Секвенирование бисула всего генома (WGBS)
Секвенирование бисульфита целого генома (WGBS) представляет собой методологию золотого стандарта для углубленного исследования метилирования ДНК, в частности, пятой позиции в цитозине (5-MC), ключевом регуляторе экспрессии генов и клеточной активности. Принцип, лежащий в основе WGBS, включает обработку бисульфита, индуцируя преобразование неметилированных цитозинов в урацил (С в U), оставляя метилированные цитозины без изменений. Этот метод предлагает разрешение на одну базу, что позволяет исследователям всесторонне исследовать метитом и раскрывать аномальные паттерны метилирования, связанные с различными состояниями, особенно раком. Используя WGB, ученые могут получить беспрецедентную информацию о ландшафтах метилирования по всему геному, обеспечивая тонкое понимание эпигенетических механизмов, которые лежат в основе различных биологических процессов и заболеваний.
Сервисные функции
● Требуется эталонный геном.
● ДНК Lambda добавляется для мониторинга эффективности преобразования бисульфита.
● Секвенирование на Illumina novaseq.
Сервисные преимущества
●Золотой стандарт для исследования метилирования ДНК: Эта технология обработки зрелого метилирования имеет высокую точность и хорошую воспроизводимость.
●Широкий охват и одно базовое разрешение:Обнаружение сайтов метилирования на уровне всего генома.
●Полная платформа:Предоставьте отличный сервис от обработки образцов, конструкции библиотеки, секвенирования анализа биоинформатики.
●Обширный опыт: Благодаря успешному завершению проектов Sequencing WGBS в различных видах, BMKGene приносит более десятилетия опыта, высококвалифицированную группу по анализу, всеобъемлющий контент и отличную поддержку после продажи.
●Возможность присоединения к анализу транскриптомики: Разрешение интегрированного анализа WGB с другими данными OMICS, такими как RNA-Seq.
Пример спецификации
| Библиотека | Стратегия секвенирования | Рекомендуемый выход данных | Контроль качества |
| Бисульфит лечил | Illumina PE150 | Глубина 30x | Q30 ≥ 85% Конверсия бисульфита> 99% |
Требования к выборке
| Концентрация (нг/мкл) | Общее количество (мкг) | Дополнительные требования | |
| Геномная ДНК | ≥ 5 | ≥ 400 нг | Ограниченная деградация или загрязнение |
Обслуживание рабочего перехода
Образец доставки
Экстракция ДНК
Библиотека строительство
Секвенирование
Анализ данных
Доставка данных
Включает следующий анализ:
● Сырой контроль качества секвенирования;
● Сопоставление на ссылку генома;
● Обнаружение 5 МС метилированных оснований;
● Анализ распределения и аннотации метилирования;
● Анализ дифференциально метилированных областей (DMR);
● Функциональная аннотация генов, связанных с DMRS.
Обнаружение метилирования 5 МС: типы метилированных сайтов
Карта метилирования. 5 МС метилирование по всему геному распределения
Аннотация высокометилированных областей
Дифференциально метилированные области: связанные гены
Дифференциально метилированные области: аннотация ассоциированных генов (генная онтология)
Исследуйте достижения в области исследований, облегченные услугами секвенирования бисульфита BMKGene, посредством кураторской коллекции публикаций.
Fan, Y. et al. (2020) «Анализ профилей метилирования ДНК во время развития скелетных мышц овец с использованием секвенирования бисульфита всего генома»,BMC Genomics, 21 (1), с. 1–15. doi: 10.1186/s12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) «Новые нарушения метилирования дезоксирибонуклеиновой кислоты у работников, подвергшихся воздействию винилового хлорида»,Токсикология и промышленное здоровье, 38 (7), с. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) «Взаимосвязь между метилированием генома, уровнями некодирующих РНК, мРНК и метаболитов в созревании плодов томата»,Заводский журнал, 103 (3), с. 980–994. doi: 10.1111/tpj.14778.
