-
هاء-سي جي بنياد تي ڪروميٽين جو تعامل
هاء-سي هڪ طريقو آهي جيڪو جينومڪ ترتيبن کي پڪڙڻ لاءِ تيار ڪيو ويو آهي پروبنگ پروڪسميٽي تي ٻڌل رابطي ۽ اعليٰ ذريعي جي ترتيب کي گڏ ڪندي. اهو طريقو ڪروميٽين جي ڪراس لنڪنگ تي ٻڌل آهي formaldehyde سان، ان کان پوءِ هضمي ۽ ري-ليگيشن ان طريقي سان آهي ته صرف اهي ٽڪرا جيڪي گڏيل طور تي جڙيل هوندا آهن اهي لئگيشن پراڊڪٽ ٺاهي سگهندا. انهن ligation مصنوعات کي ترتيب ڏيڻ سان، جينوم جي 3D تنظيم جو مطالعو ڪرڻ ممڪن آهي. هاء-سي جينوم جي حصن جي تقسيم جو مطالعو ڪرڻ جي قابل بنائي ٿو جيڪي روشني سان ڀريل آهن (A compartments، euchromatin) ۽ وڌيڪ ممڪن طور تي نقلي طور تي فعال آهن، ۽ علائقا جيڪي وڌيڪ مضبوط طور تي ڀريل آهن (B compartments، Heterochromatin). Hi-C پڻ استعمال ڪري سگھجي ٿو Topologically Associated Domains (TADs) کي نشانو بڻائڻ لاءِ، جينوم جا علائقا جن ۾ فولڊ ٿيل ڍانچيون آهن ۽ ممڪن آهي ته ساڳيا اظهار جا نمونا هجن، ۽ ڪروميٽين لوپس جي نشاندهي ڪرڻ لاءِ، ڊي اين اي علائقا جيڪي پروٽينن سان گڏ لنگهي ويا آهن ۽ اهي آهن. اڪثر ريگيوليٽري عناصر ۾ مالا مال. BMKGene جي هاء-سي ترتيب ڏيڻ واري خدمت محققن کي جينومڪس جي فضائي طول و عرض کي ڳولڻ جي صلاحيت ڏئي ٿي، جينوم ريگيوليشن کي سمجهڻ لاء نوان رستا کولڻ ۽ صحت ۽ بيماري ۾ ان جا اثر.
-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) هڪ ٽيڪنڪ آهي جيڪا اينٽي باڊيز کي چونڊي طور تي ڊي اين اي بائنڊنگ پروٽينن ۽ انهن جي لاڳاپيل جينومڪس هدفن کي بهتر بڻائي ٿي. NGS سان ان جي انضمام کي ڊي اين اي مقصدن جي جينوم-وائڊ پروفائلنگ کي قابل بنائي ٿو جيڪو هسٽون ترميم، ٽرانسپشن فيڪٽرز، ۽ ٻين ڊي اين اي بائنڊنگ پروٽينن سان لاڳاپيل آهي. هي متحرڪ طريقو مختلف قسم جي سيل جي قسمن، بافتن، يا حالتن ۾ پابند سائيٽن جي مقابلي کي قابل بنائي ٿو. ChIP-Seq جون ايپليڪيشنون ٽرانسپشني ريگيوليشن ۽ ڊولپمينٽ رستن جي مطالعي کان وٺي بيمارين جي ميکانيزم کي واضح ڪرڻ تائين، ان کي جينومڪ ريگيوليشن جي منظرنامي کي سمجهڻ ۽ علاج جي بصيرت کي اڳتي وڌائڻ لاءِ هڪ لازمي اوزار بڻائي ٿي.
پليٽ فارم: Illumina NovaSeq
-
مڪمل جينوم بيسلفائٽ تسلسل (WGBS)
پوري جينوم بيسلفائٽ سيڪوئنسنگ (WGBS) سون جي معياري طريقي جي طور تي بيٺو آهي ڊي اين اي ميٿيليشن جي گہرا ڳولا لاءِ، خاص طور تي پنجين پوزيشن سائٽوسين (5-mC) ۾، جين جي اظهار ۽ سيلولر سرگرمي جو هڪ اهم ريگيوليٽر. WGBS جي بنيادي اصول ۾ بيسلفائٽ علاج شامل آهي، غير ميٿيلائيٽ سائٽوزائن کي uracil (C to U) ۾ تبديل ڪرڻ، جڏهن ته ميٿيلائيٽ سائٽوزائن کي اڻڄاتل ڇڏيندي. هي ٽيڪنڪ پيش ڪري ٿي سنگل بيس ريزوليوشن، تحقيق ڪندڙن کي اجازت ڏئي ٿي ته جامع طور تي ميٿيلوم جي تحقيق ڪري ۽ مختلف حالتن سان لاڳاپيل غير معمولي ميٿيليشن نمونن کي ظاهر ڪري، خاص طور تي ڪينسر. WGBS کي ملازمت ڏيڻ سان، سائنسدان جينوم-وائڊ ميٿيليشن جي منظرنامي ۾ بي مثال بصيرت حاصل ڪري سگھن ٿا، ايپيگينيٽڪ ميکانيزم جي هڪ نرالي ڄاڻ مهيا ڪن ٿيون جيڪي مختلف حياتياتي عملن ۽ بيمارين کي هيٺ ڪن ٿا.
