Секвенирование бисульфита с уменьшенным представлением (RRB)
Пониженное секвенирование бисульфита представления (RRB) стало экономически эффективной и эффективной альтернативой секвенированию бисульфита всего генома (WGBS) в исследовании метилирования ДНК. В то время как WGBS предоставляет всестороннюю информацию, изучая весь геном в одиночном базовом разрешении, его высокая стоимость может быть ограничивающим фактором. RRBS стратегически смягчает эту проблему, избирательно анализируя репрезентативную часть генома. Эта методология основана на обогащении областей, богатых островками CPG путем расщепления MSPI с последующим выбором размера фрагментов 200-500/600 б.п. фрагментов. Следовательно, только области, проксимальные к островам CPG, секвенированы, в то время как с отдаленными островами CPG исключены из анализа. Этот процесс, в сочетании с секвенированием бисульфита, позволяет обнаружить метилирование ДНК с высоким разрешением, а подход секвенирования, PE150, фокусируется конкретно на концах вставки, а не на середине, повышая эффективность профилирования метилирования. RRBS является бесценным инструментом, который обеспечивает экономически эффективное исследование метилирования ДНК и продвигает знание эпигенетических механизмов.
Сервисные функции
● Требуется эталонный геном.
● ДНК Lambda используется для мониторинга эффективности преобразования бисульфита.
● Также контролируется эффективность пищеварения MSPI.
● Двойное пищеварение ферментов для образцов растений.
● Секвенирование на Illumina novaseq.
Сервисные преимущества
●Эффективная и эффективная альтернатива WGBS: Включение анализа быть выполнено при более низких затратах и с более низкими требованиями выборки.
●Полная платформа:Предоставьте отличный сервис от обработки образцов, конструкции библиотеки и секвенирования до анализа биоинформатики.
●Обширный опыт: Благодаря успешному завершению проектов секвенирования RRBS в разнообразных видах, BMKGene приносит более десятилетия опыта, высококвалифицированную группу по анализу, всеобъемлющий контент и отличную поддержку после продажи.
Спецификации обслуживания
| Библиотека | Стратегия секвенирования | Рекомендуемый выход данных | Контроль качества |
| Расщепленная MSPI и бисульфита, обработанная библиотекой | Illumina PE150 | 8 ГБ | Q30 ≥ 85% Конверсия бисульфита> 99% Эффективность резки MSPI> 95% |
Требования к выборке
| Концентрация (нг/мкл) | Общее количество (мкг) |
| |
| Геномная ДНК | ≥ 30 | ≥ 1 | Ограниченная деградация или загрязнение |
Обслуживание рабочего перехода
Образец доставки
Библиотека строительство
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажные услуги
Включает следующий анализ:
● Сырой контроль качества секвенирования;
● Сопоставление на ссылку генома;
● Обнаружение 5 МС метилированных оснований и идентификации мотивов;
● Анализ распределения метилирования и сравнения образцов;
● Анализ дифференциально метилированных областей (DMR);
● Функциональная аннотация генов, связанных с DMRS.
Контроль качества: эффективность пищеварения (в картировании генома)
Контроль качества: преобразование бисульфита (при извлечении метилирования)
Карта метилирования: 5 МС метилирование по всему геному.
Сравнение образцов: анализ основных компонентов
Дифференциально метилированные области (DMRS) Анализ: тепловая карта
Исследуйте достижения в области исследований, облегченные услугами секвенирования бисульфита BMKGene, посредством кураторской коллекции публикаций.
Li, Z. et al. (2022) «Перепрограммирование высокой точки зрения в Leydig-подобные клетки с помощью активации CRISPR и факторов паракрины»,PNAS Nexus, 1 (4). doi: 10.1093/pnasnexus/pgac179.
Tian, H. et al. (2023) «Анализ метилирования ДНК в масштабах генома на составе тела у китайских монозиготных близнецов»,Европейский журнал клинических исследований, 53 (11), с. E14055. doi: 10.1111/eci.14055.
Wu, Y. et al. (2022) «Метилирование ДНК и соотношение талии к хипа: исследование ассоциации в широком эпигеноме на китайских монозиготических близнецах»,Журнал эндокринологического исследования, 45 (12), с. 2365–2376. doi: 10.1007/s40618-022-01878-4.
