තාප සිතියම
Heatmap මෙවලම ආදානය ලෙස matrix දත්ත ගොනුවක් පිළිගන්නා අතර දත්ත පෙරීමට, සාමාන්‍යකරණය කිරීමට සහ පොකුරු කිරීමට පරිශීලකයින්ට ඉඩ දෙයි. තාප සිතියම් සඳහා මූලික භාවිත අවස්ථාව වන්නේ විවිධ සාම්පල අතර ජාන ප්‍රකාශන මට්ටම පිළිබඳ පොකුරු විශ්ලේෂණයයි.
ජාන විවරණය
Gene Annotation මෙවලම විවිධ දත්ත සමුදායන්ට එරෙහිව ආදාන FASTA ගොනු අනුක්‍රමික පෙළගැස්ම මත පදනම්ව ජාන විවරණ සිදු කරයි.
මූලික දේශීය පෙළගැස්වීමේ සෙවුම් මෙවලම (BLAST)
BLAST මෙවලම යනු NCBI BLAST හි BMKCloud ඒකාබද්ධ අනුවාදයක් වන අතර BMKCloud ගිණුමට උඩුගත කළ දත්ත භාවිතයෙන් එම කාර්යයන් සිදු කිරීමට භාවිතා කළ හැක.
CDS_UTR අනාවැකිය
CDS_UTR පුරෝකථන මෙවලම සැලසුම් කර ඇත්තේ දන්නා ප්‍රෝටීන් දත්ත සමුදායන් සහ ORF අනාවැකි ප්‍රතිඵලවලට එරෙහිව BLAST ප්‍රතිඵල මත පදනම්ව ලබා දී ඇති පිටපත් අනුපිළිවෙලෙහි කේතීකරණ කලාප (CDS) සහ කේතීකරණය නොවන කලාප (UTR) පුරෝකථනය කිරීමට ය.
මෑන්හැටන් ප්ලොට්
මෑන්හැටන් ප්ලොට් මෙවලම ඉහළ සාම්පල අත්හදා බැලීම් ප්‍රදර්ශනය කිරීමට හැකි වන අතර එය සාමාන්‍යයෙන් ජෙනෝමය-පුළුල් සංගම් අධ්‍යයනයන්හි (GWAS) භාවිතා වේ.
සර්කෝස් රූප සටහන
CIRCOS රූප සටහන් මෙවලම ප්‍රවේණික ලක්ෂණය ජෙනෝමය හරහා බෙදා හරින ආකාරය පිළිබඳ කාර්යක්ෂම දෘශ්‍යකරණයක් සපයයි. පොදු ලක්ෂණ අතර ප්‍රමාණාත්මක ස්ථාන, SNPs, InDels, ව්‍යුහාත්මක සහ පිටපත් සංඛ්‍යා ප්‍රභේද ඇතුළත් වේ.
ජාන ඔන්ටොලොජි (GO) පොහොසත් කිරීම
GO Enrichment මෙවලම ක්‍රියාකාරී සුපෝෂන විශ්ලේෂණය සපයයි. මෙම මෙවලමෙහි ඇති මූලික මෘදුකාංගය වන්නේ TopGO-Bioconductor පැකේජය වන අතර එයට අවකල ප්‍රකාශන විශ්ලේෂණය, GO පොහොසත් කිරීමේ විශ්ලේෂණය සහ ප්‍රතිඵල දෘශ්‍යකරණය ඇතුළත් වේ.
බරිත ජාන සම ප්‍රකාශන ජාල විශ්ලේෂණය (WGCNA)
WGCNA යනු ජාන සම ප්‍රකාශන මොඩියුල සොයා ගැනීම සඳහා බහුලව භාවිතා වන දත්ත කැණීමේ ක්‍රමයකි. එය microarray සහ NGS ජාන ප්‍රකාශන දත්ත ඇතුළු විවිධ ප්‍රකාශන දත්ත කට්ටලයට අදාළ වේ.
InterProScan
InterProScan මෙවලම InterPro ප්‍රෝටීන අනුපිළිවෙල විශ්ලේෂණය සහ වර්ගීකරණය සපයයි.
KEGG පොහොසත් කිරීම යන්න
GO KEGG Enrichment මෙවලම සැලසුම් කර ඇත්තේ GO enrichment histogram, KEGG enrichment histogram සහ KEGG enrichment pathway එකක් සපයා ඇති ජාන කට්ටලයක් සහ අනුරූප විවරණයක් මත ජනනය කිරීමටය.