ٻوٽو/جانور ڊي نوو جينوم جي ترتيب
ڊي نووترتيب ڏيڻ جو مطلب آهي هڪ نسل جي پوري جينوم جي تعمير کي ترتيب ڏيڻ واري ٽيڪنالاجي استعمال ڪندي هڪ ريفرنس جينوم جي غير موجودگي ۾. ٽين نسل جي ترتيب جو تعارف ۽ وسيع اپنائڻ، خاص طور تي ڊگهي پڙهڻ جي خاصيت، پڙهڻ جي وچ ۾ اوورليپ کي وڌائي جينوم اسيمبليء کي خاص طور تي وڌايو آهي. هي واڌارو خاص طور تي مناسب آهي جڏهن مشڪل جينوم سان معاملو ڪيو وڃي، جهڙوڪ جيڪي اعلي هيٽرروزائگوسٽي ڏيکاري رهيا آهن، بار بار علائقن جو هڪ اعلي تناسب، پوليپلوڊس، ۽ علائقا ٻيهر ورجائيندڙ عناصر سان، غير معمولي GC مواد، يا اعلي پيچيدگي جيڪي عام طور تي خراب طور تي مختصر-پڙهندڙ تسلسل استعمال ڪندي گڏ ڪيا ويا آهن. اڪيلو.
اسان جو ون اسٽاپ حل مهيا ڪري ٿو مربوط ترتيب ڏيڻ واريون خدمتون ۽ بايو انفارميٽڪ تجزيا جيڪي هڪ اعليٰ معيار جي ڊي نوو گڏ ٿيل جينوم فراهم ڪن ٿا. Illumina سان گڏ هڪ ابتدائي جينوم سروي جينوم جي سائيز ۽ پيچيدگي جو اندازو مهيا ڪري ٿو، ۽ اها معلومات PacBio HiFi سان ڊگهي پڙهڻ واري ترتيب جي ايندڙ قدم جي رهنمائي ڪرڻ لاءِ استعمال ڪئي ويندي آهي، جنهن بعدنئونcontigs جي اسيمبلي. هاءِ سي اسيمبليءَ جو بعد ۾ استعمال ڪنٽيگس کي جينوم ڏانهن لنگر انداز ڪرڻ جي قابل بڻائي ٿو، ڪروموزوم-سطح واري اسيمبلي حاصل ڪرڻ. آخرڪار، جينوم کي جين جي اڳڪٿي ۽ بيان ڪيل جين جي ترتيب سان بيان ڪيو ويو آهي، مختصر ۽ ڊگهي پڙهڻ سان ٽرانسڪرپٽومس جو رستو اختيار ڪندي.
خدمتون خاصيتون
● ھڪڙي اسٽاپ حل ۾ گھڻن تسلسل ۽ بايو انفارميٽڪ خدمتن جو انضمام:
Illumina سان جينوم سروي جينوم سائيز جو اندازو لڳائڻ ۽ ايندڙ مرحلن جي رهنمائي ڪرڻ لاءِ؛
ڊگھي پڙهڻ جي ترتيب لاءِنئونcontigs جي اسيمبلي؛
ڪروموزوم اينڪرنگ لاءِ هاءِ-سي تسلسل؛
جين جي تشريح لاءِ mRNA ترتيب ڏيڻ؛
اسيمبلي جي تصديق.
● خدمت موزون نئين جينومس جي تعمير لاءِ يا موجوده حوالن جينوم جي بهتري لاءِ دلچسپيءَ جي نسلن لاءِ.
