Прокариотическое секвенирование РНК
Функции
● Обработка образца РНК включала истощение рРНК с последующим направленным препаратом библиотеки РНК.
● Биоинформатический анализ, основанный на выравнивании с эталонным геномом
● Анализ включает экспрессию генов и DEGS, а также структуру транскрипта и анализ SRNA
Сервисные преимущества
●Строгий контроль качества: Мы реализуем контрольные точки основного контроля на всех этапах, от подготовки образца и библиотеки до секвенирования и биоинформатики. Этот тщательный мониторинг обеспечивает доставку неизменно качественных результатов.
●Специфичные данные секвенирования: Из-за того, что подготовка библиотеки РНК является направленным, что обеспечивает идентификацию антисмысловых транскриптов.
●Полный анализ, адаптированный к прокариотической транскриптоме: Биоинформатический трубопровод включает не только анализ экспрессии генов, но и анализ структуры транскрипта, включая идентификацию оперов, UTR и промоторов. Он также включает анализ SRNAS, а именно аннотацию и прогнозирование вторичной структуры и целей.
●Пост-продажа поддержка: Наше обязательство выходит за рамки завершения проекта с 3-месячным периодом послепродажного обслуживания. В течение этого времени мы предлагаем последующее наблюдение за проектом, помощь в устранении неполадок и сеансы вопросов и ответов для решения любых запросов, связанных с результатами.
Требования к выборке и доставка
| Библиотека | Стратегия секвенирования | Данные рекомендуются | Контроль качества |
| РРНК -истощенная направленная библиотека | Illumina PE150 | 1-2 ГБ | Q30≥85% |
Требования к образцу:
| Конц. (Нг/мкл) | Количество (мкг) | Чистота | Честность |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8-2,0 OD260/230 = 1,0-2,5 Ограниченное или нет белка или загрязнения ДНК, показанного на геле. | Rin≥6,5 |
Рекомендуемая доставка образца
Контейнер: 2 мл центрифужная трубка (оловянная фольга не рекомендуется)
Образец маркировки: группа+репликация, например, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Отгрузка:
1. Сухой лен: образцы должны быть упакованы в мешки и похоронены в сухих льда.
2. Rnastable Tribes: Образцы РНК можно сушить в трубке стабилизации РНК (например, Rnastable®) и отправлены при комнатной температуре.
Обслуживание рабочего перехода
Образец доставки
Библиотека строительство
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажные услуги
Биоинформатический анализ рабочий процесс
Включает следующий анализ:
● Сырой контроль качества данных
● Выравнивание с эталонным геномом
● Оценка качества библиотеки: фрагментация РНК случайность, размер вставки и насыщение секвенирования
● Функциональная аннотация прогнозируемых кодирующих генов
● Анализ экспрессии: корреляция и анализ основных компонентов (PCA)
● Дифференциальная экспрессия генов (DEGS)
● Функциональная аннотация и обогащение DEGS
● Анализ SRNA: прогнозирование, аннотация, мишень и прогноз вторичной структуры
● Анализ структуры транскрипта: опероны, начальные и конечные позиции, неперечисленная область (UTS), промотор и анализ SNP/Indel
Насыщение секвенирования
Функциональная аннотация генов кодирования
Корреляция между образцами
Анализ дифференциальных экспрессированных генов (DEGS)
Функциональный анализ обогащения
аннотация SRNA
Исследуйте достижения, облегченные в этой публикации BMKGene нанопор.
Guan, CP et al. (2018) «Глобальные изменения транскриптома биоплентного образующегося стафилококка Epidermidis, отвечающих на общие алкалоиды Sophorea alopecuroides»,Польский журнал микробиологии, 67 (2), с. 223. DOI: 10.21307/PJM-2018-024.
