-
Hi-C පදනම් වූ ක්‍රොමැටින් අන්තර්ක්‍රියා
Hi-C යනු ප්‍රවේණික වින්‍යාසය ග්‍රහණය කර ගැනීමට සැලසුම් කර ඇති ක්‍රමයක් වන අතර එය සමීපත්වය මත පදනම් වූ අන්තර්ක්‍රියා සහ අධි-ත්‍රෝග අනුපිළිවෙල ඒකාබද්ධ කරයි. ක්‍රමය පදනම් වී ඇත්තේ formaldehyde සමඟ ක්‍රොමැටින් හරස් සම්බන්ධ කිරීම මත වන අතර, පසුව ආහාර දිරවීම සහ නැවත බැඳීම සහ සහසංයුජව සම්බන්ධ වී ඇති කොටස් පමණක් බන්ධන නිෂ්පාදන සාදනු ඇත. මෙම බන්ධන නිෂ්පාදන අනුක්‍රමණය කිරීමෙන්, ජෙනෝමයේ ත්‍රිමාණ සංවිධානය අධ්‍යයනය කළ හැකිය. Hi-C මගින් ජෙනෝමයේ සැහැල්ලුවෙන් ඇසුරුම් කර ඇති කොටස් (A මැදිරි, යුක්‍රොමැටින්) සහ පිටපත් කිරීමේ ක්‍රියාකාරී වීමට වැඩි ඉඩක් ඇති අතර වඩාත් තදින් ඇසුරුම් කර ඇති කලාප (B මැදිරි, හීටරොක්‍රොමැටින්) අධ්‍යයනය කිරීමට හැකියාව ලැබේ. Hi-C භාවිතා කළ හැක්කේ Topologically Associated Domains (TADs), නැමුණු ව්‍යුහ ඇති සහ සමාන ප්‍රකාශන රටා ඇති ප්‍රවේණික කලාප හඳුනා ගැනීමට සහ ප්‍රෝටීන මගින් එකට නැංගුරම් ලා ඇති ක්‍රොමැටින් ලූප, DNA කලාප හඳුනා ගැනීමට සහ ඒවා බොහෝ විට නියාමන මූලද්රව්ය වලින් පොහොසත් වේ. BMKGene හි Hi-C අනුක්‍රමික සේවාව පර්යේෂකයන්ට ප්‍රවේණි විද්‍යාවේ අවකාශීය මානයන් ගවේෂණය කිරීමට බලය ලබා දෙයි, ජාන නියාමනය සහ සෞඛ්‍ය හා රෝග සඳහා එහි ඇඟවුම් අවබෝධ කර ගැනීම සඳහා නව මාර්ග විවෘත කරයි.
-
ක්‍රොමැටින් ප්‍රතිශක්තිකරණ අනුපිළිවෙල (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) යනු DNA-බන්ධන ප්‍රෝටීන සහ ඒවාට අනුරූප ජාන විද්‍යා ඉලක්ක තෝරා ගැනීමෙන් පොහොසත් කිරීමට ප්‍රතිදේහ උත්තේජනය කරන තාක්‍ෂණයකි. NGS සමඟ එය ඒකාබද්ධ කිරීම හිස්ටෝන් වෙනස් කිරීම, පිටපත් කිරීමේ සාධක සහ අනෙකුත් DNA-බන්ධන ප්‍රෝටීන සමඟ සම්බන්ධ DNA ඉලක්ක වල ප්‍රවේණි-පුළුල් පැතිකඩ සක්‍රීය කරයි. මෙම ගතික ප්‍රවේශය විවිධ සෛල වර්ග, පටක හෝ තත්වයන් හරහා බන්ධන ස්ථාන සංසන්දනය කිරීමට ඉඩ සලසයි. ChIP-Seq හි යෙදුම් පිටපත් කිරීමේ නියාමනය සහ සංවර්ධන මාර්ග අධ්‍යයනය කිරීමේ සිට රෝග යාන්ත්‍රණ පැහැදිලි කිරීම දක්වා විහිදේ, එය ප්‍රවේණික නියාමන භූ දර්ශන අවබෝධ කර ගැනීමට සහ චිකිත්සක තීක්ෂ්ණ බුද්ධිය දියුණු කිරීමට අත්‍යවශ්‍ය මෙවලමක් බවට පත් කරයි.
