BMKMANU S3000_Spatial Transscriptome
BMKMANU S3000 අවකාශීය පිටපත් කිරීමේ තාක්ෂණික යෝජනා ක්රමය
විශේෂාංග
- විභේදනය: 3.5 µM
- ස්ථාන විෂ්කම්භය: 2.5 µM
- ලප ගණන: ආසන්න වශයෙන් 4 මිලියන
- 3 හැකි ග්‍රහණ ප්‍රදේශ ආකෘති: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm හෝ 15 mm * 20 mm
- සෑම තීරු කේත සහිත පබළු කොටස් 4 කින් සමන්විත ප්‍රයිමර් වලින් පටවා ඇත:
• mRNA ප්‍රාථමිකකරණය සහ cDNA සංස්ලේෂණය සඳහා පොලි(dT) වලිගය,
• විස්තාරණ නැඹුරුව නිවැරදි කිරීමට අද්විතීය අණුක හඳුනාගැනීම (UMI).
• අවකාශීය තීරු කේතය
• අර්ධ කියවීමේ 1 අනුක්‍රමික ප්‍රාථමිකයේ බන්ධන අනුපිළිවෙල
- H&E සහ කොටස්වල ප්රතිදීප්ත පැල්ලම්
- සෛල ඛණ්ඩනය කිරීමේ තාක්ෂණය භාවිතා කිරීමේ හැකියාව: එක් එක් සෛලයේ මායිම් තීරණය කිරීමට සහ එක් එක් සෛලයට ජාන ප්රකාශනය නිවැරදිව පැවරීමට H&E පැල්ලම්, ප්රතිදීප්ත පැල්ලම් සහ RNA අනුපිළිවෙල ඒකාබද්ධ කිරීම. සෛල බඳුන මත පදනම්ව පහළට අවකාශීය පැතිකඩ විශ්ලේෂණය සැකසීම.
- බහු මට්ටමේ විභේදන විශ්ලේෂණය සාක්ෂාත් කර ගැනීමට හැකි වේ: ප්රශස්ත විභේදනයකින් විවිධ පටක ලක්ෂණ විසඳීම සඳහා 100um සිට 3.5 um දක්වා වූ නම්යශීලී බහු මට්ටමේ විශ්ලේෂණය.
BMKMANU S3000 හි වාසි
-අල්ලා ගැනීමේ ස්ථාන මිලියන 4 දක්වා දෙගුණ කිරීම: වැඩි දියුණු කළ විභේදන 3.5 uM සමඟින්, එක් සෛලයකට ඉහළ ජාන සහ UMI හඳුනාගැනීම් වලට තුඩු දෙයි. මෙහි ප්‍රතිඵලය වන්නේ පටක ව්‍යුහයට ගැළපෙන සියුම් විස්තර සහිත, පිටපත් කිරීමේ පැතිකඩ මත පදනම්ව සෛලවල පොකුරු වැඩිදියුණු කිරීමයි.
- උප සෛල විභේදනය:සෑම ග්‍රහණ ප්‍රදේශයකම > 2.5 µm ක විෂ්කම්භයක් සහිත අවකාශීය තීරු කේත සහිත ලප මිලියන 2 ක් සහ ස්ථාන මධ්‍යස්ථාන අතර 5 µm පරතරයක් ඇති අතර, උප-සෛලීය විභේදනය (5 µm) සමඟ අවකාශීය පිටපත් කිරීමේ විශ්ලේෂණය සක්‍රීය කරයි.
-බහු මට්ටමේ විභේදන විශ්ලේෂණය:ප්රශස්ත විභේදනයකදී විවිධ පටක ලක්ෂණ විසඳීම සඳහා 100 μm සිට 5 μm දක්වා වූ නම්යශීලී බහු මට්ටමේ විශ්ලේෂණය.
