-
سنگل نيوڪلي آر اين اي جي ترتيب
سنگل سيل جي قبضي ۽ ڪسٽم لائبريري جي تعمير جي ٽيڪنالاجي جي ترقي، اعلي-ذريعي ترتيب سان گڏ، سيل جي سطح تي جين اظهار جي مطالعي ۾ انقلاب آڻي ڇڏيو آهي. هي پيش رفت پيچيده سيلن جي آبادي جي وڌيڪ گہرے ۽ وڌيڪ جامع تجزيي جي اجازت ڏئي ٿي، سڀني سيلن تي جين اظهار جي اوسط سان لاڳاپيل حدن کي ختم ڪندي ۽ انهن آبادي جي اندر حقيقي نسلييت کي محفوظ ڪري ٿو. جڏهن ته سنگل سيل آر اين اي سيڪوئنسنگ (scRNA-seq) جا ناقابل ترديد فائدا آهن، پر اهو ڪجهه ٽشوز ۾ چيلينجز کي منهن ڏئي ٿو جتي سنگل سيل جي معطلي جي ٺهڻ مشڪل ثابت ٿئي ٿي ۽ تازو نمونن جي ضرورت آهي. BMKGene تي، اسان جديد ترين 10X جينومڪس ڪروميم ٽيڪنالاجي استعمال ڪندي سنگل نيوڪلئس آر اين اي سيڪوئنسنگ (snRNA-seq) پيش ڪندي هن رڪاوٽ کي حل ڪريون ٿا. اهو نقطو نمونن جي اسپيڪٽرم کي وسيع ڪري ٿو جيڪو واحد سيل جي سطح تي ٽرانسڪرپٽوم تجزيي جي قابل آهي.
نيوڪلي جي الڳ ٿيڻ کي جديد 10X جينومڪس ڪروميم چپ ذريعي مڪمل ڪيو ويو آهي، هڪ اٺ چينل مائڪرو فلائيڊڪس سسٽم سان گڏ ڊبل ڪراسنگ سان. هن سسٽم جي اندر، جيل موتي شامل آهن بارڪوڊس، پرائمر، اينزائمز، ۽ هڪ واحد نيوڪليس نانووليٽر جي سائز جي تيل جي قطرن ۾ ڍڪيل آهن، جيل بيڊ-ان-ايملشن (GEM) ٺاهي رهيا آهن. GEM ٺهڻ کان پوء، سيل lysis ۽ بارڪوڊ ڇڏڻ هر GEM جي اندر ٿينديون آهن. تنهن کان پوءِ، mRNA ماليڪيولز 10X بارڪوڊس ۽ منفرد ماليڪيولر شناخت ڪندڙ (UMIs) کي شامل ڪندي، سي ڊي اين ايز ۾ ريورس ٽرانسڪرپشن مان گذرندا آهن. اهي سي ڊي اين اي وري معياري ترتيب واري لائبريري جي تعمير جي تابع آهن، جين ايڪسپريس پروفائلز جي سنگل سيل جي سطح تي مضبوط ۽ جامع ڳولا جي سهولت فراهم ڪندي.
پليٽ فارم: 10 × جينومڪس Chromium ۽ Illumina NovaSeq پليٽ فارم
-
10x جينومڪس ويزيم اسپيٽيل ٽرانسڪروم
Spatial transscriptomics هڪ جديد ٽيڪنالاجي آهي جيڪا محققن کي اجازت ڏئي ٿي ته انهن جين جي اظهار جي نمونن کي ٽشوز اندر تحقيق ڪري جڏهن انهن جي فضائي حوالي سان محفوظ رهي. ھن ڊومين ۾ ھڪڙو طاقتور پليٽ فارم آھي 10x جينومڪس ويزيم جيڪو ايلومينا جي ترتيب سان گڏ آھي. 10X Visium جو اصول هڪ خاص چپ تي رکيل آهي جنهن ۾ هڪ نامزد ڪيل ڪيپچر ايريا آهي جتي ٽشو سيڪشن رکيل آهن. هن قبضي واري علائقي ۾ بارڪوڊ ٿيل اسپاٽ شامل آهن، هر هڪ ٽشو اندر هڪ منفرد مقامي جڳهه سان لاڳاپيل آهي. ٽشو مان پڪڙيل آر اين اي ماليڪيولز کي وري ريورس ٽرانسپشن جي عمل دوران منفرد ماليڪيولر شناخت ڪندڙ (UMIs) سان ليبل ڪيو ويندو آهي. اهي بارڪوڊ ٿيل جڳهيون ۽ UMIs هڪ واحد سيل ريزوليوشن تي جين اظهار جي درست فضائي نقشي ۽ مقدار جي تصديق کي فعال ڪن ٿا. مقامي طور تي بارڪوڊ ٿيل نمونن ۽ UMIs جو ميلاپ پيدا ڪيل ڊيٽا جي درستگي ۽ خاصيت کي يقيني بڻائي ٿو. هن Spatial Transscriptomics ٽيڪنالاجي کي استعمال ڪندي، محقق سيلز جي فضائي تنظيم ۽ ٽشوز جي اندر ٿيندڙ پيچيده ماليڪيولر رابطي جي وڌيڪ ڄاڻ حاصل ڪري سگھن ٿا، ڪيترن ئي شعبن ۾ حياتياتي عملن جي بنيادي ميڪانيزم ۾ انمول بصيرت پيش ڪري ٿو، بشمول آنڪولوجي، نيورو سائنس، ترقياتي حياتيات، امونالوجي. ، ۽ نباتاتي اڀياس.
