De novo Fungal Genome එකලස් කිරීම
BMKGENE විවිධ පර්යේෂණ අවශ්යතා සහ අපේක්ෂිත ජෙනෝම සම්පූර්ණත්වය සඳහා දිලීර ජෙනෝම සඳහා බහුකාර්ය විසඳුම් ඉදිරිපත් කරයි. කෙටි-කියවන Illumina අනුක්‍රමණය භාවිතා කිරීම පමණක් කෙටුම්පත් ජෙනෝමයක් ජනනය කිරීමට ඉඩ සලසයි. Nanopore හෝ Pacbio භාවිතයෙන් කෙටි කියවීම් සහ දිගු-කියවන අනුපිළිවෙල දිගු කොන්ටිග් සහිත වඩාත් පිරිපහදු කළ දිලීර ජෙනෝමයක් සඳහා ඒකාබද්ධ කෙරේ. එපමනක් නොව, Hi-C අනුපිළිවෙල අනුකලනය කිරීම මගින් හැකියාවන් තව දුරටත් වැඩි දියුණු කරයි, සම්පූර්ණ වර්ණදේහ මට්ටමේ ජෙනෝමයක් ලබා ගැනීමට හැකි වේ.
සේවා විශේෂාංග
ජෙනෝමයේ සම්පූර්ණත්වයේ අපේක්ෂිත මට්ටම අනුව තෝරා ගැනීමට හැකි විකල්ප තුනක් සමඟ:
● කෙටුම්පත් ජෙනෝම් විකල්පය: Illumina NovaSeq PE150 සමඟ කෙටි කියවීමේ අනුපිළිවෙල.
● Fungal Fine Genome විකල්පය:
Genome Survey: Illumina NovaSeq PE150.
Genome එකලස් කිරීම: PacBio Revio (HiFi කියවයි) හෝ Nanopore PromethION 48.
● වර්ණදේහ මට්ටමේ දිලීර ජෙනෝමය:
Genome Survey: Illumina NovaSeq PE150.
Genome එකලස් කිරීම: PacBio Revio (HiFi කියවයි) හෝ Nanopore PromethION 48.
Hi-C එකලස් කිරීම සමඟ කොන්ටිග් නැංගුරම් දැමීම.
සේවා වාසි
●බහු අනුක්‍රමික උපාය මාර්ග තිබේ: විවිධ පර්යේෂණ ඉලක්ක සහ ජෙනෝම සම්පූර්ණත්වයේ අවශ්යතා සඳහා
●සම්පූර්ණ Bioinformatics Workflow:මෙයට ජෙනෝම එකලස් කිරීම සහ බහු ප්‍රවේණික මූලද්රව්ය පිළිබඳ පුරෝකථනය, ක්‍රියාකාරී ජාන විවරණ සහ කොන්ටිග් නැංගුරම් දැමීම ඇතුළත් වේ.
●පුළුල් විශේෂඥතාව: ක්ෂුද්‍රජීවී ජෙනෝම 12,000කට අධික ප්‍රමාණයක් එකලස් කර ඇති අතර, අපි දශකයකට වැඩි පළපුරුද්දක්, ඉහළ නිපුණතා විශ්ලේෂණ කණ්ඩායමක්, විස්තීරණ අන්තර්ගතයක් සහ විශිෂ්ට අලෙවියෙන් පසු සහාය ලබා දෙන්නෙමු.
●අලෙවියෙන් පසු සහාය:අපගේ කැපවීම ව්‍යාපෘති නිම කිරීමෙන් ඔබ්බට මාස 3ක අලෙවියෙන් පසු සේවා කාලයක් සමඟින් විහිදේ. මෙම කාලය තුළ, අපි ව්‍යාපෘති පසු විපරම්, දෝශ නිරාකරණ සහාය, සහ ප්‍රතිඵලවලට අදාළ ඕනෑම විමසීමක් විසඳීමට ප්‍රශ්න සහ පිළිතුරු සැසි පිරිනමන්නෙමු.
