ارتقائي جينياتي
سروس فائدا
Takagi et al.,پلانٽ جرنل، 2013
●جامع حياتياتي معلوماتي تجزيو:جينياتي تنوع جي تخميني کي چالو ڪرڻ، جيڪو نسلن جي ارتقائي صلاحيت کي ظاهر ڪري ٿو، ۽ نسلن جي وچ ۾ قابل اعتماد phylogenetic لاڳاپن کي ظاهر ڪري ٿو، ڪنورجنٽ ارتقاء ۽ متوازي ارتقاء جي گهٽ ۾ گهٽ اثر سان.
●اختياري ڪسٽمائيز تجزيو: جيئن نيوڪليوٽائيڊ ۽ امينو اسيد جي سطح تي مختلف تبديلين جي بنياد تي فرق جي وقت ۽ رفتار جو اندازو.
●وسيع ماهر ۽ اشاعت رڪارڊ: BMKGene 15 سالن کان وڌيڪ عرصي تائين آبادي ۽ ارتقائي جينياتي منصوبن ۾ وسيع تجربو گڏ ڪيو آھي، ھزارين نسلن وغيره کي ڍڪيندي آھي ۽ 1000 کان وڌيڪ اعليٰ سطحي منصوبن ۾ حصو ورتو آھي جيڪي نيچر ڪميونيڪيشن، ماليڪيولر پلانٽس، پلانٽ بايو ٽيڪنالاجي جرنل وغيره ۾ شايع ٿيل آھن.
● انتهائي ماهر بايو انفارميٽڪس ٽيم ۽ مختصر تجزياتي چڪر: ترقي يافته جينومڪس تجزيي ۾ وڏي تجربي سان، BMKGene جي ٽيم هڪ تيز ٽرانارائونڊ وقت سان جامع تجزيو پيش ڪري ٿي.
● پوسٽ-سيلز سپورٽ:اسان جي وابستگي پروجيڪٽ جي مڪمل ٿيڻ کان اڳتي وڌي ٿي 3-مهينن کان پوءِ-سيل سروس جي مدت سان. هن وقت دوران، اسان پيش ڪريون ٿا پروجيڪٽ جي پيروي ڪرڻ، مشڪلاتن جي حل ۾ مدد، ۽ سوال ۽ جواب سيشن نتيجن سان لاڳاپيل ڪنهن به سوالن کي حل ڪرڻ لاء.
خدمت جي وضاحت ۽ گهرجون
| تسلسل جو قسم | تجويز ڪيل آبادي اسڪيل | ترتيب واري حڪمت عملي | Nucleotide گهرجون |
| مڪمل جينوم جي ترتيب | ≥ 30 فرد، هر ذيلي گروپ مان ≥ 10 فردن سان
| 10x | ڪنسنٽريشن: ≥ 1 ng/ µL ڪل رقم≥ 30ng محدود يا ڪابه تباهي يا آلودگي |
| Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) | ٽيگ جي کوٽائي: 10x ٽيگ جو تعداد: <400 Mb: WGS سفارش ڪئي وئي آهي <1Gb: 100K ٽيگ 1 جي بي >2Gb: 300K ٽيگ وڌ ۾ وڌ 500k ٽيگ | ڪنسنٽريشن ≥ 5 ng/µL ڪل رقم ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Agarose gel: نه يا محدود تباهي يا آلودگي
|
سروس ڪم فلو
تجربو ڊيزائن
نموني پهچائڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
وڪري کان پوء خدمتون
خدمت ۾ آبادي جي ڍانچي جو تجزيو شامل آهي (فائلوجنيٽڪ وڻ، پي سي اي، آبادي جي استحڪام چارٽ)، آبادي جي تنوع، ۽ آبادي جي چونڊ (رابطي جي ناانصافي، فائدي واري سائيٽن جي چونڊ جھڙي چونڊ). خدمت ۾ ڪسٽمائيز تجزيو پڻ شامل ڪري سگھي ٿو (مثال طور تڪرار وقت، جيني وهڪري).