پليٽ فارم: 10X جينومڪس ويزيم ۽ Illumina NovaSeq
-
مڪمل ڊگھائي mRNA تسلسل-نانوپور
جڏهن ته NGS جي بنياد تي mRNA ترتيب ڏيڻ هڪ ورسٽائل اوزار آهي جين اظهار جي مقدار کي طئي ڪرڻ لاءِ، مختصر پڙهڻ تي ان جو انحصار پيچيده ٽرانسڪرٽومڪ تجزين ۾ ان جي افاديت کي محدود ڪري ٿو. ٻئي طرف، نانوپور جي ترتيب ڊگهي پڙهڻ واري ٽيڪنالاجي کي ملازمت ڏئي ٿي، مڪمل ڊگھي mRNA ٽرانسپشن جي ترتيب کي چالو ڪندي. هي طريقو متبادل ورهائڻ، جين فيوزن، پولي-ايڊينيليشن، ۽ mRNA isoforms جي مقدار جي تفصيل جي هڪ جامع ڳولا کي آسان بڻائي ٿو.
نانوپور جي ترتيب، هڪ طريقو جيڪو نانوپور اڪيلو انو ريئل ٽائيم برقي سگنل تي ڀاڙي ٿو، حقيقي وقت ۾ نتيجا مهيا ڪري ٿو. موٽر پروٽينن جي رهنمائي سان، ڊبل-اسٽرينڊ ڊي اين اي بائيوفلم ۾ شامل ٿيل نانوپور پروٽينن سان جڙيل آهي، اڻڄاتل آهي جيئن اهو وولٹیج جي فرق هيٺ نانوپور چينل مان گذري ٿو. ڊي اين اي اسٽرينڊ تي مختلف بيسز مان پيدا ٿيندڙ مخصوص برقي سگنلن کي اصل وقت ۾ ڳوليو ۽ درجه بندي ڪيو وڃي ٿو، صحيح ۽ مسلسل نيوڪليوٽائيڊ جي ترتيب کي آسان بڻائي ٿو. هي جديد طريقو مختصر پڙهڻ جي حدن کي ختم ڪري ٿو ۽ هڪ متحرڪ پليٽ فارم مهيا ڪري ٿو پيچيده جينوميڪ تجزيي لاءِ، جنهن ۾ پيچيده ٽرانسڪرٽوميڪ اڀياس شامل آهن، فوري نتيجن سان.
