BMKCloud ලොග් වන්න
1

යොමු ජෙනෝම් සමඟ mrna-seq (ngs)

百迈客云网站 -11

යොමු ජෙනෝම් සමඟ mrna-seq (ngs)

RNA-SEQ යනු ජීවිතය හා බෝග විද්යාව හරහා සම්මත මෙවලමක් වන අතර, ජනයා සහ ප්රෝසෝම අතර පරතරය පියවා ගැනීම. එහි ශක්තිය පවතින්නේ නව පිටපත් සොයා ගැනීම සහ එක් තක්සේරුවකට ඔවුන්ගේ ප්රකාශනය ප්රමාණාත්මක කිරීමයි. සංසන්දනාත්මක ලිපිකම අධ්යයනයන් සඳහා එය බහුලව භාවිතා වන අතර, විකෘති ගති ලක්ෂණ හෝ ෆීනෝටයිපයට අදාළ ජාන මත ආලෝකය විහිදුවන්න. BMKCLoud mrna (යොමු) ප්රකාශන) ප්රකාශන ප්රමාණ, ආන්තර ප්රකාශන විශ්ලේෂණය (DEG), සහ අනුක්රමික සංවෘත (එන්.ජී. යෙදුම මඟින් ඔවුන්ගේ RNA-SEQ දත්ත වලාකුළට උඩුගත කළ හැකිය, එහිදී යෙදුම පුළුල්, එක්-නැවතුම් ජෛව තොරතුරු මූල්ය විශ්ලේෂණ විසඳුමක් ලබා දෙයි. මීට අමතරව, පරිශීලකයින්ගේ විශේෂිත අවශ්යතා වලට ගැලපෙන පුද්ගලීකරණය කළ මෙහෙයුම් සඳහා එය පාරිභෝගික අත්දැකීම් වලට ප්රමුඛත්වය දෙයි. පරිශීලකයින්ට පරාමිතීන් සකස් කර නල මාර්ග මෙහෙවරන් විසින්ම ඉදිරිපත් කළ හැකිය, අන්තර්ක්රියාකාරී වාර්තාව පරීක්ෂා කරන්න, දත්ත / රූප සටහන් පරීක්ෂා කරන්න, (ඉලක්කගත ජාන තේරීම, ක්රියාකාරී පොකුරු, රූප සටහන් ආදිය.

ආදර්ශන ප්රති .ල
දත්ත කැණීම
ආනයන අවශ්යතාවය
ප්රධාන විශ්ලේෂණය
යොමුව
ආදර්ශන ප්රති .ල

දත්ත කැණීම

ආනයන අවශ්යතාවය

වේදිකාව:ඉලුමිනා, එම්.ජී.අයි
උපාය:Rna-seq
පිරිසැලසුම: රෝගියා, පිරිසිදු දත්ත.
පුස්තකාල වර්ගය:FR-Stantraed, Fr-costraight හෝ fr-thenstrand
කියවීමේ දිග:150 බීපී
ගොනු වර්ගය:* .ෆාෆ්ක්, * .FQ, * .්මෙක් හෝ * .FQ.gz. පද්ධතිය විසින් කරනු ඇතසෑම ලිපිගොනු නම් වලට අනුව, .්මාෆ් ලිපිගොනු ස්වයංක්රීයව යුගල කරන්න,උදා: * _1.fasteck එකතු කර ඇත * ._ හි.
සාම්පල ගණන:සංඛ්යාවට කිසිදු සීමාවක් නොමැතසාම්පල, නමුත් විශ්ලේෂණ කාලය අනුව සංඛ්යාව ලෙසසාම්පල වර්ධනය වේ.
නිර්දේශිත දත්ත ප්රමාණය:නියැදියකට 6g

