PacBio 2+3 مڪمل ڊگھائي mRNA حل
خاصيتون
● مطالعي جي جوڙجڪ:
نقل ڪيل isoforms کي سڃاڻڻ لاءِ PacBio سان ترتيب ڏنل نمونو
الڳ نموني (نقل ۽ حالتون جانچڻ لاءِ) ترتيب سان ترتيب ڏنلNGS ٽرانسڪرپٽ اظهار کي مقدار ڏيڻ لاء
● CCS موڊ ۾ PacBio ترتيب ڏيڻ، HiFi ريڊز پيدا ڪرڻ
● مڪمل ڊگھائي ٽرانسڪرپٽس جي ترتيب
● تجزيي جي ضرورت نه آهي هڪ ريفرنس جينوم؛ تنهن هوندي به، ان کي استعمال ڪري سگهجي ٿو
● بايو انفارميٽڪ تجزيي ۾ نه رڳو جين ۽ آئسوفارم جي سطح تي اظهار شامل آهي پر lncRNA، جين فيوزن، پولي-ايڊينيليشن، ۽ جين جي جوڙجڪ جو تجزيو پڻ شامل آهي.
فائدا
● اعلي درستگي: HiFi جي درستگي سان پڙهي ٿو> 99.9٪ (Q30)، NGS جي مقابلي ۾
● متبادل Splicing تجزيو: سڀني ٽرانسڪرپٽس کي ترتيب ڏيڻ isoform سڃاڻپ ۽ خصوصيت کي قابل بڻائي ٿو.
● PacBio ۽ NGS قوتن جو ميلاپ: isoform سطح تي اظهار جي مقدار کي چالو ڪرڻ، تبديلي کي ظاهر ڪرڻ جيڪا پوري جين اظهار جو تجزيو ڪرڻ وقت نقاب پوش ٿي سگهي ٿي
● وسيع ماهر: 1100 PacBio مڪمل ڊگھائي ٽرانسڪروم پروجيڪٽس کي مڪمل ڪرڻ ۽ 2300 کان وڌيڪ نمونن جي پروسيسنگ جي ٽريڪ رڪارڊ سان، اسان جي ٽيم هر پروجيڪٽ لاءِ تجربو جو خزانو کڻي اچي ٿي.
● پوسٽ-سيلز سپورٽ: اسان جي وابستگي پروجيڪٽ جي مڪمل ٿيڻ کان اڳتي وڌي ٿي 3-مهيني بعد-سيل سروس جي مدت سان. هن وقت دوران، اسان پيش ڪريون ٿا پروجيڪٽ جي پيروي ڪرڻ، مشڪلاتن جي حل ۾ مدد، ۽ سوال ۽ جواب سيشن نتيجن سان لاڳاپيل ڪنهن به سوالن کي حل ڪرڻ لاء.
نموني جي گهرج ۽ پهچائڻ
| لائبريري | ترتيب واري حڪمت عملي | سفارش ٿيل ڊيٽا | معيار ڪنٽرول |
| PolyA enriched mRNA CCS لائبريري | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 جي بي 5/10 ايم سي سي ايس | Q30≥85% |
| پولي الف کي وڌايو | Illumina PE150 | 6-10 جي بي | Q30≥85% |
نيوڪليوٽائيڊس
|
| اتفاق (ng/μl) | رقم (μg) | پاڪائي | سالميت |
| Illumina لائبريري | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 جيل تي ڏيکاريل محدود يا ڪو پروٽين يا ڊي اين اي آلودگي. | ٻوٽن لاءِ: RIN≥4.0؛ جانورن لاءِ: RIN≥4.5؛ 5.0≥28S/18S≥1.0؛ محدود يا بي بنياد بلندي |
| PacBio لائبريري | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 جيل تي ڏيکاريل محدود يا ڪو پروٽين يا ڊي اين اي آلودگي. | ٻوٽا: RIN≥7.5 جانور: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0؛ محدود يا بي بنياد بلندي |
تجويز ڪيل نموني پهچائڻ
ڪنٽينر: 2 ml سينٽرفيوج ٽيوب (ٽين ورق جي سفارش نه ڪئي وئي آهي)
نموني ليبلنگ: گروپ + نقل ڪريو مثال طور A1، A2، A3؛ B1، B2، B3.