پليٽ فارم: Nanopore PromethION 48
-
مڪمل ڊگھائي mRNA تسلسل -PacBio
جڏهن ته NGS جي بنياد تي mRNA تسلسل جين اظهار جي مقدار کي طئي ڪرڻ لاءِ هڪ ورهين وارو اوزار آهي، ان جو انحصار مختصر پڙهڻ تي ان جي استعمال کي محدود ڪري ٿو پيچيده ٽرانسڪرٽومڪ تجزين ۾. ٻئي طرف، PacBio تسلسل (Iso-Seq) ڊگهي-پڙهندڙ ٽيڪنالاجي کي ملازمت ڏئي ٿو، مڪمل ڊگھي mRNA ٽرانسپشن جي ترتيب کي چالو ڪري ٿو. هي طريقو متبادل ورهائڻ، جين فيوزن، ۽ پولي-ايڊينيليشن جي هڪ جامع ڳولا کي آسان بڻائي ٿو. جڏهن ته، جين اظهار جي مقدار لاءِ ٻيون چونڊون به آهن، ڇاڪاڻ ته گهربل ڊيٽا جي وڏي مقدار جي ڪري. PacBio ترتيب ڏيڻ واري ٽيڪنالاجي سنگل ماليڪيول، ريئل ٽائيم (SMRT) تسلسل تي ڀاڙي ٿي، مڪمل ڊگھي mRNA ٽرانسڪرپشن کي پڪڙڻ ۾ هڪ الڳ فائدو فراهم ڪري ٿي. هن جديد طريقي ۾ صفر موڊ ويگ گائيڊز (ZMWs) ۽ مائڪرو فيبريڪيٽ ويلز استعمال ڪرڻ شامل آهن جيڪي ترتيب ڏيڻ دوران ڊي اين اي پوليمريز سرگرمي جي حقيقي وقت جي مشاهدي کي فعال ڪن ٿا. انهن ZMWs جي اندر، PacBio جي ڊي اين اي پوليمريز ڊي اين اي جي هڪ مڪمل اسٽرينڊ کي ٺهڪندڙ بڻائي ٿي، ڊگهي پڙهڻي پيدا ڪري ٿي جيڪا پوري mRNA ٽرانسڪرپٽس تي مشتمل آهي. PacBio آپريشن سرڪيولر ڪنسنسس سيڪوئنسنگ (CCS) موڊ ۾ هڪ ئي ماليڪيول کي بار بار ترتيب ڏيڻ سان درستگي کي وڌائي ٿو. ٺاهيل هائي فائي ريڊز ۾ NGS جي مقابلي ۾ هڪ درستگي آهي، وڌيڪ پيچيده ٽرانسڪرپٽومڪ خاصيتن جي جامع ۽ قابل اعتماد تجزيي ۾ مدد ڪندي.
پليٽ فارم: PacBio Sequel II؛ PacBio Revio
-
Eukaryotic mRNA تسلسل-NGS
mRNA تسلسل، هڪ ورسٽائل ٽيڪنالاجي، خاص حالتن جي تحت سيلز اندر سڀني mRNA ٽرانسڪرپٽس جي جامع پروفائلنگ کي طاقت ڏئي ٿي. ان جي وسيع وسيع ايپليڪيشنن سان، هي جديد اوزار مختلف جينياتي عملن سان لاڳاپيل پيچيده جين اظهار جي پروفائلز، جين جي جوڙجڪ، ۽ ماليڪيول ميڪانيزم کي ظاهر ڪري ٿو. بنيادي تحقيق، ڪلينڪل تشخيص، ۽ دوا جي ترقي ۾ وڏي پيماني تي اپنائڻ، mRNA ترتيب پيش ڪري ٿو سيلولر متحرڪ ۽ جينياتي ضابطن جي پيچيدگين ۾، مختلف شعبن ۾ ان جي صلاحيت بابت تجسس کي وڌايو.
پليٽ فارم: Illumina NovaSeq X؛ DNBSEQ-T7
-
غير حوالي سان ٻڌل mRNA تسلسل-NGS
mRNA تسلسل خاص حالتن جي تحت سيلز اندر سڀني mRNA ٽرانسڪرپٽس جي جامع پروفائلنگ کي طاقت ڏئي ٿو. هي جديد ٽيڪنالاجي هڪ طاقتور اوزار جي طور تي ڪم ڪري ٿي، مختلف جينياتي عملن سان لاڳاپيل پيچيده جين اظهار جي پروفائلز، جين جي جوڙجڪ، ۽ ماليڪيول ميڪانيزم کي ظاهر ڪندي. بنيادي تحقيق، ڪلينڪل تشخيص، ۽ دوا جي ترقي ۾ وڏي پيماني تي منظور ڪيو ويو آهي، ايم آر اين جي ترتيب سيلولر متحرڪ ۽ جينياتي ضابطن جي پيچيدگين ۾ بصيرت پيش ڪري ٿي.
پليٽ فارم: Illumina NovaSeq X؛ DNBSEQ-T7
-
ڊگھو غير ڪوڊنگ تسلسل-Illumina
ڊگھا نان ڪوڊنگ آر اين ايز (lncRNAs) 200 نيوڪليوٽائيڊس کان ڊگھا آھن جيڪي گھٽ ۾ گھٽ ڪوڊنگ جي صلاحيت رکن ٿا ۽ غير ڪوڊنگ آر اين اي ۾ بنيادي عنصر آھن. نيوڪلئس ۽ سائٽوپلازم ۾ مليا، اهي آر اين ايز ايپيگينيٽڪ، ٽرانسڪرپشن ۽ پوسٽ ٽرانسڪرپشنل ريگيوليشن ۾ اهم ڪردار ادا ڪن ٿا، سيلولر ۽ ماليڪيولر عملن کي شڪل ڏيڻ ۾ انهن جي اهميت کي واضح ڪن ٿا. LncRNA تسلسل سيل جي فرق، اونٽوجنيسس، ۽ انساني بيمارين ۾ هڪ طاقتور اوزار آهي.