سروس فائدا
۾ ترتيب ڏيڻ واري پليٽ فارم ۽ بايو انفارميٽڪس جي ترقينئونجينوم اسيمبلي
(Amarasinghe SL et al.جينوم حياتيات، 2020)
●وسيع ماهر ۽ اشاعت رڪارڊ: BMKGene مختلف قسمن جي اعليٰ معيار جي جينوم اسيمبليءَ ۾ وڏو تجربو گڏ ڪيو آهي، جنهن ۾ ڊپلوماڊ جينوم ۽ پوليوپلائيڊ ۽ ايلوپولائپلوڊ نسلن جا انتهائي پيچيده جينوم شامل آهن. 2018 کان وٺي، اسان مٿي ۾ حصو ورتو آهي300 اعلي اثر پبليڪيشن، ۽ انهن مان 20+ شايع ٿيل آهن فطرت جينياتيات ۾.
● هڪ-بند حل: اسان جو مربوط انداز ڪيترن ئي ترتيب ڏيڻ واري ٽيڪنالاجيز ۽ بايو انفارميٽڪ تجزين کي گڏ ڪري ٿو هڪ مربوط ورڪ فلو ۾، هڪ اعليٰ معيار جي جمع ٿيل جينوم کي پهچائڻ.
●توهان جي ضرورت مطابق ٺهيل: اسان جي خدمت جو ڪم فلو حسب ضرورت آهي، مختلف خاصيتن ۽ مخصوص تحقيقي ضرورتن سان جينومس لاءِ موافقت جي اجازت ڏئي ٿو. ھن ۾ شامل ڪرڻ وارا ديو جينوم، پوليپلائڊ جينوم، انتهائي ھيٽروزيگس جينوم، ۽ وڌيڪ شامل آھن.
●انتهائي ماهر بايو انفارميٽڪس ۽ ليبارٽري ٽيم: تجرباتي ۽ بايو انفارميٽڪس ٻنهي ۾ وڏي تجربي سان پيچيده جينوم اسيمبلين جي سامهون ۽ پيٽرن ۽ سافٽ ويئر ڪاپي رائيٽ جو هڪ سلسلو.
●پوسٽ-سيلز سپورٽ:اسان جي وابستگي پروجيڪٽ جي مڪمل ٿيڻ کان اڳتي وڌي ٿي 3-مهينن کان پوءِ-سيل سروس جي مدت سان. هن وقت دوران، اسان پيش ڪريون ٿا پروجيڪٽ جي پيروي ڪرڻ، مشڪلاتن جي حل ۾ مدد، ۽ سوال ۽ جواب سيشن نتيجن سان لاڳاپيل ڪنهن به سوالن کي حل ڪرڻ لاء.
خدمت جي وضاحت
| جينوم سروي | جينوم اسيمبلي | ڪروموزوم جي سطح | جينوم تشريح |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi پڙهي ٿو | 100X هاء-سي | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (اختياري) مڪمل ڊگھائي RNA-seq PacBio 40 Gb يا نانوپور 12 جي بي |
خدمت جي گهرج
جينوم سروي لاءِ، جينوم اسيمبلي ۽ هاءِ-سي اسيمبلي:
| ٽشو يا نڪتل نيوڪليڪ اسيد | جينوم سروي | جينوم اسيمبلي PacBio سان | هاء-سي اسيمبلي |
| جانورن جو ويسرا | 0.5-1 گ
| ≥ 3.5 گ | ≥2 جي |
| جانورن جي عضون | ≥ 5 جي | ||
| ممالين جو رت | 1.5 ايم ايل
| ≥ 5 ملي | ≥2 ملي |
| پولٽري / مڇي جو رت | ≥ 0.5 ايم ايل | ||
| ٻوٽو- تازو پنو | 1-2 جي | ≥ 5 جي | ≥ 4 جي |
| ڪلچرل سيلز |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| حشرات | 0.5-1 گ | ≥ 3 جي | ≥ 2 جي |
| ڪڍيل ڊي اين اي | ڪنسنٽريشن: ≥1 ng/µL رقم ≥ 30 ng محدود يا ڪابه تباهي يا آلودگي | ڪنسنٽريشن: ≥ 50 ng/ µL مقدار: 10 µg/ فلو سيل/ نمونو OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 محدود يا ڪابه تباهي يا آلودگي |
