سنگل نيوڪلي آر اين اي جي ترتيب
ٽيڪنيڪل اسڪيم
10x جينومڪس ڪروميم ™ ذريعي نيوڪلي جي الڳ ٿيڻ کي حاصل ڪيو ويو آهي، جيڪو ڊبل ڪراسنگ سان اٺ-چينل مائڪرو فلائيڊڪس سسٽم تي مشتمل آهي. هن سسٽم ۾، بارڪوڊس ۽ پرائمر سان گڏ هڪ جيل موتي، اينزائمز ۽ هڪ واحد نيوڪيوس نانووليٽر جي سائز جي آئل ڊراپ ۾ ڍڪيل آهن، جيل بيڊ-ان-ايمولشن (GEM) ٺاهي رهيا آهن. هڪ ڀيرو GEM ٺھيل آھن، سيل ليسس ۽ بارڪوڊ جي ڇڏڻ جو عمل ھر GEM ۾ ڪيو ويندو آھي. mRNA 10× بارڪوڊس ۽ UMI سان گڏ cDNA ماليڪيولز ۾ ريورس ٽرانسڪرائب ٿيل آهن، جيڪي اڳتي هلي معياري ترتيب واري لائبريري جي تعمير جي تابع آهن.
خاصيتون
● منجمد ٽشوز مان واحد-نيڪلي معطلي جي تياري
● جيل بيڊ-ان-ايمولشن (GEM) جي ٺهڻ بعد cDNA جي ٺهڻ
● GEM ۾ هر موتي 4 حصن تي مشتمل پرائمر سان ڀريل آهي:
پولي (ڊي ٽي) دم mRNA پرائمنگ ۽ سي ڊي اين اي سنٿيسس لاءِ،
انوکو ماليڪيولر سڃاڻپ ڪندڙ (UMI) امپليڪشن تعصب کي درست ڪرڻ لاءِ
10x بارڪوڊ
جزوي پڙھڻ جو پابند سلسلو 1 تسلسل واري پرائمر
فائدا
سنگل نيوڪليس آر اين اي تسلسل سنگل سيل آر اين اي جي ترتيب جي حدن کي ختم ڪري ٿو، فعال ڪرڻ:
● منجمد نموني جو استعمال ۽ صرف تازو نمونن تائين محدود ناهي
● منجمد سيلن جو گهٽ دٻاءُ جڏهن تازو سيلن جي اينزيميٽڪ علاج جي مقابلي ۾، گهٽ دٻاءُ جي حوصلا افزائي جين جي صورت ۾ ٽرانسڪروم ڊيٽا ۾ ظاهر ٿئي ٿو
● ڳاڙهي رت جي سيلن کي اڳ ۾ ختم ڪرڻ جي ڪا ضرورت ناهي
● لامحدود سيل قطر
● نمونن جو وڏو مجموعو جيڪي تجزيي لاءِ اهل آهن، بشمول پيچيده ۽ نازڪ ٽشو جا قسم جيڪي سيل ڪلمپنگ يا ٽشوز جي الڳ ٿيڻ دوران تباهي جو شڪار آهن
نمونا جيڪي واحد-سيل آر اين اي جي ترتيب سان تجزيو نٿا ڪري سگهن ۽ واحد نيوڪلي آر اين اي جي ترتيب لاءِ اهل آهن:
| سيل / ٽشو | دليل |
| منجمد ٽشو کي تازو ڪريو | تازو يا ڊگهي بچاء واري تنظيمن کي حاصل ڪرڻ جي قابل ناهي |
| عضلاتي سيل، ميگاڪاريو سائٽ، چربی… | اوزار ۾ داخل ٿيڻ لاءِ سيل جو قطر تمام وڏو آهي |
| جگر… | ٽوڙڻ لاء تمام نازڪ، اڪيلو سيلز کي فرق ڪرڻ جي قابل ناهي |
| نيورون سيل، دماغ… | وڌيڪ حساس، دٻاء ۾ آسان، ترتيب جي نتيجن کي تبديل ڪندو |
| پينڪرياز، ٿائرائڊ… | Endogenous enzymes ۾ مالا مال، سنگل سيل معطلي جي پيداوار کي متاثر ڪري ٿو |
سنگل نيوڪيوس بمقابله سنگل سيل
| واحد- اڪيلي | اڪيلو سيل |
| لامحدود سيل قطر | سيل قطر: 10-40 μm |
| مواد منجمد ٽشو ٿي سگهي ٿو | مواد تازو بافتو هجڻ گهرجي |
| منجمد سيلن جو گهٽ دٻاء | اينزيم علاج شايد سيل جي دٻاء جي رد عمل جو سبب بڻائين |
| ڳاڙهي رت جي سيلن کي ختم ڪرڻ جي ضرورت ناهي | ڳاڙهي رت جي سيلن کي هٽائڻ جي ضرورت آهي |
| نيوڪليئر بايو انفارميشن جو اظهار ڪري ٿو | سڄو سيل بايو انفارميشن کي ظاهر ڪري ٿو |