වේදිකාව: Illumina NovaSeq
-
සම්පූර්ණ ජෙනෝම බයිසල්ෆයිට් අනුක්‍රමණය (WGBS)
සම්පූර්ණ ජෙනෝම් බයිසල්ෆයිට් අනුක්‍රමණය (WGBS) යනු DNA මෙතිලේෂන් ගැඹුරින් ගවේෂණය කිරීම සඳහා වන රන්-සම්මත ක්‍රමය ලෙසයි, විශේෂයෙන් ජාන ප්‍රකාශනයේ සහ සෛලීය ක්‍රියාකාරකම්වල ප්‍රධාන නියාමකයක් වන සයිටොසීන් (5-mC) හි පස්වන ස්ථානය. ඩබ්ලිව්ජීබීඑස් හි මූලික මූලධර්මය බයිසල්ෆයිට් ප්‍රතිකාරය ඇතුළත් වන අතර, මෙතිලේටඩ් සයිටොසීන් නොවෙනස්ව තබමින් යුරේසිල් (සී සිට යූ දක්වා) බවට පරිවර්තනය කිරීම ප්‍රේරණය කරයි. මෙම තාක්‍ෂණය තනි-පාදක විභේදනය ලබා දෙන අතර, පර්යේෂකයන්ට මෙතිලෝම පුළුල් ලෙස විමර්ශනය කිරීමට සහ විවිධ තත්වයන්ට, විශේෂයෙන් පිළිකා සමඟ සම්බන්ධ අසාමාන්‍ය මෙතිලේෂන් රටා අනාවරණය කිරීමට ඉඩ සලසයි. WGBS භාවිතා කිරීමෙන්, විද්‍යාඥයින්ට විවිධ ජීව විද්‍යාත්මක ක්‍රියාවලීන් සහ රෝග වලට පාදක වන අපිජෙනටික් යාන්ත්‍රණයන් පිළිබඳ සියුම් අවබෝධයක් ලබා දෙමින් ජාන-පුළුල් මෙතිලේෂන් භූ දර්ශන පිළිබඳ අසමසම අවබෝධයක් ලබා ගත හැකිය.
-
ඉහළ ප්‍රරෝහණ අනුක්‍රමණය (ATAC-seq) සමඟ Transposase-ප්‍රවේශ විය හැකි ක්‍රොමැටින් සඳහා විශ්ලේෂණය
ATAC-seq යනු ප්‍රවේණි-පුළුල් ක්‍රොමැටින් ප්‍රවේශ්‍යතා විශ්ලේෂණය සඳහා භාවිතා කරන ඉහළ ක්‍රියාකාරී අනුක්‍රමික තාක්‍ෂණයකි. එය භාවිතා කිරීම ජාන ප්‍රකාශනය මත ගෝලීය එපිජෙනටික් පාලනයේ සංකීර්ණ යාන්ත්‍රණයන් පිළිබඳ ගැඹුරු අවබෝධයක් සපයයි. ක්‍රමය අනුක්‍රමික ඇඩප්ටර ඇතුළු කිරීමෙන් විවෘත ක්‍රොමැටින් කලාප එකවර කැබලි කිරීමට සහ ටැග් කිරීමට අධි ක්‍රියාකාරී Tn5 ට්‍රාන්ස්පෝසේස් භාවිතා කරයි. පසුකාලීන PCR වර්ධකයේ ප්‍රතිඵලය අනුක්‍රමික පුස්තකාලයක් නිර්මාණය කරයි, එමඟින් නිශ්චිත අවකාශ-කාල කොන්දේසි යටතේ විවෘත ක්‍රොමැටින් කලාප පුළුල් ලෙස හඳුනා ගැනීමට ඉඩ සලසයි. ATAC-seq