PacBio 2+3 සම්පූර්ණ දිග mRNA විසඳුම
විශේෂාංග
● අධ්‍යයන සැලසුම්:
පිටපත් සමස්ථානික හඳුනා ගැනීම සඳහා PacBio සමඟ අනුපිළිවෙලට එකතු කරන ලද නියැදිය
වෙනම සාම්පල (පරීක්ෂා කළ යුතු අනුරූ සහ කොන්දේසි) අනුපිළිවෙලින්පිටපත් ප්‍රකාශනය ප්‍රමාණ කිරීමට NGS
● CCS මාදිලියේ PacBio අනුක්‍රමණය, HiFi කියවීම් ජනනය කිරීම
● සම්පූර්ණ දිග පිටපත් අනුක්‍රමණය කිරීම
● විශ්ලේෂණයට යොමු ජෙනෝමයක් අවශ්‍ය නොවේ; කෙසේ වෙතත්, එය භාවිතා කළ හැකිය
● ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණයට ජාන සහ සමස්ථානික මට්ටමේ ප්‍රකාශනය පමණක් නොව lncRNA, ජාන විලයන, බහු-ඇඩෙනයිලේෂන් සහ ජාන ව්‍යුහය පිළිබඳ විශ්ලේෂණය ද ඇතුළත් වේ.
වාසි
● ඉහළ නිරවද්යතාව: HiFi නිරවද්‍යතාවයෙන් >99.9% (Q30), NGS හා සැසඳිය හැක
● විකල්ප ස්ප්ලිසිං විශ්ලේෂණය: සියලුම පිටපත් අනුක්‍රමණය කිරීම සමස්ථානික හඳුනාගැනීම සහ ගුනාංගීකරනය සක්‍රීය කරයි.
● PacBio සහ NGS ශක්තීන් ඒකාබද්ධ කිරීම: සමස්ථානික මට්ටමින් ප්‍රකාශනයේ ප්‍රමාණනය සක්‍රීය කිරීම, සම්පූර්ණ ජාන ප්‍රකාශනය විශ්ලේෂණය කිරීමේදී වසන් කළ හැකි වෙනස හෙළිදරව් කිරීම
● පුළුල් විශේෂඥතාව: PacBio පූර්ණ-දිග පිටපත් කිරීමේ ව්‍යාපෘති 1100 කට අධික ප්‍රමාණයක් සම්පූර්ණ කිරීම සහ සාම්පල 2300 කට අධික ප්‍රමාණයක් සැකසීමේ වාර්තාවක් සමඟින්, අපගේ කණ්ඩායම සෑම ව්‍යාපෘතියකටම අත්දැකීම් සම්භාරයක් ගෙන එයි.
● පසු විකුණුම් සහාය: අපගේ කැපවීම ව්‍යාපෘති නිම කිරීමෙන් ඔබ්බට මාස 3ක අලෙවියෙන් පසු සේවා කාලසීමාවක් සමඟින් විහිදේ. මෙම කාලය තුළ, අපි ව්‍යාපෘති පසු විපරම්, දෝශ නිරාකරණ සහාය, සහ ප්‍රතිඵලවලට අදාළ ඕනෑම විමසීමක් විසඳීමට ප්‍රශ්න සහ පිළිතුරු සැසි පිරිනමන්නෙමු.
නියැදි අවශ්‍යතා සහ භාරදීම
| පුස්තකාලය | අනුපිළිවෙල උපාය | නිර්දේශිත දත්ත | තත්ත්ව පාලනය |
| PolyA පොහොසත් mRNA CCS පුස්තකාලය | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A පොහොසත් | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
නියුක්ලියෝටයිඩ
|
| Conc.(ng/μl) | මුදල (μg) | පිරිසිදුකම | අඛණ්ඩතාව |
| ඉලුමිනා පුස්තකාලය | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 සීමිත හෝ ප්‍රෝටීන් හෝ DNA දූෂණය ජෙල් මත නොපෙන්වයි. | පැල සඳහා: RIN≥4.0; සතුන් සඳහා: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; සීමිත හෝ මූලික උන්නතාංශයක් නොමැත |
| PacBio පුස්තකාලය | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 සීමිත හෝ ප්‍රෝටීන් හෝ DNA දූෂණය ජෙල් මත නොපෙන්වයි. | පැල: RIN≥7.5 සතුන්: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; සීමිත හෝ මූලික උන්නතාංශයක් නොමැත |
නිර්දේශිත සාම්පල භාරදීම
බහාලුම්: 2 ml කේන්ද්රාපසාරී නළය (ටින් තීරු නිර්දේශ නොකරයි)
නියැදි ලේබල් කිරීම: සමූහ+ප්‍රතිනිර්මාණය උදා: A1, A2, A3; B1, B2, B3.
