-
Сравнительная геномика
Сравнительная геномика включает изучение и сравнение полных последовательностей и структур генома разных видов. Эта область направлена на раскрытие эволюции видов, расшифровку функций генов и выяснение механизмов генетической регуляции путем выявления консервативных или дивергентных структур и элементов последовательностей в различных организмах. Комплексное сравнительное геномное исследование включает в себя такие анализы, как семейства генов, эволюционное развитие, события дупликации всего генома и влияние селективного давления.
-
Эволюционная генетика
Платформа популяционно-эволюционного генетического анализа создана на основе огромного опыта, накопленного в течение многих лет научно-исследовательской командой BMK. Это удобный инструмент, особенно для исследователей, не специализирующихся в области биоинформатики. Эта платформа обеспечивает базовый анализ, связанный с эволюционной генетикой, включая построение филогенетического дерева, анализ неравновесия по сцеплению, оценку генетического разнообразия, выборочный анализ, анализ родства, PCA, анализ структуры популяции и т. д.
-
Сборка генома на основе Hi-C
Hi-C — это метод, предназначенный для определения конфигурации хромосом путем сочетания исследования взаимодействий на основе близости и высокопроизводительного секвенирования. Считается, что интенсивность этих взаимодействий отрицательно коррелирует с физическим расстоянием на хромосомах. Таким образом, данные Hi-C используются для управления кластеризацией, упорядочиванием и ориентацией собранных последовательностей в черновом геноме и их закреплением на определенном количестве хромосом. Эта технология позволяет собирать геном на уровне хромосом при отсутствии популяционной генетической карты. Каждому геному нужен Hi-C.
-
Секвенирование генома растений/животных De Novo
Де НовоСеквенирование относится к созданию полного генома вида с использованием технологий секвенирования в отсутствие эталонного генома. Внедрение и широкое распространение секвенирования третьего поколения с более длинными прочтениями значительно улучшили сборку генома за счет увеличения перекрытия между прочтениями. Это улучшение особенно актуально при работе со сложными геномами, например, с высокой гетерозиготностью, высоким соотношением повторяющихся областей, полиплоидами и областями с повторяющимися элементами, аномальным содержанием GC или высокой сложностью, которые обычно плохо собираются с помощью секвенирования короткого считывания. один.
Наше универсальное решение предоставляет интегрированные услуги секвенирования и биоинформатического анализа, которые позволяют получить высококачественный геном, собранный de novo. Первоначальное исследование генома с помощью Illumina дает оценку размера и сложности генома, и эта информация используется для определения следующего этапа длительного секвенирования с помощью PacBio HiFi, после чегозановосборка контигов. Последующее использование сборки HiC позволяет прикрепить контиги к геному, получив сборку на уровне хромосом. Наконец, геном аннотируется путем предсказания генов и секвенирования экспрессируемых генов с использованием транскриптомов с короткими и длинными чтениями.
-
Секвенирование всего экзома человека
Секвенирование всего экзома человека (hWES) широко признано как экономически эффективный и мощный подход к секвенированию для точного выявления мутаций, вызывающих заболевания. Несмотря на то, что экзоны составляют лишь около 1,7% всего генома, они играют решающую роль, напрямую отражая профиль общих функций белка. Примечательно, что в геноме человека более 85% мутаций, связанных с заболеваниями, проявляются в кодирующих участках белка. BMKGENE предлагает комплексную и гибкую услугу по секвенированию всего экзома человека с двумя различными стратегиями захвата экзонов, доступными для достижения различных исследовательских целей.
-
Секвенирование специфичных локусных амплифицированных фрагментов (SLAF-Seq)
Высокопроизводительное генотипирование, особенно в крупных популяциях, является фундаментальным шагом в изучении генетических ассоциаций и обеспечивает генетическую основу для открытия функциональных генов, эволюционного анализа и т. д. Вместо глубокого повторного секвенирования всего генома,Секвенирование генома с уменьшенной репрезентацией (RRGS)часто используется в этих исследованиях для минимизации затрат на секвенирование на образец при сохранении разумной эффективности обнаружения генетических маркеров. RRGS достигает этого, расщепляя ДНК ферментами рестрикции и концентрируясь на определенном диапазоне размеров фрагментов, тем самым секвенируя только часть генома. Среди различных методологий RRGS секвенирование специфичных локусов амплифицированных фрагментов (SLAF) представляет собой настраиваемый и высококачественный подход. Этот метод, независимо разработанный BMKGene, оптимизирует набор ферментов рестрикции для каждого проекта. Это обеспечивает генерацию значительного количества SLAF-меток (областей секвенируемого генома 400-500 бит в секунду), которые равномерно распределены по геному, эффективно избегая при этом повторяющихся областей, что обеспечивает лучшее обнаружение генетических маркеров.
-
Готовые библиотеки Illumina
Технология секвенирования Illumina, основанная на Sequencing by Synthesis (SBS), является всемирно признанной инновацией NGS, ответственной за создание более 90% мировых данных секвенирования. Принцип SBS включает в себя визуализацию флуоресцентно меченных обратимых терминаторов при добавлении каждого dNTP и их последующем расщеплении, чтобы обеспечить включение следующего основания. Поскольку все четыре обратимых дНТФ, связанных с терминатором, присутствуют в каждом цикле секвенирования, естественная конкуренция сводит к минимуму систематическую ошибку включения. Эта универсальная технология поддерживает библиотеки как с одним чтением, так и с парными концами, обеспечивая широкий спектр геномных приложений. Высокая производительность и точность секвенирования Illumina делают его краеугольным камнем в исследованиях в области геномики, позволяя ученым разгадывать хитросплетения геномов с непревзойденной детализацией и эффективностью.
Наша служба секвенирования готовых библиотек позволяет клиентам готовить библиотеки секвенирования из различных источников (мРНК, весь геном, ампликоны, библиотеки 10x и другие). Впоследствии эти библиотеки могут быть отправлены в наши центры секвенирования для контроля качества и секвенирования на платформах Illumina.