وضاحتون
| نموني جي گهرج | لائبريري | ترتيب واري حڪمت عملي | سفارش ٿيل ڊيٽا | معيار ڪنٽرول |
| جانورن جي بافتو ≥ 200 mg ٻوٽي جو ٽشو ≥ 400 mg | 10x جينومڪس sn cDNA لائبريري | Illumina PE150 | 100K PE پڙهي ٿو في سيل (100-200 جي بي) | 700-1200 nuclei/μl ۽ nuclei سالميت خوردبيني هيٺ مشاهدو ڪيو ويو آهي |
نموني تيار ڪرڻ جي هدايت ۽ خدمت جي ڪم جي فلو تي وڌيڪ تفصيل لاء، مهرباني ڪري ڳالهائڻ لاء آزاد محسوس ڪريو aBMKGENE ماهر
سروس ڪم فلو
ھيٺ ڏنل تجزيو شامل آھي:
● ڪوالٽي ڪنٽرول: سيلن جو تعداد، جين جي سڃاڻپ، سيلز جي صحيح سڃاڻپ، آر اين اي ماليڪيولز ۽ اظهار جي مقدار
● اندروني نموني تجزيو:
سيل ڪلسترنگ ۽ ڪلستر تشريح
اختلافي اظهار جو تجزيو: ڪلستر ۾ ڊي اي جي جي سڃاڻپ
فنڪشنل تشريح ۽ ڪلسٽر DEGs جي افزودگي
● بين الاقوامي گروپ تجزيو:
ڊيٽا جي ميلاپ
اختلافي اظهار جو تجزيو: گروپن ۾ DEGs جي سڃاڻپ
فنڪشنل تشريح ۽ گروپ DEGs جي افزودگي
● ترقي يافته تجزيو:
سيل چڪر جو تجزيو
Pseudotime تجزيو
سيل ڪميونيڪيشن تجزيو (سيل فون ڊي بي)
جيني سيٽ جي واڌاري جو تجزيو (GSEA)
اندروني نموني جو تجزيو
سيل ڪلسٽرنگ:
اختلافي اظهار جو تجزيو: ڪلستر DEGs
بين الاقوامي گروپ تجزيو
اختلافي اظهار جو تجزيو: گروپ DEGs
ترقي يافته تجزيو:
نفيس وقت جو تجزيو:
سيل سائيڪل جو تجزيو:
BMKGene جي سنگل نيوڪلئس RNA ترتيب ڏيڻ جي خدمتن پاران 10X Chromium پاران مهيا ڪيل پيش رفتن جي ڳولا ڪريو ھنن خاص اشاعتن ۾:
وانگ، ايل وغيره. (2021) 'سنگل-سيل ٽرانسڪرٽومڪ تجزيي ظاهر ڪري ٿو مدافعتي نظارن کي ڦڦڙن جي اسٽيرائڊ-مزاحمتي دمما جي واڌ ۾'،گڏيل قومن جي نيشنل اڪيڊمي آف سائنسز جي ڪارروائي، 118(2)، ص. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
زينگ، ايڇ وغيره. (2022) 'A Global Regulatory Network for Dysregulated gene expression and abnormal metabolic signaling in immune Cells in the microenvironment of Graves' Disease and Hashimoto's Thyroiditis'،Immunology ۾ سرحدون، 13، ص. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
ٽيان، ايڇ وغيره. (2023) ’سنگل-سيل ٽرانسڪرپٽوم غير فعال ايڊورڊسيلا ٽارڊا ان فلائونڊر (Paralichthys olivaceus) سان ويڪسينيشن کانپوءِ leukocytes جي heterogeneity ۽ مدافعتي ردعمل کي ظاهر ڪري ٿو،آبي زراعت، 566، ص. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
يو، يو وغيره. (2023) 'فوٽوڊينامڪ ٿراپي گيسٽرڪ ڪينسر جي مريضن ۾ اينٽي ٽومر جي مدافعتي کي ٻيهر ترتيب ڏيڻ ذريعي مدافعتي چيڪ پوائنٽ انابيٽرز جي نتيجن کي بهتر بڻائي ٿي'،گيسٽرڪ ڪينسر، 26 (5)، ص 798-813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