නැව්ගත කිරීම:
1. වියළි අයිස්:සාම්පල බෑග්වල ඇසුරුම් කර වියළි අයිස්වල තැන්පත් කළ යුතුය.
2. RNA ස්ථායී නල: RNA සාම්පල RNA ස්ථායීකරණ නලයෙන් වියළා ගත හැකිය (උදා: RNAstable®) සහ කාමර උෂ්ණත්වයේ දී නැව්ගත කළ හැක.
පහත විශ්ලේෂණය ඇතුළත් වේ:
අමු දත්ත තත්ත්ව පාලනය
විකල්ප Polyadenylation විශ්ලේෂණය (APA)
විලයනය පිටපත් විශ්ලේෂණය
විකල්ප Splicing විශ්ලේෂණය
මිණුම් සලකුණු Universal Single-copy Orthologs (BUSCO) විශ්ලේෂණය
නව පිටපත් විශ්ලේෂණය: කේතීකරණ අනුපිළිවෙල (CDS) සහ ක්‍රියාකාරී විවරණ පිළිබඳ පුරෝකථනය
lncRNA විශ්ලේෂණය: lncRNA සහ ඉලක්ක පිළිබඳ අනාවැකි
MicroSatelite හඳුනාගැනීම (SSR)
වෙනස් ලෙස ප්‍රකාශිත පිටපත් (DETs) විශ්ලේෂණය
වෙනස් ලෙස ප්‍රකාශිත ජාන (DEGs) විශ්ලේෂණය
DEG සහ DET වල ක්‍රියාකාරී විවරණ
BUSCO විශ්ලේෂණය
විකල්ප Splicing විශ්ලේෂණය
විකල්ප Polyadenylation විශ්ලේෂණය (APA)
වෙනස් ලෙස ප්‍රකාශිත ජාන (DEGs) සහ පිටපත් (DETs9 විශ්ලේෂණය
DET සහ DEG වල ප්‍රෝටීන්-ප්‍රෝටීන අන්තර්ක්‍රියා ජාල
BMKGene හි PacBio 2+3 පූර්ණ-දිග mRNA අනුක්‍රමණය මගින් සංක්‍ෂිප්ත ප්රකාශන එකතුවක් හරහා පහසුකම් සපයන දියුණුව ගවේෂණය කරන්න.
චාඕ, Q. et al. (2019) 'ද ඩිවලොප්මන්ට් ඩයිනමික්ස් ඔෆ් ද පොප්ලස් ස්ටම් ට්‍රාන්ස්ක්‍රිප්ටෝම්', ශාක ජෛව තාක්‍ෂණ සඟරාව, 17(1), 206–219 පිටු. doi: 10.1111/PBI.12958.
ඩෙන්ග්, එච්. සහ අල්. (2022) 'ඇක්ටිනීඩියා ලැටිෆෝලියා (ඇස්කෝර්බේට්-පොහොසත් පලතුරු බෝගයක්) සහ ආශ්‍රිත අණුක යාන්ත්‍රණ පළතුරු සංවර්ධනය සහ ඉදවීම අතරතුර ඇස්කෝර්බික් අම්ල අන්තර්ගතයේ ගතික වෙනස්කම්', අණුක විද්‍යාව පිළිබඳ ජාත්‍යන්තර සඟරාව, 23(10), පි. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Paris polyphylla හි ජෛව සක්‍රීය පොලිෆිලින් වලට සම්බන්ධ ජෛව සංස්ලේෂක මාර්ග ජානවල ඵලදායි අනාවැකිය', සන්නිවේදන ජීව විද්‍යාව 2022 5:1, 5(1), pp. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'ඒකාබද්ධ PacBio Iso-Seq සහ Illumina RNA-Seq Analysis of the Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome සහ Cytochrome P450 Genes', කෘමීන්, 14(4), පි. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
වැන්ග්, ලිජුන් සහ අල්. (2019) 'Ricinus communis හි ricinoleic අම්ල ජෛව සංස්ලේෂණය පිළිබඳ වඩා හොඳ අවබෝධයක් සඳහා Illumina RNA අනුක්‍රමණය සමඟ ඒකාබද්ධව PacBio තනි-අණු තත්‍ය කාලීන විශ්ලේෂණය භාවිතයෙන් පිටපත් කිරීමේ සංකීර්ණතා පිළිබඳ සමීක්ෂණයක්', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
