mRNA-seq (NGS) جينوم جي حوالي سان

mRNA-seq (NGS) جينوم جي حوالي سان

RNA-seq هڪ معياري اوزار آهي زندگيءَ ۽ فصلن جي سائنسن ۾، جينوم ۽ پروٽومس جي وچ ۾ فرق کي ختم ڪرڻ. ان جي طاقت نون نقلن کي دريافت ڪرڻ ۽ انهن جي اظهار کي هڪ ئي انداز ۾ بيان ڪرڻ ۾ آهي. اهو وڏي پئماني تي استعمال ڪيو ويندو آهي تقابلي ٽرانسڪرٽومڪ مطالعي لاءِ، مختلف خاصيتن يا فينوٽائپس سان لاڳاپيل جين تي روشني وجهڻ، جهڙوڪ ميوٽنٽ جو جهنگلي قسم سان مقابلو ڪرڻ يا مخصوص حالتن هيٺ جين جي اظهار کي ظاهر ڪرڻ. BMKCloud mRNA(Reference) APP اظهار جي مقدار، فرق جي اظهار جي تجزيي (DEG)، ۽ ترتيب جي جوڙجڪ جي تجزين کي mRNA-seq (NGS) بايو انفارميٽڪس پائپ لائن ۾ ضم ڪري ٿي ۽ ساڳئي سافٽ ويئر جي قوتن کي گڏ ڪري ٿي، سهولت ۽ صارف دوستي کي يقيني بڻائي ٿي. صارفين پنهنجي RNA-seq ڊيٽا کي ڪلائوڊ تي اپلوڊ ڪري سگھن ٿا، جتي ايپ پيش ڪري ٿي هڪ جامع، هڪ اسٽاپ بايو انفارميٽڪ تجزياتي حل. اضافي طور تي، اهو گراهڪ تجربو کي ترجيح ڏئي ٿو، پيش ڪري ٿو ذاتي آپريشنز جيڪي صارفين جي مخصوص ضرورتن جي مطابق. صارف پيٽرول سيٽ ڪري سگھن ٿا ۽ پائپ لائن مشن پاڻ کي جمع ڪري سگھن ٿا، انٽرويو رپورٽ چيڪ ڪريو، ڊيٽا/ڊاگرامس ڏسو ۽ مڪمل ڊيٽا مائننگ، جھڙوڪ: ٽارگيٽ جين چونڊ، فنڪشنل ڪلسترنگ، ڊاگرامنگ، وغيره.

Demo نتيجا

ڊيٽا مائننگ

درآمد جي گهرج

مکيه تجزيو

حوالو

Demo نتيجا

ڊيٽا مائننگ

درآمد جي گهرج

پليٽ فارم:ايلومينا، ايم جي آئي
حڪمت عملي:RNA-Seq
ترتيب: پار ٿيل، صاف ڊيٽا.
لائبريري جو قسم:fr-unstranded، fr-firststrand يا fr-secondstrand
پڙهڻ جي ڊيگهه:150 بي پي
فائل جو قسم:*.fastq، *.fq، *.fastq.gz يا *.fq.gz. سسٽم ٿيندوپاڻمرادو .fastq فائلن کي پنھنجي فائل جي نالن جي مطابق ٺاھيو،مثال طور *_1.fastq سان جوڙيو ويو *._2.fastq.
نموني جو تعداد:تعداد تي ڪابه پابنديون نه آهننموني جا، پر تجزيو وقت جي تعداد جي طور تي وڌندي ويندينموني وڌندا آهن.
تجويز ڪيل ڊيٽا جي رقم:6G في نموني

مکيه تجزيو

mRNA-seq جا مکيه تجزيا ۽ بايو انفارميٽڪ اوزار (حوالو)پائپ لائن هن ريت آهي:

1. Rawdata ڪوالٽي ڪنٽرول:

• گھٽ معيار جي ترتيبن کي ختم ڪرڻ، اڊاپٽر جي ترتيب،وغيره

• اوزار: اندروني ترقي يافته پائپ لائن؛

2. ريفرنس جينوم ڏانهن ڊيٽا جي ترتيب:

• جي خلاف هڪ splice-خبردار الگورتھم سان پڙهڻ Aligningحوالو جينوم.

• اوزار:HISAT2, samtools

3. لائبريري معيار جو تجزيو:

• ڊگھائي تجزيو داخل ڪريو، تسلسل سنترپشن تجزيو، وغيره؛

• اوزار:samtools;

4. ترتيب جي جوڙجڪ جو تجزيو:

• متبادل ورهائڻ جو تجزيو، جين جي جوڙجڪ جي اصلاح،ناول جين جي اڳڪٿي، وغيره؛

• اوزار:اسٽرنگ ٽائي, gff compare, GATK,هيرا, InterProScan، ۽ايڇ ايم اي آر.

5. اختلافي اظهار جو تجزيو:

• ڊي اي جي اسڪريننگ، گڏيل رشتي جو تجزيو، فنڪشنلافزودگي؛

•مختلف بصري نتيجا;

•RسانSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq

حوالو

1. ڪريم، داهوان وغيره. "گراف جي بنياد تي جينوم ترتيب ۽HISAT2 ۽ HISAT-جينوٽائپ سان جينو ٽائپنگ.فطرتبايو ٽيڪنالاجي37 (2019): 907 - 915.

2. ميڪينا، هارون وغيره. جينوم تجزياتي ٽول کٽ: الفايندڙ نسل جي ڊي اين اي جي تجزيو لاءِ MapReduce فريم ورڪڊيٽا کي ترتيب ڏيڻ.جينوم تحقيق20 9 (2010): 1297-303 .

3. لي، هينگ وغيره. "The Sequence Alignment/Map Format ۽SAMtools.بايو انفارميٽڪس25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perțea، Mihaela et al. "StringTie کي بهتر بڻائي ٿوآر اين اي-سيڪ ريڊس مان هڪ ٽرانسڪرپٽوم جي ٻيهر تعمير.فطرتبايو ٽيڪنالاجي33 (2015): 290-295.

5. محبت، مائیکل آئي وغيره. "فولڊ تبديلي جو معتدل تخمينو ۽DESeq2 سان RNA-seq ڊيٽا لاءِ تڪرار.جينومحياتيات15 (2014): ن. صفحو

6. ايدي، شان آر.. "تيز پروفائل HMM ڳولها."پي ايل او ايس ڪمپيوٽيشنل حياتيات7 (2011): ن. صفحو

mRNA-seq (NGS) جينوم جي حوالي سان

mRNA-seq (NGS) جينوم جي حوالي سان

هڪ اقتباس حاصل ڪريو

اسان ڏانهن پنهنجو پيغام موڪليو: