BMKMANU S1000 Spatial Transscriptome
BMKMANU S1000 Spatial Transscriptome ٽيڪنيڪل اسڪيم
خاصيتون
● قرارداد: 5 µM
● جڳهه قطر: 2.5 µM
● هنڌن جو تعداد: لڳ ڀڳ 2 ملين
● 3 ممڪن ڪيپچر ايريا فارميٽ: 6.8 mm * 6.8 mm، 11 mm * 11 mm يا 15 mm * 20 mm
● هر بارڪوڊ ٿيل بيڊ 4 حصن تي مشتمل پرائمر سان ڀريو ويندو آهي:
پولي (dT) دم mRNA پرائمنگ ۽ cDNA سنٿيسس لاءِ
انوکو ماليڪيولر سڃاڻپ ڪندڙ (UMI) امپليڪشن تعصب کي درست ڪرڻ لاءِ
مقامي بارڪوڊ
جزوي پڙھڻ جو پابند سلسلو 1 تسلسل واري پرائمر
● H&E ۽ سيڪشن جا فلورسنٽ اسٽيننگ
● استعمال ڪرڻ جو امڪانسيل segmentation ٽيڪنالاجي: هر سيل جي حدن جو تعين ڪرڻ لاءِ H&E اسٽيننگ، فلورسنٽ اسٽيننگ، ۽ آر اين اي سيڪيونسنگ جو انضمام ۽ صحيح طور تي هر سيل کي جين ايڪسپريشن مقرر ڪرڻ.
BMKMANU S1000 جا فائدا
●ذيلي سيلولر قرارداد: هر قبضي واري علائقي ۾ 2.5 µm قطر ۽ 5 µm جي فاصلي سان اسپاٽ سينٽرن جي وچ ۾ 2 ملين مقامي بارڪوڊ ٿيل اسپاٽ شامل آهن، اسپاٽل ٽرانسڪرٽوم تجزيي کي ذيلي سيلولر ريزوليوشن (5 µm) سان فعال ڪرڻ.
●ملٽي-سطح حل تجزيو:لچڪدار گھڻ سطحي تجزيو 100 μm کان 5 μm تائين مختلف ٽشو خاصيتن کي بهتر حل تي حل ڪرڻ لاءِ.
● استعمال ڪرڻ جو امڪان ”هڪ سلائڊ ۾ ٽي“ سيل سيگمينٽيشن ٽيڪنالاجي:ھڪڙي سلائڊ تي فلوروسينس اسٽيننگ، ايڇ اينڊ اي اسٽيننگ، ۽ آر اين اي جي ترتيب کي گڏ ڪرڻ، اسان جو "ٽي-ان-ون" تجزيو الگورٿم سيل جي حدن جي سڃاڻپ کي طاقتور بڻائي ٿو ايندڙ سيل تي ٻڌل ٽرانسڪرومڪس لاء.
●گھڻن ترتيب واري پليٽ فارمن سان مطابقت: ٻئي NGS ۽ ڊگھي پڙهڻ واري ترتيب دستياب.
●1-8 فعال قبضي واري علائقي جي لچڪدار ڊيزائن: پڪڙڻ واري علائقي جي ماپ لچڪدار آهي، 3 فارميٽ استعمال ڪرڻ ممڪن آهي (6.8 mm * 6.8 mm.، 11 mm * 11 mm ۽ 15 mm * 20 mm)
●ھڪڙي اسٽاپ سروس: اهو سڀني تجربن ۽ مهارتن تي ٻڌل مرحلن کي ضم ڪري ٿو، بشمول ڪريو-سيڪشننگ، اسٽيننگ، ٽشو جي اصلاح، مقامي بارڪوڊنگ، لائبريري تيار ڪرڻ، ترتيب ڏيڻ، ۽ بايو انفارميٽڪس.
●جامع بايو انفارميٽڪس ۽ استعمال ڪندڙ-دوست نتيجن جو تصور:پيڪيج ۾ 29 تجزيا ۽ 100 کان وڌيڪ اعليٰ معيار جا انگ اکر شامل آهن، سيل ورهائڻ ۽ اسپاٽ ڪلسٽرنگ کي ڏسڻ ۽ ڪسٽمائيز ڪرڻ لاءِ اندروني ترقي يافته سافٽ ويئر جي استعمال سان گڏ.
●ڪسٽمائيز ڊيٽا تجزيي ۽ بصريمختلف تحقيق جي درخواستن لاء دستياب آهي
●انتهائي ماهر ٽيڪنيڪل ٽيم: تجربي سان 250 کان وڌيڪ ٽشوز جي قسمن ۽ 100 کان وڌيڪ جنسون جن ۾ انسان، ماؤس، ٿلهي، مڇي ۽ ٻوٽا شامل آهن.
●پوري پروجيڪٽ تي حقيقي وقت تازه ڪاريون: تجرباتي پيش رفت جي مڪمل ڪنٽرول سان.