-
|
جينوم تشريح لاءِ ٽرانسڪرٽوميڪس سان:
| ٽشو يا نڪتل نيوڪليڪ اسيد | Illumina Transscriptome | PacBio ٽرانسڪرپٽ | نانوپور ٽرانسڪرپٽ |
| ٻوٽو- جڙ/ ٻوٽو/ پنو | 450 ملي گرام | 600 ملي گرام | |
| ٻوٽو- ٻوٽو/ ٻج | 300 ملي گرام | 300 ملي گرام | |
| ٻوٽو- ميوو | 1.2 جي | 1.2 جي | |
| جانورن جي دل/ آنت | 300 ملي گرام | 300 ملي گرام | |
| جانورن جو ويسيرا/ دماغ | 240 ملي گرام | 240 ملي گرام | |
| جانورن جي عضون | 450 ملي گرام | 450 ملي گرام | |
| جانورن جا هڏا/ وارن/ چمڙي | 1 جي | 1 جي | |
| آرتروپوڊ - حشرات | 6 | 6 | |
| آرتروپوڊ - ڪرسٽاسيا | 300 ملي گرام | 300 ملي گرام | |
| سڄو رت | 1 ٽيوب | 1 ٽيوب | |
| ڪڍيل RNA | ڪنسنٽريشن: ≥ 20 ng/µL مقدار ≥ 0.3 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 رين≥ 6 5≥28S/18S≥1 | ڪنسنٽريشن: ≥ 100 ng/ µL مقدار ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 رين≥ 8 5≥28S/18S≥1 | ڪنسنٽريشن: ≥ 100 ng/ µL مقدار ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 رين≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
تجويز ڪيل نموني پهچائڻ
ڪنٽينر: 2 ml سينٽرفيوج ٽيوب (ٽين ورق جي سفارش نه ڪئي وئي آهي)
(اڪثر نموني لاء، اسان سفارش ڪريون ٿا ته ايٿانول ۾ محفوظ نه ڪريو.)
نموني ليبلنگ: نمونن کي واضح طور تي ليبل ٿيل هجڻ گهرجي ۽ جمع ٿيل نموني معلومات فارم جي هڪجهڙائي.
ترسيل: خشڪ برف: نمونن کي پهرين ٿانو ۾ ڀريو وڃي ۽ خشڪ برف ۾ دفن ڪيو وڃي.
ڪم فلو
سروس ڪم فلو
تجربو ڊيزائن
نموني پهچائڻ
ڊي اين اي ڪڍڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
وڪري کان پوء خدمتون
مڪمل حياتياتي تجزيو، 4 مرحلن ۾ الڳ ٿيل:
1) جينوم سروي، NGS سان ڪ-مر تجزيي جي بنياد تي پڙهي ٿو:
جينوم جي ماپ جو اندازو
heterozygosity جو اندازو
ورجائي علائقن جو اندازو
2) جينوم اسيمبلي PacBio HiFi سان:
نئوناسيمبلي
اسيمبليءَ جو جائزو: بشمول جينوم مڪمل ٿيڻ لاءِ BUSCO تجزيو ۽ NGS ۽ PacBio HiFi جي پٺتي نقشي
3) هاء-سي اسيمبلي:
هاء-سي لائبريري QC: صحيح هاء-سي رابطي جو اندازو
هاءِ-سي اسمبلي: گروپن ۾ ڪانٽيگس جو ڪلسٽرنگ، ان کان پوءِ هر گروپ جي اندر ڪنٽيگ آرڊرنگ ۽ ڪنٽيگ اورينٽيشن تفويض ڪرڻ
هاء-سي تشخيص
4) جينوم تشريح:
غير ڪوڊنگ آر اين اي جي اڳڪٿي
بار بار ترتيبن جي سڃاڻپ (ٽرانسپوسن ۽ ٽينڊم ورجائي)
جين جي اڳڪٿي
§نئون: ab initio algorithms
§ homology جي بنياد تي
§ ٽرانسڪرپٽوم جي بنياد تي، ڊگهو ۽ مختصر پڙهڻ سان: پڙهيا ويا آهننئونجينوم جي مسودي کي گڏ ڪيو يا نقشو ڪيو ويو
