ක්‍රියා කිරීමට, ජාන ප්‍රකාශනය වෙනස් කිරීමට හෝ සෛලීය ක්‍රියාවලීන්හි භූමිකාවන් ඇති කිරීමට හැකිය. circRNA ප්‍රකාශන විශ්ලේෂණය මෙම අණු වල නියාමන භූමිකාවන් සහ විවිධ සෛලීය ක්‍රියාවලීන්, සංවර්ධන අවධීන් සහ රෝග තත්වයන් තුළ ඒවායේ වැදගත්කම පිළිබඳ අවබෝධයක් ලබා දෙයි, ජාන ප්‍රකාශනයේ සන්දර්භය තුළ RNA නියාමනයේ සංකීර්ණත්වය පිළිබඳ ගැඹුරු අවබෝධයක් සඳහා දායක වේ.
-
සම්පූර්ණ පිටපත් කිරීමේ අනුපිළිවෙල - Illumina
සම්පූර්ණ පිටපත් කිරීමේ අනුපිළිවෙල විවිධ RNA අණු පැතිකඩ කිරීම සඳහා පුළුල් ප්‍රවේශයක් ලබා දෙයි, කේතීකරණය (mRNA) සහ කේතීකරණය නොවන RNA (lncRNA, circRNA සහ miRNA) ඇතුළත් වේ. මෙම තාක්ෂණය යම් අවස්ථාවක දී නිශ්චිත සෛලවල සම්පූර්ණ පිටපත ග්‍රහණය කර ගන්නා අතර, සෛලීය ක්‍රියාවලීන් පිළිබඳ පරිපූර්ණ අවබෝධයක් ලබා ගැනීමට ඉඩ සලසයි. “සම්පූර්ණ ආර්එන්ඒ අනුක්‍රමණය” ලෙසද හැඳින්වෙන එය, ට්‍රාන්ස්ක්‍රිප්ටෝම් මට්ටමින් සංකීර්ණ නියාමන ජාලයන් එළිදැක්වීම අරමුණු කරයි, තරඟකාරී ආවේණික RNA (ceRNA) සහ ඒකාබද්ධ RNA විශ්ලේෂණය වැනි ගැඹුරු විශ්ලේෂණයන් සක්‍රීය කරයි. විශේෂයෙන්ම circRNA-miRNA-mRNA-පාදක ceRNA අන්තර්ක්‍රියා සම්බන්ධ නියාමන ජාලයන් හෙළිදරව් කිරීමේදී, ක්‍රියාකාරී ගුනාංගීකරනය කරා ආරම්භක පියවර මෙය සනිටුහන් කරයි.