-"Three in one slide" සෛල ඛණ්ඩනය කිරීමේ තාක්ෂණය භාවිතා කිරීමේ හැකියාව:fluorescence staining, H&E staining, සහ RNA අනුක්‍රමණය තනි විනිවිදකයක් මත ඒකාබද්ධ කරමින්, අපගේ "ත්‍රී-ඉන්-වන්" විශ්ලේෂණ ඇල්ගොරිතම පසුව සෛල පාදක පිටපත් කිරීම සඳහා සෛල මායිම් හඳුනාගැනීම බල ගන්වයි.
-බහු අනුක්‍රමික වේදිකා සමඟ අනුකූල වේ: NGS සහ දිගු-කියවන අනුපිළිවෙල දෙකම පවතී.
-1-8 ක්රියාකාරී අල්ලා ගැනීමේ ප්රදේශයේ නම්යශීලී නිර්මාණය: ග්‍රහණ ප්රදේශයේ ප්‍රමාණය නම්යශීලී වන අතර, ආකෘති 3ක් භාවිතා කළ හැකිය (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm සහ 15 mm * 20 mm)
-එක්-නැවතුම් සේවාව: ක්‍රියෝ-කොටස් කිරීම, පැල්ලම් කිරීම, පටක ප්‍රශස්තකරණය, අවකාශීය තීරු කේතකරණය, පුස්තකාලය සකස් කිරීම, අනුක්‍රමණය කිරීම සහ ජෛව තොරතුරු ඇතුළු සියලු අත්දැකීම් සහ කුසලතා මත පදනම් වූ පියවර ඒකාබද්ධ කරයි.
-විස්තීරණ ජෛව තොරතුරු සහ ප්‍රතිඵලවල පරිශීලක-හිතකාමී දෘශ්‍යකරණය:පැකේජයට විශ්ලේෂණ 29 ක් සහ උසස් තත්ත්වයේ සංඛ්‍යා 100+ ඇතුළත් වන අතර, සෛල බෙදීම සහ ස්ථාන පොකුරු දෘශ්‍යමාන කිරීමට සහ අභිරුචිකරණය කිරීමට අභ්‍යන්තරව දියුණු කරන ලද මෘදුකාංග භාවිතය සමඟ ඒකාබද්ධ වේ.
-අභිරුචි දත්ත විශ්ලේෂණය සහ දෘශ්‍යකරණය: විවිධ පර්යේෂණ ඉල්ලීම් සඳහා ලබා ගත හැකිය
-ඉහළ දක්ෂතා ඇති තාක්ෂණික කණ්ඩායම: මානව, මීයන්, ක්ෂීරපායී, මාළු සහ ශාක ඇතුළු පටක වර්ග 250කට අධික ප්‍රමාණයක සහ විශේෂ 100+ ක අත්දැකීම් සහිතයි.
-සම්පූර්ණ ව්‍යාපෘතිය පිළිබඳ තත්‍ය කාලීන යාවත්කාලීන කිරීම්: පර්යේෂණාත්මක ප්‍රගතියේ පූර්ණ පාලනය සහිතව.