§ اڳڪٿي ڪيل جين جي تشريح ڪيترن ئي ڊيٽابيس سان
1) جينوم سروي- k-mer تجزيو
2) جينوم اسيمبلي
2) جينوم اسمبلي - PacBio HiFi ميپنگ کي مسودو اسيمبلي ۾ پڙهي ٿو
2) هاءِ-سي اسيمبلي - هاءِ-سي صحيح رابطي واري جوڙي جو اندازو
3) هاء-سي پوسٽ-اسمبلي جي تشخيص
4) جينوم تشريح - اڳڪٿي ڪيل جين جو انضمام
4) جينوم تشريح - اڳڪٿي ڪيل جينس تشريح
BMKGene جي ڊي نوو جينووم اسمبلي سروسز پاران ڪيل پيش رفتن جي ڳولا ڪريو پبليڪيشنن جي تيار ڪيل مجموعي ذريعي:
لي، سي وغيره. (2021) ’جينوم سيڪيونسز ظاهر ڪن ٿا عالمي منتشر رستا ۽ تجويز ڪن ٿا ڪنورجنٽ جينياتي موافقت ۾ سامونڊي ارتقا ۾‘، نيچر ڪميونيڪيشن، 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
لي، Y. وغيره. (2023) 'وڏي پيماني تي ڪروموزومل تبديليون جينوم-سطح جي اظهار جي تبديلين، ماحولياتي موافقت، ۽ گيال ۾ خاصيت (Bos frontalis)'، سالماتي حياتيات ۽ ارتقاء، 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
ٽيان، ٽي وغيره. (2023) ’جينوم اسمبلي ۽ جينياتي ڊسڪشن آف هڪ نمايان خشڪي-مزاحمتي مڪئي جي جراثيمن‘، فطرت جينياتي 2023 55:3، 55(3)، ص 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang، F. et al. (2023) 'سولاناسي خاندان ۾ ٻن جينوم جو تجزيو ڪندي ٽرپين الڪالائيڊ بايو سنٿيسس جو ارتقا پڌرو ڪرڻ'، نيچر ڪميونيڪيشن 2023 14:1، 14(1)، پي پي. 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
مشڪل ڪيس-مطالعو:
Telomere-to-telomere اسيمبلي:فو، اي وغيره. (2023) 'ٽيلومير کان ٽيلومير جينوم اسمبلي آف بيٽر ميون (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) ظاهر ڪري ٿو ميوي جي ترقي، ٺهڪندڙ ۽ پکڻ جينياتي خاصيتون'، باغباني ريسرچ، 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Haplotype اسيمبلي:Hu، W. et al. (2021) 'Allele-defined genome reveals biallelic differentiation during cassava evolution'، ماليڪيولر پلانٽ، 14(6)، ص 851-854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
وڏي جينوم اسيمبلي:يوان، جي وغيره. (2022) ’گيگا ڪروموزوم جو جينومڪ بنياد ۽ گيگا-جينوم آف ٽري پيوني پيونيا اوسٽي‘، نيچر ڪميونيڪيشن 2022 13:1، 13(1)، ص 1-16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
پوليپلوڊ جينوم اسيمبلي:Zhang، Q. et al. (2022) ’جينومڪ بصيرت ان تازي ڪروموزوم ريڊڪشن آف آٽوپوليپلائيڊ شوگر ڪيني سيچارم اسپونٽينيم‘، نيچر جينيٽيڪس 2022 54:6، 54(6)، ص 885-896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
