Секвенирование амплифицированного фрагмента специфического локуса (Slaf-seq)
Рабочий процесс
Техническая схема
Сервисные функции
● Секвенирование на Novaseq с PE150.
● Подготовка библиотеки с двойным штрих -кодированием, что позволяет объединить более 1000 образцов.
● Этот метод можно использовать с или без эталонного генома, с различными биоинформационными трубопроводами для каждого случая:
С эталонным геномом: SNP и Indel Discovery
Без эталонного генома: кластеризация образцов и обнаружение SNP
● Вв СиликоКомбинации с множественными рестрикционными ферментами предварительного дизайна экранируются, чтобы найти те, которые генерируют равномерное распределение метров SLAF вдоль генома.
● Во время предварительного эксперимента три комбинации ферментов протестируются в 3 образцах для генерации 9 библиотек SLAF, и эта информация используется для выбора оптимальной комбинации ферментов для проекта.
Сервисные преимущества
●Открытие высокого генетического маркера: Интеграция высокопроизводительной системы двойного штрих-кода позволяет одновременно секвенировать большие популяции, а амплификация, специфичная для локуса, повышает эффективность, гарантируя, что номера тегов соответствуют разнообразным требованиям различных вопросов исследования.
● Низкая зависимость от генома: Это может быть применено к видам с или без эталонного генома.
●Гибкий дизайн схемы: Одиночный, двойной анцим, мультинзимное расщепление и различные виды ферментов могут быть выбраны для удовлетворения различных целей или видов исследований. Ав СиликоПредварительный дизайн осуществляется для обеспечения оптимальной конструкции фермента.
● Высокая эффективность ферментативного пищеварения: Проводимостьв СиликоПредварительный дизайн и предварительный эксперимент гарантировали оптимальную конструкцию с ровным распределением метков SLAF на хромосоме (1 TAG SLAF/4KB) и сниженную повторяющуюся последовательность (<5%).
●Обширный опыт: Наша команда приносит богатый опыт в каждый проект, с опытом закрытия более 5000 проектов SLAF-seq на сотнях видов, включая растения, млекопитающих, птиц, насекомых и водные организмы.
● Саморазвитый биоинформационный рабочий процесс: BMKGene разработал интегрированный биоинформационный рабочий процесс для SLAF-seq, чтобы обеспечить надежность и точность окончательного вывода.
Спецификации обслуживания
| Тип анализа | Рекомендуемый масштаб населения | Стратегия секвенирования | |
| Глубина секвенирования тега | Номер тега | ||
| Генетические карты | 2 родителя и> 150 потомков | Родители: 20x WGS Отказ: 10x | Размер генома: <400 МБ: рекомендуется WGS <1 ГБ: 100K метки 1-2GB :: 200K теги > 2 ГБ: 300K теги Макс 500 тыс. Теги |
| Ассоциация по всему геному (GWAS) | ≥200 образцов | 10x | |
| Генетическая эволюция | ≥30 образцов с> 10 образцами из каждой подгруппы | 10x | |
Требования к обслуживанию
Концентрация ≥ 5 нг/мкл
Общая сумма ≥ 80 нг
Nanodrop od260/280 = 1,6-2,5
Агарозный гель: нет или ограниченного деградации или загрязнения
Рекомендуемая доставка образца
Контейнер: 2 мл центрифужная трубка
(Для большинства образцов мы рекомендуем не сохранять в этаноле)
Образец маркировки: образцы должны быть четко помечены и идентичны представленной образец информации.
Отгрузка: сухой лен: образцы должны быть упакованы в сумки сначала и похоронены в сухом льду.
Служба рабочего процесса
Образец QC
Пилотный эксперимент
Слаф-эксперимент
Подготовка библиотеки
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажные услуги
Включает следующий анализ:
- Секвенирование данных QC
- Разработка тега SLAF
Картирование для ссылки на геном
Без эталонного генома: кластеризация
- Анализ меток SLAF: статистика, распределение по всему геному
- Обнаружение маркера: SNP, Indel, SNV, CV Calling and Annotation
Распределение меток SLAF на хромосомах:
Распределение SNP на хромосомы:
Аннотация SNP
| Год | Журнал | IF | Заголовок | Приложения |
| 2022 | Природная связь | 17.694 | Геномная основа гиг-хромосомов и геном деревьев Гига Paeonia ostii | Слаф-Гвас |
| 2015 | Новый фитолог | 7.433 | Следы одомашнивания закрепляют геномные области, имеющие агрономическое значение в соевые бобы | Слаф-Гвас |
| 2022 | Журнал передовых исследований | 12.822 | Обще геном искусственные интрогрессии Gossypium barbadense в G. hirsutum Выявить превосходные локусы для одновременного улучшения качества и урожайности хлопчатобумажного волокна черты | Слаф-эволюционная генетика |
| 2019 | Молекулярное растение | 10.81 | Геномный анализ популяции и сборка De novo показывают происхождение сорняка Рис как эволюционная игра | Слаф-эволюционная генетика |
| 2019 | Природа генетика | 31.616 | Последовательность генома и генетическое разнообразие общего карпа, Cyprinus carpio | Карта Slaf-Linkage |
| 2014 | Природа генетика | 25.455 | Геном культивируемого арахиса дает представление о бобовых кариотипах, полиплоид Эволюция и одомашнивание урожая. | Карта Slaf-Linkage |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Идентификация ST1 выявляет отбор, включающий автостоп морфологии семян и содержание нефти во время одомашнивания сои | Разработка SLAF-Marker |
| 2022 | Международный журнал молекулярных наук | 6.208 | Идентификация и развитие маркера ДНК для пшеничной leymus mollis 2ns (2d) Дизомическая замена хромосом | Разработка SLAF-Marker |
| Год | Журнал | IF | Заголовок | Приложения |
| 2023 | Границы в науке о растениях | 6.735 | Картирование QTL и анализ транскриптома содержания сахара во время созревания фруктов Pyrus pyrifolia | Генетическая карта |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 8.154 | Идентификация ST1 выявляет отбор, включающий в себя скидку морфологии семян и содержание нефти во время одомашнивания сои
| SNP Calling |
| 2022 | Границы в науке о растениях | 6.623 | Картографирование ассоциации в масштабах генома едва ли фенотипов в окружающей среде.
| Гвас |