ترسيل:
1. خشڪ برف:نموني کي بيگز ۾ ڀريل ۽ خشڪ برف ۾ دفن ڪرڻ جي ضرورت آهي.
2. RNAstable tubes: RNA جا نمونا RNA اسٽيبلائيزيشن ٽيوب (مثال طور RNAstable®) ۾ خشڪ ڪري سگھجن ٿا ۽ ڪمري جي گرمي پد تي موڪليا وڃن ٿا.
ھيٺ ڏنل تجزيو شامل آھي:
خام ڊيٽا معيار ڪنٽرول
متبادل Polyadenylation Analysis (APA)
فيوزن ٽرانسڪرپٽ تجزيو
متبادل تقسيم تجزيو
بينچ مارڪنگ يونيورسل سنگل ڪاپي آرٿولوجز (BUSCO) تجزيو
ناول ٽرانسڪرپٽ تجزيو: ڪوڊنگ جي ترتيب جي اڳڪٿي (سي ڊي ايس) ۽ فنڪشنل تشريح
lncRNA تجزيو: lncRNA ۽ مقصدن جي اڳڪٿي
مائڪرو سيٽلائيٽ سڃاڻپ (ايس ايس آر)
مختلف طور تي ظاهر ڪيل ٽرانسڪرپٽس (DETs) تجزيو
مختلف طور تي ظاهر ڪيل جينس (DEGs) تجزيو
DEGs ۽ DETs جي فنڪشنل تشريح
BUSCO تجزيو
متبادل تقسيم تجزيو
متبادل Polyadenylation Analysis (APA)
مختلف طور تي ظاهر ڪيل جينس (DEGs) ۽ ٽرانسڪرپٽ (DETs9 تجزيه
DETs ۽ DEGs جي پروٽين-پروٽين رابطي جا نيٽ ورڪ
BMKGene's PacBio 2+3 مڪمل ڊگھائي mRNA ترتيب ڏيڻ جي مدد سان ڪيل پيش رفتن جي ڳولا ڪريو پبليڪيشنز جي تيار ڪيل مجموعي ذريعي.
چاو، ق. وغيره. (2019) 'پاپولس اسٽيم ٽرانسڪروم جي ترقي واري متحرڪ'، پلانٽ بايو ٽيڪنالاجي جرنل، 17(1)، پي پي. 206-219. doi: 10.1111/PBI.12958.
ڊينگ، ايڇ وغيره. (2022) ’ايڪٽينڊيڊيا ليٽيفوليا (هڪ اسڪربيٽ-رچ فروٽ فصل) ۽ ايسوسيئيٽيڊ ماليڪيولر ميڪنزم، انٽرنيشنل جرنل آف ماليڪيولر سائنسز، 23(10)، ص. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua، X. et al. (2022) ’پيرس پوليفيلا ۾ بايو ايڪٽو پوليفيلينز ۾ شامل بايو سنٿيٽڪ پاٿ وي جين جي اثرائتي اڳڪٿي‘، ڪميونيڪيشن بائيولاجي 2022 5:1، 5(1)، پي پي. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
ليو، ايم وغيره. (2023) 'Combined PacBio Iso-Seq and Illumina RNA-Seq Analysis of the Tuta absoluta (Meyrick) Transscriptome and Cytochrome P450 Genes', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
وانگ، ليجن وغيره. (2019) 'PacBio سنگل ماليڪيول ريئل ٽائيم تجزيو استعمال ڪندي ٽرانسڪرپٽوم پيچيدگي جو هڪ سروي Illumina RNA جي ترتيب سان گڏ Ricinus communis ۾ ricinoleic acid biosynthesis جي بهتر سمجھڻ لاءِ'، BMC جينومڪس، 20(1)، pp. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