-
Transposase-Accessible Chromatin لاءِ Assay with High Throughput Sequencing (ATAC-seq)
ATAC-seq هڪ اعليٰ ذريعي جي ترتيب واري ٽيڪنڪ آهي جيڪا جينوم-وائڊ ڪروميٽين جي رسائي جي تجزيي لاءِ استعمال ڪئي ويندي آهي. اهو استعمال جين اظهار تي عالمي ايپيگينيٽڪ ڪنٽرول جي پيچيده ميکانيزم جي تمام گهڻي ڄاڻ مهيا ڪري ٿو. اهو طريقو استعمال ڪري ٿو هڪ hyperactive Tn5 ٽرانسپوزس کي هڪ ئي وقت ٽڪرائڻ ۽ ٽيگ ڪرڻ لاءِ کليل ڪروميٽين علائقن کي ترتيب ڏيڻ واري ايڊاپٽرز داخل ڪندي. ان کان پوءِ پي سي آر جي واڌ ويجهه جي نتيجي ۾ هڪ ترتيب واري لائبريري ٺاهي ٿي، جيڪا مخصوص خلائي وقت جي حالتن هيٺ کليل ڪرومٽين علائقن جي جامع سڃاڻپ جي اجازت ڏئي ٿي. ATAC-seq رسائي لائق ڪرومٽين جي منظرنامي جو هڪ جامع نظارو مهيا ڪري ٿو، طريقن جي برعڪس جيڪي صرف ٽرانسپشن فيڪٽر بائنڊنگ سائيٽن يا مخصوص هسٽون-تبديل ٿيل علائقن تي ڌيان ڏين ٿا. انهن کليل ڪروميٽين علائقن کي ترتيب ڏيڻ سان، ATAC-seq علائقن کي وڌيڪ امڪاني طور تي فعال ريگيوليٽري ترتيبن ۽ امڪاني ٽرانسپشن فيڪٽر بائنڊنگ سائيٽن کي ظاهر ڪري ٿو، جينوم ۾ جين اظهار جي متحرڪ ماڊل ۾ قيمتي بصيرت پيش ڪري ٿو.
-
گھٽ ٿيل نمائندگي بيسلفائٽ تسلسل (RRBS)
ڊي اين اي ميٿيلائيشن ريسرچ ۾ گھٽ ٿيل نمائندگي بيسلفائٽ تسلسل (آر آر بي ايس) مڪمل جينوم بيسلفائٽ تسلسل (WGBS) لاءِ هڪ قيمتي ۽ ڪارائتو متبادل طور سامهون آيو آهي. جڏهن ته WGBS جامع بصيرت مهيا ڪري ٿو پوري جينوم کي واحد بنيادي ريزوليوشن تي جانچڻ سان، ان جي اعلي قيمت هڪ محدود عنصر ٿي سگهي ٿي. آر آر بي ايس اسٽريٽجڪ طور تي هن چئلينج کي گھٽائي ٿو چونڊيل طور تي جينوم جي نمائندي حصي جو تجزيو ڪندي. اهو طريقو CpG جزائر سان مالا مال علائقن کي MspI cleavage ذريعي افزودگي تي ڀاڙي ٿو ۽ بعد ۾ 200-500/600 bps ٽڪرن جي سائيز جي چونڊ. نتيجي طور، صرف سي پي جي جزائر جي ويجھو علائقن کي ترتيب ڏنو ويو آهي، جڏهن ته جيڪي پري سي پي جي جزائر آهن انهن کي تجزيو کان خارج ڪيو ويو آهي. اهو عمل، بيسلفائٽ جي ترتيب سان گڏ، ڊي اين اي ميٿيليشن جي اعلي ريزوليوشن ڳولڻ جي اجازت ڏئي ٿو، ۽ ترتيب ڏيڻ وارو طريقو، PE150، خاص طور تي وچين جي ڀيٽ ۾ انسرٽس جي سرن تي ڌيان ڏئي ٿو، ميٿيلائيشن پروفائلنگ جي ڪارڪردگي کي وڌائي ٿو. آر آر بي ايس هڪ انمول اوزار آهي جيڪو قيمتي موثر ڊي اين اي ميٿيليشن ريسرچ کي قابل بنائي ٿو ۽ ايپيگينيٽڪ ميڪانيزم جي ڄاڻ کي اڳتي وڌائي ٿو.