මගින් ප්‍රවේශ විය හැකි ක්‍රොමැටින් භූ දර්ශන පිළිබඳ පරිපූර්ණ දසුනක් සපයයි, පිටපත් කිරීමේ සාධක බන්ධන අඩවි හෝ විශේෂිත හිස්ටෝන්-විකරණය කළ කලාප කෙරෙහි පමණක් අවධානය යොමු කරන ක්‍රම මෙන් නොව. මෙම විවෘත වර්ණදේහ කලාප අනුක්‍රමණය කිරීමෙන්, ATAC-seq විසින් සක්‍රීය නියාමන අනුපිළිවෙලට සහ විභව පිටපත් කිරීමේ සාධක බන්ධන අඩවි වලට වැඩි ඉඩක් ඇති කලාප හෙළි කරයි, ජෙනෝමය හරහා ජාන ප්‍රකාශනයේ ගතික මොඩියුලේෂන් පිළිබඳ වටිනා අවබෝධයක් ලබා දෙයි.
-
අඩු කළ නියෝජන Bisulfite අනුපිළිවෙල (RRBS)
අඩු කරන ලද නියෝජන Bisulfite අනුක්‍රමය (RRBS) DNA මෙතිලේෂන් පර්යේෂණයේදී සම්පූර්ණ ජෙනෝම් බයිසල්ෆයිට් අනුක්‍රමණය (WGBS) සඳහා ලාභදායී සහ කාර්යක්ෂම විකල්පයක් ලෙස මතු වී ඇත. WGBS විසින් සම්පූර්ණ ජෙනෝමය තනි මූලික විභේදනයකින් පරීක්ෂා කිරීමෙන් පුළුල් අවබෝධයක් ලබා දෙන අතර, එහි අධික පිරිවැය සීමාකාරී සාධකයක් විය හැකිය. RRBS උපක්‍රමශීලීව ජෙනෝමයේ නියෝජිත කොටසක් තෝරාගෙන විශ්ලේෂණය කිරීමෙන් මෙම අභියෝගය අවම කරයි. 200-500/600 bps කොටස් ප්‍රමාණයෙන් තෝරා ගැනීමෙන් අනතුරුව MspI ඛණ්ඩනය මගින් CpG දූපත් බහුල ප්‍රදේශ පොහොසත් කිරීම මත මෙම ක්‍රමවේදය රඳා පවතී. එහි ප්‍රතිඵලයක් වශයෙන්, CpG දූපත් වලට ආසන්න ප්‍රදේශ පමණක් අනුපිළිවෙලට සකස් කර ඇති අතර, දුරස්ථ CpG දූපත් ඇති ඒවා විශ්ලේෂණයෙන් බැහැර කරනු ලැබේ. මෙම ක්‍රියාවලිය, bisulfite අනුක්‍රමය සමඟ ඒකාබද්ධව, DNA මෙතිලේෂන් අධි-විභේදනය හඳුනා ගැනීමට ඉඩ සලසයි, සහ අනුක්‍රමික ප්‍රවේශය, PE150, විශේෂයෙන් මැදට වඩා ඇතුළු කිරීම්වල කෙළවර කෙරෙහි අවධානය යොමු කරයි, මෙතිලේෂන් පැතිකඩෙහි කාර්යක්ෂමතාව වැඩි කරයි. RRBS යනු මිල කළ නොහැකි ඩීඑන්ඒ මෙතිලේෂන් පර්යේෂණ සක්‍රීය කරන සහ එපිජෙනටික් යාන්ත්‍රණ පිළිබඳ දැනුම දියුණු කරන අගනා මෙවලමකි.