සේවා පිරිවිතර
| සේවාව | අනුක්‍රමික උපාය මාර්ගය | තත්ත්ව පාලනය |
| කෙටුම්පත ජෙනෝමය | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| සියුම් ජෙනෝමය | Genome සමීක්ෂණය: Illumina PE150 50 x එකලස් කිරීම: PacBio HiFi 30x හෝ Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) contig N50 ≥2Mb (ONT ඒක සෛලික) contig N50 ≥500kb (වෙනත්) |
| වර්ණදේහ මට්ටමේ ජෙනෝමය | Genome සමීක්ෂණය: Illumina PE150 50 x එකලස් කිරීම: PacBio HiFi 30x හෝ Nanopore 100x Hi-C එකලස් කිරීම 100x | කොන්ටිග් නැංගුරම් අනුපාතය>90%
|
සේවා අවශ්යතා
| සාන්ද්රණය (ng/µL) | මුළු මුදල (µg) | පරිමාව (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| නැනෝපෝර් | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| ඉලුමිනා | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
ඒක සෛලික දිලීර: ≥3.5x1010 සෛල
මැක්රෝ දිලීර: ≥10 ග්රෑම්
සේවා වැඩ ප්රවාහය
සාම්පල භාරදීම
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
පහත විශ්ලේෂණය ඇතුළත් වේ:
ජාන සමීක්ෂණය:
- දත්ත තත්ත්ව පාලනය අනුක්‍රමණය කිරීම
- Genome ඇස්තමේන්තුව: ප්රමාණය, විෂමතාවය, පුනරාවර්තන මූලද්රව්ය
සියුම් ජෙනෝම එකලස් කිරීම:
- අනුක්‍රමික දත්ත තත්ත්ව පාලනය
- ද නවෝඑකලස් කිරීම
- Genome සංරචක විශ්ලේෂණය: CDS සහ බහු ජානමය මූලද්රව්ය පිළිබඳ පුරෝකථනය
- බහු සාමාන්‍ය දත්ත සමුදායන් (GO, KEGG, ආදිය) සහ උසස් දත්ත සමුදායන් (CARD, VFDB, ආදිය) සමඟ ක්‍රියාකාරී විවරණ
Hi-C එකලස් කිරීම:
- Hi-C පුස්තකාල තක්සේරුව.
- කොන්ටිග්ස් නැංගුරම් පොකුරු කිරීම, ඇණවුම් කිරීම සහ දිශානතිය
- HI-C එකලස් කිරීමේ ඇගයීම: යොමු ජෙනෝමය සහ තාප සිතියම මත පදනම්ව
ජාන සමීක්ෂණය: k-mer ව්‍යාප්තිය
ජෙනෝම එකලස් කිරීම: ජාන සමජාතීය විවරණ (NR දත්ත සමුදාය)
ජෙනෝම එකලස් කිරීම: ක්‍රියාකාරී ජාන විවරණ (GO)
සකස් කරන ලද ප්‍රකාශන එකතුවක් හරහා BMKGene හි දිලීර ජෙනෝම එකලස් කිරීමේ සේවාවන් මගින් පහසුකම් සපයන දියුණුව ගවේෂණය කරන්න.
Hao, J. et al. (2023) 'ගිලී ගිය තත්ත්‍වයන් යටතේ Inonotus obliquus ඖෂධීය හතු වල ඒකාබද්ධ ඔමික් පැතිකඩ',BMC ජෙනොමික්ස්, 24(1), 1-12 පි. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) 'ජිනෝම අනුක්‍රමණය මගින් තිරිඟු තියුණු ඇස්පොත රෝග කාරක රයිසොක්ටෝනියා සීරියලිස් හි පරිණාමය සහ ව්‍යාධිජනක යාන්ත්‍රණයන් හෙළි කරයි',බෝග සඟරාව, 11(2), පි. 405-416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'විවිධ තණකොළ මත ඩොලර් ස්ථානයට හේතු වන ක්ලැරිරීඩියා විශේෂ හතරක් සඳහා ජෙනෝම සම්පත්',ශාක රෝග, 107(3), පි. 929-934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'ආහාරයට ගත හැකි හතු ග්‍රිෆෝලා ෆ්‍රොන්ඩෝසා හි ටෙට්‍රාපොලර් සංසර්ග පද්ධතියක ජාන සහ අණුක සාක්ෂි',දිලීර සඟරාව, 9(10), පි. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
