-
BMKMANU S3000_Пространственный транскриптом
Пространственная транскриптомика находится на переднем крае научных инноваций, позволяя исследователям углубляться в сложные закономерности экспрессии генов в тканях, сохраняя при этом их пространственный контекст. На основе различных платформ компания BMKGene разработала чип пространственной транскриптомы BMKManu S3000, обладающий повышенным разрешением 3,5 мкм, достигающий субклеточного диапазона и позволяющий настраивать многоуровневое разрешение. Чип S3000, имеющий около 4 миллионов точек, использует микролунки, покрытые шариками, загруженными датчиками захвата с пространственным штрих-кодом. Библиотека кДНК, обогащенная пространственными штрих-кодами, готовится из чипа S3000 и впоследствии секвенируется на платформе Illumina NovaSeq. Сочетание образцов с пространственным штрих-кодом и UMI обеспечивает точность и специфичность генерируемых данных. Чип BMKManu S3000 чрезвычайно универсален, предлагая многоуровневые настройки разрешения, которые можно точно настроить для различных тканей и желаемого уровня детализации. Такая адаптивность делает чип отличным выбором для разнообразных исследований пространственной транскриптомики, обеспечивая точную пространственную кластеризацию с минимальным шумом. Использование технологии сегментации клеток с BMKManu S3000 позволяет разграничивать данные транскрипции до границ клеток, что приводит к анализу, имеющему прямое биологическое значение. Кроме того, улучшенное разрешение S3000 приводит к большему количеству генов и UMI, обнаруживаемых на клетку, что позволяет гораздо более точно анализировать пространственные закономерности транскрипции и кластеризацию клеток.
-
Секвенирование одноядерной РНК
Разработка методов захвата отдельных клеток и создания пользовательских библиотек в сочетании с высокопроизводительным секвенированием произвела революцию в исследованиях экспрессии генов на клеточном уровне. Этот прорыв позволяет проводить более глубокий и всесторонний анализ сложных популяций клеток, преодолевая ограничения, связанные с усреднением экспрессии генов по всем клеткам, и сохраняя истинную гетерогенность внутри этих популяций. Хотя секвенирование одноклеточной РНК (scRNA-seq) имеет неоспоримые преимущества, оно сталкивается с проблемами в некоторых тканях, где создание одноклеточной суспензии оказывается затруднительным и требует свежих образцов. В BMKGene мы устраняем это препятствие, предлагая секвенирование одноядерной РНК (snRNA-seq) с использованием современной технологии 10X Genomics Chromium. Этот подход расширяет спектр образцов, поддающихся анализу транскриптома на уровне отдельных клеток.
Изоляция ядер осуществляется с помощью инновационного чипа 10X Genomics Chromium, оснащенного восьмиканальной микрофлюидной системой с двойными пересечениями. В этой системе гелевые шарики, включающие штрих-коды, праймеры, ферменты и одно ядро, инкапсулированы в капли масла размером нанолитр, образуя гелевые шарики в эмульсии (GEM). После образования GEM внутри каждого GEM происходит лизис клеток и высвобождение штрих-кода. Впоследствии молекулы мРНК подвергаются обратной транскрипции в кДНК, включая штрих-коды 10X и уникальные молекулярные идентификаторы (UMI). Эти кДНК затем подвергаются конструированию стандартной библиотеки секвенирования, что облегчает надежное и всестороннее исследование профилей экспрессии генов на уровне отдельных клеток.
Платформа: 10 × Genomics Chromium и платформа Illumina NovaSeq.
-
10 пространственных транскриптомов Genomics Visium
Пространственная транскриптомика — это передовая технология, которая позволяет исследователям исследовать закономерности экспрессии генов в тканях, сохраняя при этом их пространственный контекст. Одной из мощных платформ в этой области является 10x Genomics Visium в сочетании с секвенированием Illumina. Принцип 10X Visium заключается в использовании специализированного чипа с выделенной областью захвата, куда помещаются срезы тканей. Эта область захвата содержит пятна со штрих-кодом, каждое из которых соответствует уникальному пространству в ткани. Захваченные молекулы РНК из ткани затем помечаются уникальными молекулярными идентификаторами (UMI) во время процесса обратной транскрипции. Эти пятна со штрих-кодом и UMI обеспечивают точное пространственное картирование и количественную оценку экспрессии генов с разрешением одной клетки. Сочетание образцов с пространственным штрих-кодом и UMI обеспечивает точность и специфичность генерируемых данных. Используя эту технологию пространственной транскриптомики, исследователи могут получить более глубокое понимание пространственной организации клеток и сложных молекулярных взаимодействий, происходящих внутри тканей, предлагая бесценную информацию о механизмах, лежащих в основе биологических процессов во многих областях, включая онкологию, нейробиологию, биологию развития, иммунологию. и ботанические исследования.
Платформа: 10X Genomics Visium и Illumina NovaSeq.