ප්රධාන විශ්ලේෂණය
MRNA-SEQ හි ප්රධාන විශ්ලේෂණය සහ ජෛව තොරතුරු තාක්ෂණ මෙවලම් (යොමුව)නල මාර්ගය පහත පරිදි වේ:
1. රව්ඩාටා තත්ත්ව පාලනය:
And අඩු ගුණාත්මක අනුපිළිවෙල ඉවත් කිරීම, ඇඩැප්ටර අනුක්රමයන්,ආදිය;
• මෙවලම්: ගෘහස්ථ සංවර්ධිත නල මාර්ග;
2. දත්ත යොමු කිරීම යොමු ජෙනෝමය සඳහා දත්ත පෙළගැස්වීම:
The ස්ප්ලිස්-දැනුවත් ඇල්ගොරිතම සමඟ කියවීමයොමු ජෙනෝම්.
• මෙවලම්:Hisat2, samtols
3. පුස්තකාල තත්ත්ව විශ්ලේෂණය:
Ands දිග විශ්ලේෂණය, අනුක්රමික සන්තක විශ්ලේෂණය ආදිය ඇතුළත් කරන්න;
• මෙවලම්:samtols;
4. අනුක්රමික ව්යුහ විශ්ලේෂණය:
Oction විකල්ප බෙදීමේ විශ්ලේෂණය, ජාන ව්යුහයේ ප්රශස්තිකරණය,නවකතා අනාවැකි ආදිය;
• මෙවලම්:නූල්ටි, gffcompere, ගැට්ක්,දියමන්ති, අන්තර් පරිචලනය, සහහ්මර්.
5. ආන්තර ප්රකාශන විශ්ලේෂණය:
Procympy තිරගත කිරීම, සම-සම්බන්ධතා විශ්ලේෂණය, ක්රියාකාරීත්වයපොහොසත් කිරීම;
විවිධ දෘශ්යකරණ ප්රති .ල;
Rසමඟසෙග්ස්, Deseck2, ggplot2, ඩෙක්ස්සෙක්
යොමුව
1. කිම්, ඩේහන් සහ වෙනත් අය. "ප්රස්තානයේ ජෙනෝමය පෙළගැස්වීම සහහියුට් 2 සහ උඩට්-ප්රවේණික පරතරය සමඟ ප්රවේණි කිරීම. "සොබාදහමජෛව තාක්ෂණය37 (2019): 907 - 915.
2. මැකේනා, ආරොන් සහ වෙනත් අය. "ජෙනියම් විශ්ලේෂණ මෙවලම් කට්ටලය: aඊළඟ පරම්පරාවේ ඩීඑන්ඒ විශ්ලේෂණය කිරීම සඳහා MAPROCE රාමුවදත්ත අනුක්රමිකත්වය. "ජෙනෝම් පර්යේෂණ20 (2010): 1297-303.
3. ලී, හෙන්ග් සහ වෙනත් අය. "අනුක්රමය පෙළගැස්වීම / සිතියම් ආකෘතිය සහසම්පත්ල්ස්. "ජෛව තොරතුරු25 (2009): 2078 - 2079.
4. පෙරියා, මිහයිලා සහ වෙනත් අල්. "Stringtie සක්රීය කිරීම වැඩිදියුණු කළ හැකියRNA-SEQ වෙතින් පිටපත් කිරීමක් ප්රතිනිර්මාණය කිරීම. "සොබාදහමජෛව තාක්ෂණය33 (2015): 290-295.
5. ආදරය, මයිකල් අයි. සහ වෙනත්. "නැමීමේ වෙනස් කිරීම සහDEEEQ2 සමඟ RNA-SEQ දත්ත සඳහා විසුරුවා හැරීම. "ජෙනෝමයජීව විද්යාව15 (2014): n. පැග්.
6. එඩී, ෂෝන් ආර් .. "වේගවත් පැතිකඩ HMM සෙවීම්."Plos පරිගණක ජීව විද්යාව7 (2011): n. පැග්.

උපුටා දැක්වීමක් ලබා ගන්න

ඔබේ පණිවිඩය මෙහි ලියා එය අප වෙත යවන්න

ඔබේ පණිවිඩය අපට යවන්න: