مڪمل ڊگھائي mRNA تسلسل -PacBio
خاصيتون
● پولي-A mRNA مان cDNA جي ٺهڻ بعد لائبريري جي تياري
● CCS موڊ ۾ ترتيب ڏيڻ، HiFi ريڊز پيدا ڪرڻ
● مڪمل ڊگھائي ٽرانسڪرپٽس جي ترتيب
● تجزيي لاءِ ريفرنس جينوم جي ضرورت نه آهي؛ تنهن هوندي به، ان کي استعمال ڪري سگهجي ٿو
● بايو انفارميٽيڪل تجزيا ٽرانسڪرپٽس جي تجزيي کي قابل بنائي ٿو isoform lncRNA، جين فيوزن، پولي-ايڊينيليشن، ۽ جين جي جوڙجڪ
سروس فائدا
●اعلي درستگي: HiFi جي درستگي سان پڙهي ٿو> 99.9٪ (Q30)، NGS جي مقابلي ۾
● متبادل Splicing تجزيو: پوري ٽرانسڪرپٽس جي ترتيب کي isoform جي سڃاڻپ ۽ خصوصيت جي قابل بڻائي ٿي
●وسيع ماهر: 1100 PacBio مڪمل ڊگھائي ٽرانسڪروم پروجيڪٽس کي مڪمل ڪرڻ ۽ 2300 کان وڌيڪ نمونن جي پروسيسنگ جي ٽريڪ رڪارڊ سان، اسان جي ٽيم هر پروجيڪٽ لاءِ تجربو جو خزانو کڻي اچي ٿي.
●پوسٽ-سيلز سپورٽ: اسان جي وابستگي پروجيڪٽ جي مڪمل ٿيڻ کان اڳتي وڌي ٿي 3-مهيني بعد-سيل سروس جي مدت سان. هن وقت دوران، اسان پيش ڪريون ٿا پروجيڪٽ جي پيروي ڪرڻ، مشڪلاتن جي حل ۾ مدد، ۽ سوال ۽ جواب سيشن نتيجن سان لاڳاپيل ڪنهن به سوالن کي حل ڪرڻ لاء.
نموني جي گهرج ۽ پهچائڻ
| لائبريري | ترتيب واري حڪمت عملي | سفارش ٿيل ڊيٽا | معيار ڪنٽرول |
| PolyA enriched mRNA CCS لائبريري | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 جي بي 5/10 ايم سي سي ايس | Q30≥85% |
نموني جي گهرج:
نيوڪليوٽائيڊس:
● ٻوٽا:
روٽ، اسٽيم يا پيٽل: 450 ملي گرام
پتي يا ٻج: 300 ملي گرام
ميوو: 1.2 گ
● جانور:
دل يا آنت: 300 mg
ويسيرا يا دماغ: 240 ملي گرام
عضلات: 450 mg
هڏا، وار يا جلد: 1 گرام
● ارٿروپڊس:
حشرات: 6g
ڪرسٽاسيا: 300 ملي گرام
● سڄو رت: 1 ٽيوب
● سيلز: 106 سيلز
| اتفاق (ng/μl) | رقم (μg) | پاڪائي | سالميت |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 جيل تي ڏيکاريل محدود يا ڪو پروٽين يا ڊي اين اي آلودگي. | ٻوٽن لاءِ: RIN≥7.5؛ جانورن لاءِ: RIN≥8.0؛ 5.0≥ 28S/18S≥1.0؛ محدود يا بي بنياد بلندي |
تجويز ڪيل نموني پهچائڻ
ڪنٽينر: 2 ml سينٽرفيوج ٽيوب (ٽين ورق سفارش نه ڪئي وئي آهي)
نموني ليبلنگ: گروپ + نقل ڪريو مثال طور A1، A2، A3؛ B1، B2، B3.
ترسيل:
1. خشڪ برف: نمونن کي بيگز ۾ ڀريل ۽ خشڪ برف ۾ دفن ڪرڻ جي ضرورت آهي.
2. RNAstable tubes: RNA جا نمونا RNA اسٽيبلائيزيشن ٽيوب (مثال طور RNAstable®) ۾ خشڪ ڪري سگھجن ٿا ۽ ڪمري جي گرمي پد تي موڪليا وڃن ٿا.
سروس ڪم فلو
تجربو ڊيزائن
نموني پهچائڻ
آر اين اي ڪڍڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
وڪري کان پوء خدمتون
ھيٺ ڏنل تجزيو شامل آھي:
● خام ڊيٽا معيار ڪنٽرول
● متبادل Polyadenylation Analysis (APA)
● فيوزن ٽرانسڪرپٽ تجزيو
● متبادل Splicing تجزيو
● بينچ مارڪنگ يونيورسل سنگل ڪاپي آرٿولوجس (BUSCO) تجزيو
● ناول ٽرانسڪرپٽ تجزيو: ڪوڊنگ جي تسلسل جي اڳڪٿي (CDS) ۽ فنڪشنل تشريح
● lncRNA تجزيو: lncRNA ۽ هدفن جي اڳڪٿي
● MicroSatelite Identification (SSR)
BUSCO تجزيو
متبادل تقسيم تجزيو
متبادل Polyadenylation Analysis (APA)
ناول ٽرانسپشن جي فنڪشنل تشريح
هن نمايان اشاعت ۾ BMKGene جي نانوپور مڪمل ڊگھائي mRNA ترتيب ڏيڻ جي خدمتن پاران سهولتن جي ترقيءَ جي ڳولا ڪريو.
ما، Y. وغيره. (2023) 'PacBio جو تقابلي تجزيو ۽ ONT RNA ترتيب ڏيڻ جا طريقا Nemopilema Nomurai زهر جي سڃاڻپ لاءِ'، جينومڪس، 115(6)، ص. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
چاو، ق. وغيره. (2019) 'پاپولس اسٽيم ٽرانسڪروم جي ترقي واري متحرڪ'، پلانٽ بايو ٽيڪنالاجي جرنل، 17(1)، پي پي. 206-219. doi: 10.1111/PBI.12958.
ڊينگ، ايڇ وغيره. (2022) ’ايڪٽينڊيڊيا ليٽيفوليا (هڪ اسڪربيٽ-رچ فروٽ فصل) ۽ ايسوسيئيٽيڊ ماليڪيولر ميڪنزم، انٽرنيشنل جرنل آف ماليڪيولر سائنسز، 23(10)، ص. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua، X. et al. (2022) ’پيرس پوليفيلا ۾ بايو ايڪٽو پوليفيلينز ۾ شامل بايو سنٿيٽڪ پاٿ وي جين جي اثرائتي اڳڪٿي‘، ڪميونيڪيشن بائيولاجي 2022 5:1، 5(1)، پي پي. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
ليو، ايم وغيره. (2023) 'Combined PacBio Iso-Seq and Illumina RNA-Seq Analysis of the Tuta absoluta (Meyrick) Transscriptome and Cytochrome P450 Genes', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
وانگ، ليجن وغيره. (2019) 'PacBio سنگل ماليڪيول ريئل ٽائيم تجزيو استعمال ڪندي ٽرانسڪرپٽوم پيچيدگي جو هڪ سروي Illumina RNA جي ترتيب سان گڏ Ricinus communis ۾ ricinoleic acid biosynthesis جي بهتر سمجھڻ لاءِ'، BMC جينومڪس، 20(1)، pp. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