●واحد-سيل mRNA تسلسل سان اختياري گڏيل تجزيو
خدمت جي وضاحت
|
نمونو گهرجون
| لائبريري |
ترتيب واري حڪمت عملي
| سفارش ٿيل ڊيٽا | معيار ڪنٽرول |
| OCT-Embedded cryo نموني، 3 بلاڪ في نمونو | S1000 cDNA لائبريري | Illumina PE150 (ٻيا پليٽ فارم موجود آهن) | 100K PE پڙهائي في 100 uM (60-150 جي بي) | RIN>7 |
نموني تيار ڪرڻ جي هدايت ۽ خدمت جي ڪم جي فلو تي وڌيڪ تفصيل لاء، مهرباني ڪري ڳالهائڻ لاء آزاد محسوس ڪريو aBMKGENE ماهر
سروس ڪم فلو
نموني تيار ڪرڻ واري مرحلي ۾، هڪ ابتدائي بلڪ آر اين اي ڪڍڻ جي آزمائش ڪئي ويندي آهي انهي کي يقيني بڻائڻ لاءِ ته اعليٰ معيار جي آر اين اي حاصل ڪري سگهجي ٿي. ٽشو جي اصلاح واري مرحلي ۾ سيڪشن کي داغ ۽ بصري بڻايو ويندو آهي ۽ ٽشو مان ايم آر اين اي ڇڏڻ لاءِ پارميبلائيزيشن حالتون بهتر ڪيون وينديون آهن. بهتر ڪيل پروٽوڪول وري لائبريري جي تعمير دوران لاڳو ڪيو ويندو آهي، بعد ۾ ترتيب ۽ ڊيٽا جي تجزيو.
مڪمل سروس ورڪ فلو ۾ شامل آهي حقيقي وقت جي تازه ڪاريون ۽ ڪلائنٽ تصديقون هڪ جوابي موٽڻ واري لوپ کي برقرار رکڻ لاءِ، يقيني منصوبي جي عمل کي يقيني بڻائڻ.
BMKMANU S1000 پاران ٺاهيل ڊيٽا جو تجزيو ڪيو ويو سافٽ ويئر ”BSTMatrix“ استعمال ڪندي، جيڪو آزاديءَ سان BMKGENE پاران ٺهيل آهي، جيني ايڪسپريشن ميٽرڪس ٺاهيندي. اتان کان، هڪ معياري رپورٽ ٺاهي وئي آهي جنهن ۾ ڊيٽا جي معيار جو ڪنٽرول، اندروني نموني تجزيو ۽ بين الاقوامي گروپ تجزيو شامل آهي.
● ڊيٽا معيار ڪنٽرول:
ڊيٽا جي پيداوار ۽ معيار جي سکور جي ورڇ
جين جي چڪاس في جڳهه
ٽشو ڪوريج
● اندروني نموني جو تجزيو:
جينياتي دولت
اسپاٽ ڪلسترنگ، بشمول گھٽ طول و عرض تجزيو
ڪلستر جي وچ ۾ مختلف اظهار جو تجزيو: مارڪر جين جي سڃاڻپ
فنڪشنل تشريح ۽ مارڪر جين جي افزودگي
● انٽر گروپ تجزيو:
ٻنهي نمونن مان اسپٽ جو ٻيهر ميلاپ (مثال طور بيمار ۽ ڪنٽرول) ۽ ٻيهر ڪلستر
هر ڪلستر لاء مارڪر جين جي سڃاڻپ
فنڪشنل تشريح ۽ مارڪر جين جي افزودگي
گروپن جي وچ ۾ ساڳئي ڪلستر جي مختلف اظهار
اضافي طور تي، BMKGENE ترقي ڪئي "BSTViewer" ھڪڙو صارف دوست اوزار آھي جيڪو صارف کي مختلف قراردادن تي جين جي اظهار ۽ اسپاٽ ڪلسترنگ کي ڏسڻ جي قابل بنائي ٿو.
BMKGene ترقي يافته سافٽ ويئر استعمال ڪندڙ دوستي ڏسڻ لاء
BSTViewer اسپاٽ ڪلسترنگ گھڻن سطحي قرارداد تي
BSTCellViewer: خودڪار ۽ دستي سيل ورهائڻ
اندروني نموني جو تجزيو
جڳهيون ڪلستر:
مارڪر جين جي سڃاڻپ ۽ مقامي ورڇ:
بين الاقوامي گروپ تجزيو
ڊيٽا جو ميلاپ ٻنهي گروپن ۽ ٻيهر ڪلستر کان:
نون ڪلستر جا مارڪر جينس:
هن نمايان اشاعت ۾ BMKManu S1000 ٽيڪنالاجي سان BMKGene جي اسپيشل ٽرانسڪرٽومڪس سروسز پاران سهولتن جي ترقيءَ جي ڳولا ڪريو:
گيت، X. et al. (2023) 'Spatial transscriptomics ظاهر ڪري ٿو روشني-حوصله افزائي ڪلورينچيما سيلز ٽماٽو ڪالس ۾ شوٽ جي بحالي کي فروغ ڏيڻ ۾ ملوث'،گڏيل قومن جي نيشنل اڪيڊمي آف سائنسز جي ڪارروائي، 120 (38)، ص. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
توهان، Y. وغيره. (2023) 'سسٽيٽيڪل موازن جي ترتيب جي بنياد تي مقامي ٽرانسڪرٽوميڪ طريقن'،bioRxiv، ص. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