-තනි සෛල mRNA අනුපිළිවෙල සමඟ විකල්ප ඒකාබද්ධ විශ්ලේෂණය
සේවා පිරිවිතර
| නියැදි අවශ්යතා | පුස්තකාලය | අනුක්‍රමික උපාය මාර්ගය | දත්ත නිර්දේශ කෙරේ | තත්ත්ව පාලනය |
| OCT-Embedded cryo සාම්පල (ප්රශස්ත විෂ්කම්භය: දළ වශයෙන්. 6×6×6 mm³) නියැදියකට කුට්ටි 2 ක් 1 අත්හදා බැලීම සඳහා, 1 උපස්ථය සඳහා | S3000 cDNA පුස්තකාලය | Illumina PE150 | 100υM සඳහා 160K PE කියවීම් (250 Gb) | RIN > 7 |
නියැදි සකස් කිරීමේ මාර්ගෝපදේශය සහ සේවා කාර්ය ප්රවාහය පිළිබඳ වැඩි විස්තර සඳහා කරුණාකර කතා කිරීමට නිදහස් වන්න aBMKGENE විශේෂඥ
සේවා වැඩ ප්රවාහය
නියැදි සකස් කිරීමේ අදියරේදී, උසස් තත්ත්වයේ RNA ලබා ගත හැකි බව සහතික කිරීම සඳහා මූලික තොග RNA නිස්සාරණය කිරීමේ පරීක්ෂණයක් සිදු කරනු ලැබේ. පටක ප්‍රශස්තිකරණ අදියරේදී කොටස් පැල්ලම් සහ දෘශ්‍යමාන වන අතර පටක වලින් mRNA මුදා හැරීම සඳහා පාරගම්‍යතා තත්ත්වයන් ප්රශස්ත වේ. ප්‍රශස්තිකරණය කරන ලද ප්‍රොටෝකෝලය පුස්තකාල ඉදිකිරීමේදී යොදනු ලැබේ, පසුව අනුක්‍රමණය සහ දත්ත විශ්ලේෂණය සිදු කරයි.
සම්පූර්ණ සේවා කාර්ය ප්‍රවාහයට තත්‍ය කාලීන යාවත්කාලීන කිරීම් සහ ප්‍රතිචාරාත්මක ප්‍රතිපෝෂණ පුඩුවක් පවත්වා ගැනීම සඳහා සේවාලාභී තහවුරු කිරීම් ඇතුළත් වේ, සුමට ව්‍යාපෘති ක්‍රියාත්මක කිරීම සහතික කරයි.
BMKMANU S3000 විසින් ජනනය කරන ලද දත්ත "BSTMatrix" මෘදුකාංගය භාවිතයෙන් විශ්ලේෂණය කරනු ලැබේ, එය BMKGENE විසින් ස්වාධීනව නිර්මාණය කර ඇති අතර, සෛල මට්ටමක් සහ බහු මට්ටමේ විභේදනයක් Gene Expression Matrix ජනනය කරයි. එතැන් සිට, දත්ත තත්ත්ව පාලනය, අභ්යන්තර නියැදි විශ්ලේෂණය සහ අන්තර් කණ්ඩායම් විශ්ලේෂණය ඇතුළත් සම්මත වාර්තාවක් ජනනය වේ.
- දත්ත තත්ත්ව පාලනය:
- දත්ත ප්රතිදානය සහ ගුණාත්මක ලකුණු බෙදා හැරීම
- එක් ස්ථානයකට ජාන හඳුනාගැනීම
- පටක ආවරණය
- අභ්යන්තර-නියැදි විශ්ලේෂණය:
- ජාන පොහොසත්කම
- අඩු කළ මාන විශ්ලේෂණය ඇතුළුව ස්ථාන පොකුරු කිරීම
- පොකුරු අතර අවකල ප්රකාශන විශ්ලේෂණය: සලකුණු ජාන හඳුනා ගැනීම
- ක්රියාකාරී විවරණ සහ සලකුණු ජාන පොහොසත් කිරීම
- අන්තර් කණ්ඩායම් විශ්ලේෂණය
- සාම්පල දෙකෙන්ම ලප නැවත සංකලනය කිරීම (උදා. රෝගී සහ පාලනය) සහ නැවත පොකුරු
- එක් එක් පොකුරු සඳහා සලකුණු ජාන හඳුනා ගැනීම
- ක්රියාකාරී විවරණ සහ සලකුණු ජාන පොහොසත් කිරීම
- කණ්ඩායම් අතර එකම පොකුරේ අවකල ප්රකාශනය
මීට අමතරව, BMKGene සංවර්ධනය කරන ලද “BSTViewer” යනු පරිශීලක-හිතකාමී මෙවලමක් වන අතර එමඟින් විවිධ විභේදනවලදී ජාන ප්රකාශනය සහ ස්ථාන පොකුරු දෘශ්‍යමාන කිරීමට පරිශීලකයාට හැකි වේ.