*هتي ڏيکاريل ڊيمو نتيجا سڀ BMKGENE سان شايع ٿيل جينوم مان آهن
1. ارتقاء جي تجزيي ۾ phylogenetic وڻ جي تعمير، آبادي جي جوڙجڪ ۽ جينياتي تبديلين جي بنياد تي PCA شامل آهن.
Phylogenetic وڻ عام ابن ڏاڏن سان نسلن جي وچ ۾ ٽيڪسونومي ۽ ارتقائي رشتن جي نمائندگي ڪري ٿو.
PCA جو مقصد ذيلي آبادي جي وچ ۾ ويجهڙائي کي ڏسڻ آهي.
آبادي جي جوڙجڪ جينياتي طور تي مختلف ذيلي آبادي جي موجودگي کي ظاهر ڪري ٿو ايللي تعدد جي لحاظ کان.
چن، وغيره. ال.،PNAS، 2020
2. چونڊيل ڇڪڻ
سليڪٽي سوائپ ان عمل ڏانهن اشارو ڪري ٿو جنهن جي ذريعي هڪ فائدي واري سائيٽ کي چونڊيو وڃي ٿو ۽ ڳنڍيل غير جانبدار سائيٽن جي تعدد کي وڌايو وڃي ٿو ۽ اڻ ڳنڍيل سائيٽن جي گهٽتائي ڪئي وئي آهي، نتيجي ۾ علائقائي گهٽتائي.
جينوم-وائڊ ڊڪشنريشن سلائيڊنگ ونڊو (100 Kb) جي اندر مخصوص قدم (10 Kb) جي اندر سڀني SNPs جي آبادي جينياتي انڊيڪس (π، Fst، Tajima's D) جي حساب سان عمل ڪيو ويندو آهي.
نيوڪليوٽائيڊ تنوع (π)
تاجيما جي ڊي
فڪسيشن انڊيڪس (Fst)
وو، وغيره. ال.،ماليڪيولر پلانٽ، 2018
3. جين جو وهڪرو
وو، وغيره. ال.،ماليڪيولر پلانٽ، 2018
4. ڊيموگرافڪ تاريخ
ژانگ، وغيره. ال.،فطرت ماحوليات ۽ ارتقا، 2021
5. تفاوت جو وقت
ژانگ، وغيره. ال.،فطرت ماحوليات ۽ ارتقا، 2021
BMKGene جي ارتقائي جينياتي خدمتن پاران مهيا ڪيل پيش رفتن جي ڳولا ڪريو پبليڪيشنن جي تيار ڪيل مجموعي ذريعي:
حسن يار، اي ڪي وغيره. (2023) 'Apis cerana cerana Larvae ۾ Sacbrood وائرس جي مزاحمت سان لاڳاپيل SNP ماليڪيولر مارڪرز ۽ اميدوار جينز جي دريافت،بين الاقوامي جرنل آف ماليڪيولر سائنسز، 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
چائي، جي وغيره. (2022) 'جهنگلي جي دريافت، جينياتي طور تي خالص چيني ديو سيلانڊر نئين تحفظ جا موقعا پيدا ڪري ٿو'،زولوجيڪل ريسرچ، 2022، جلد. 43، شمارو 3، صفحا: 469-480، 43(3)، ص 469-480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
هان، ايم وغيره. (2022) 'فائيولوجيگرافڪ پيٽرن ۽ پاپوليشن ارتقاء جي تاريخ انديجينس ايليمس سيبيرڪوس ايل. چنگھائي-تبتي پليٽ تي'،پلانٽ سائنس ۾ فرنٽيئرز، 13، ص. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
وانگ، جي وغيره. (2022) 'ڪروموزوم-سطح جي جينوم اسيمبليءَ کان لانگان ارتقا ۾ جينومڪ بصيرت ۽ لانگان رسائي جي آبادي جينومڪس'،باغباني جي تحقيق, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