پليٽ فارم: Illumina NovaSeq
-
ننڍي RNA تسلسل-Illumina
ننڍڙا RNA (sRNA) ماليڪيولز، جن ۾ microRNAs (miRNAs)، ننڍا مداخلت ڪندڙ RNAs (siRNAs)، ۽ piwi-interacting RNAs (piRNAs) شامل آهن. انهن مان، miRNAs، تقريبن 18-25 نيوڪليوٽائڊس ڊگھا آهن، خاص طور تي قابل ذڪر آهن انهن جي اهم ريگيوليٽري ڪردار لاءِ مختلف سيلولر عملن ۾. ٽشو-مخصوص ۽ اسٽيج-مخصوص اظهار جي نمونن سان، miRNAs مختلف نسلن ۾ اعليٰ تحفظ جي نمائش ڪن ٿا.
پليٽ فارم: Illumina NovaSeq
-
CircRNA تسلسل-Illumina
سرڪيولر آر اين اي سيڪوئنسنگ (circRNA-seq) سرڪيولر آر اين ايز جو پروفائل ۽ تجزيو ڪرڻ آهي، آر اين اي ماليڪيولز جو هڪ طبقو جيڪو بند ٿيل لوپ ٺاهيندو آهي ان جي ڪري غير قانوني ورهائڻ واري واقعن جي ڪري، هن آر اين اي کي وڌايل استحڪام فراهم ڪري ٿي. جڏهن ته ڪجهه circRNAs کي microRNA اسپنجز طور ڪم ڪندي ڏيکاريو ويو آهي، microRNAs کي الڳ ڪرڻ ۽ انهن کي انهن جي ٽارگيٽ mRNAs کي ريگيوليشن ڪرڻ کان روڪيو ويو آهي، ٻيون circRNA شايد پروٽينن سان لهه وچڙ ۾ اچن، جين جي اظهار کي تبديل ڪن، يا سيلولر عملن ۾ ڪردار ادا ڪن. circRNA ايڪسپريشن جو تجزيو انهن ماليڪيولز جي ريگيوليٽري ڪردار ۽ مختلف سيلولر عملن، ترقي جي مرحلن، ۽ بيمارين جي حالتن ۾ انهن جي اهميت جي باري ۾ بصيرت مهيا ڪري ٿو، جيني اظهار جي حوالي سان آر اين اي ريگيوليشن جي پيچيدگي کي وڌيڪ سمجهڻ ۾ مدد ڪري ٿو.
-
مڪمل ٽرانسڪرپٽوم تسلسل - Illumina
مڪمل ٽرانسڪرپٽوم تسلسل مختلف آر اين اي ماليڪيولز جي پروفائيلنگ لاءِ هڪ جامع طريقو پيش ڪري ٿو، ان ۾ شامل ڪوڊنگ (mRNA) ۽ غير ڪوڊنگ آر اين ايز (lncRNA، circRNA، ۽ miRNA). هي ٽيڪنڪ هڪ ڏنل وقت تي مخصوص سيلز جي پوري ٽرانسڪرپٽ تي قبضو ڪري ٿي، سيلولر پروسيس جي مجموعي سمجھڻ جي اجازت ڏئي ٿي. "مجموعي آر اين اي تسلسل" جي طور تي پڻ سڃاتل آهي، ان جو مقصد ٽرانسڪرپٽوم سطح تي پيچيده ريگيوليٽري نيٽ ورڪ کي ظاهر ڪرڻ جو مقصد آهي، گہرے تجزيي کي چالو ڪرڻ جهڙوڪ مقابلو ڪندڙ آر اين اي (سي آر اين اي) ۽ گڏيل آر اين اي تجزيو. اهو شروعاتي قدم جي نشاندهي ڪري ٿو فنڪشنل خاصيت جي طرف، خاص طور تي ريگيوليٽري نيٽ ورڪن کي ڪڍڻ ۾ جنهن ۾ circRNA-miRNA-mRNA-based ceRNA رابطي شامل آهن.