BMKGene නිශ්චිත තනි සෛල විභේදනයකින් (සෛල බඳුනක් හෝ 100um සිට 3.5um දක්වා බහු මට්ටමේ වර්ග බඳුනක් මත පදනම්ව) අවකාශීය පැතිකඩ සේවා සපයයි.
S3000 විනිවිදකයේ පටක කොටස් වලින් අවකාශීය පැතිකඩ දත්ත පහත පරිදි හොඳින් ක්‍රියාත්මක විය.
සිද්ධි අධ්‍යයනය 1: මූසික මොළය
S3000 සමඟ මූසික මොළයේ කොටසක් විශ්ලේෂණය කිරීමෙන් සෛල ~94 000 හඳුනා ගැනීමට හැකි වූ අතර, එක් සෛලයකට ජාන ~ 2000 ක මධ්‍ය අනුපිළිවෙලක් ඇත. 3.5 uM හි වැඩි දියුණු කළ විභේදනය නිසා පිටපත් කිරීමේ රටා මත පදනම්ව සෛලවල ඉතා සවිස්තරාත්මක පොකුරක් ඇති විය, සෛල පොකුරු මොළයේ වෙනස් ව්‍යුහයන් අනුකරණය කරයි. පිළිවෙළින් අළු සහ සුදු පදාර්ථවල තනිකරම පාහේ පිහිටා ඇති ඔලිගොඩෙන්ඩ්‍රොසයිට් සහ මයික්‍රොග්ලියා සෛල ලෙස පොකුරුගත සෛල ව්‍යාප්තිය දෘශ්‍යමාන කිරීමෙන් මෙය පහසුවෙන් නිරීක්ෂණය කළ හැකිය.
සිද්ධි අධ්‍යයනය 2: මූසික කළලය
S3000 සමඟ මූසික කළල කොටස විශ්ලේෂණය කිරීමෙන් සෛල ~ 2200 000 හඳුනා ගැනීමට හැකි වූ අතර, එක් සෛලයකට ජාන ~ 1600 ක මධ්‍ය අනුපිළිවෙලක් ඇත. 3.5 uM හි වැඩි දියුණු කළ විභේදනය අක්ෂි ප්රදේශයේ පොකුරු 12 ක් සහ මොළයේ ප්රදේශයේ පොකුරු 28 ක් සමඟ පිටපත් කිරීමේ රටා මත පදනම් වූ සෛල ඉතා සවිස්තරාත්මක පොකුරු කිරීමට හේතු විය.
අභ්යන්තර නියැදි විශ්ලේෂණ සෛල පොකුරු:
මාර්කර් ජාන හඳුනාගැනීම සහ අවකාශීය ව්‍යාප්තිය:
- ඉහළ උප-සෛලීය විභේදනය: S1000 ස්ලයිඩය හා සසඳන විට, S3000 හි සෑම ග්‍රහණ ප්‍රදේශයකම > 2.5 µm ක විෂ්කම්භයක් සහ ස්ථාන මධ්‍යස්ථාන අතර 3.5 µm ක දුරක් සහිත අවකාශීය තීරු කේත සහිත ස්ථාන මිලියන 4 ක් අඩංගු වන අතර, ඉහළ උප-සෛලීය විභේදනයක් සහිත අවකාශීය පිටපත් විශ්ලේෂණය සක්‍රීය කරයි. (වර්ග බඳුන: 3.5 µm).
- ඉහළ ග්‍රහණය කිරීමේ කාර්යක්ෂමතාව: S1000 ස්ලයිඩය හා සසඳන විට, Median_UMI 30% සිට 70% දක්වා වැඩි වීම, Median_Gene 30% සිට 60% දක්වා වැඩි වීම
S1000 චිපයේ යෝජනා ක්රමය:
S3000 චිපයේ යෝජනා ක්රමය:
