-
Наборы инструментов
BMKCloud — это ведущая биоинформационная платформа, предоставляющая универсальное решение для геномных программ, которой широко доверяют исследователи в различных областях, включая медицину, сельское хозяйство, экологию и т. д. BMKCloud стремится предоставлять интегрированные, надежные и эффективные услуги, включая платформы и инструменты биоинформатического анализа. , вычислительные ресурсы, общедоступная база данных, биоинформационные онлайн-курсы и т. д. BMKCloud имеет различные часто используемые биоинформационные инструменты, включая аннотацию генов, эволюционные генетические инструменты, нкРНК, контроль качества данных, сборку, выравнивание, извлечение данных, мутации, статистика, генератор фигур, анализ последовательностей и т. д.
-
Сборка бактериального генома de novo
Мы предоставляем полную услугу по сборке бактериального генома, гарантируя отсутствие пробелов. Это возможно за счет интеграции технологий секвенирования длинного считывания, таких как Nanopore и PacBio для сборки, и секвенирования короткого считывания с Illumina для проверки сборки и исправления ошибок считывания ONT. Наш сервис обеспечивает полный биоинформатический рабочий процесс, начиная со сборки, функциональной аннотации и расширенного биоинформационного анализа, достигая конкретных исследовательских целей. Эта услуга позволяет разрабатывать точные эталонные геномы для различных генетических и геномных исследований. Кроме того, он формирует основу для таких приложений, как оптимизация штаммов, генная инженерия и разработка микробных технологий, обеспечивая надежные и полные геномные данные, имеющие решающее значение для продвижения научных идей и биотехнологических инноваций.
-
малая РНК
Малые РНК представляют собой тип коротких некодирующих РНК со средней длиной 18-30 нт, включая микроРНК, миРНК и пиРНК. Сообщалось, что эти малые РНК участвуют в различных биологических процессах, таких как деградация мРНК, ингибирование трансляции, образование гетерохроматина и т. д. Анализ секвенирования малых РНК широко применяется в исследованиях развития животных/растений, болезней, вирусов и т. д. Малые РНК Платформа анализа секвенирования состоит из стандартного анализа и расширенного интеллектуального анализа данных. На основе данных секвенирования РНК стандартный анализ может обеспечить идентификацию и прогнозирование микроРНК, прогнозирование целевого гена микроРНК, аннотацию и анализ экспрессии. Расширенный анализ позволяет настраивать поиск и извлечение микроРНК, генерировать диаграммы Венна, создавать микроРНК и целевые генные сети.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS — это платформа для анализа повторного секвенирования всего генома, разработанная на основе богатого опыта в области биомаркерных технологий. Эта простая в использовании платформа позволяет быстро выполнить интегрированный рабочий процесс анализа, просто установив несколько основных параметров, которые подходят для данных секвенирования ДНК, генерируемых как с платформы Illumina, так и с платформы секвенирования BGI. Эта платформа развернута на высокопроизводительном вычислительном сервере, что обеспечивает высокоэффективный анализ данных за очень ограниченное время. Персонализированный анализ данных доступен на основе стандартного анализа, включая запрос мутировавшего гена, разработку праймера для ПЦР и т. д.
-
мРНК (ссылка)
Транскриптом — это связь между геномной генетической информацией и протеомом биологической функции. Регуляция уровня транскрипции является наиболее важным и наиболее широко изученным способом регуляции организмов. Секвенирование транскриптома позволяет секвенировать транскриптом в любой момент времени и при любых условиях с точностью до одного нуклеотида. Оно может динамически отражать уровень транскрипции генов, одновременно идентифицировать и количественно определять редкие и нормальные транскрипты, а также предоставлять структурную информацию о образцы конкретных транскриптов.
В настоящее время технология секвенирования транскриптома широко используется в агрономии, медицине и других областях исследований, включая регулирование развития животных и растений, адаптацию к окружающей среде, иммунное взаимодействие, локализацию генов, генетическую эволюцию видов, а также обнаружение опухолей и генетических заболеваний.
-
Метагеномика (NGS)
Эта аналитическая платформа предназначена для анализа метагеномных данных на основе многолетнего опыта. Он состоит из интегрированного рабочего процесса, содержащего различные часто необходимые метагеномные анализы, включая обработку данных, исследования на уровне видов, исследования на уровне функций генов, объединение метагеномов и т. д. Кроме того, в стандартном рабочем процессе анализа доступны настраиваемые инструменты интеллектуального анализа данных, включая запрос генов и видов. , настройка параметров, генерация персонализированных цифр и т. д.
-
днРНК
Длинные некодирующие РНК (днРНК) — это тип транскриптов длиной более 200 нт, которые не способны кодировать белки. Накопленные данные свидетельствуют о том, что большинство днРНК, скорее всего, будут функциональными. Технологии высокопроизводительного секвенирования и инструменты биоинформационного анализа позволяют нам более эффективно выявлять последовательности днРНК и информацию о позиционировании, а также открывать днРНК с важнейшими регуляторными функциями. BMKCloud с гордостью предоставляет нашим клиентам платформу для анализа секвенирования lncRNA, позволяющую проводить быстрый, надежный и гибкий анализ lncRNA.
-
ГВАС
Полногеномное исследование ассоциаций (GWAS) направлено на выявление генетических вариантов (генотипа), связанных с определенными признаками (фенотипом). Исследования GWA исследуют генетические маркеры, охватывающие весь геном большого количества людей, и прогнозируют ассоциации генотип-фенотип с помощью статистического анализа на уровне популяции. Полногеномное повторное секвенирование потенциально может обнаружить все генетические варианты. В сочетании с фенотипическими данными GWAS может быть обработан для идентификации связанных с фенотипом SNP, QTL и генов-кандидатов, что в значительной степени подтверждает современную селекцию животных/растений. SLAF — это самостоятельно разработанная упрощенная стратегия секвенирования генома, которая обнаруживает распределенные по всему геному маркеры, SNP. Эти SNP, как молекулярно-генетические маркеры, могут быть обработаны для исследований ассоциации с целевыми признаками. Это экономически эффективная стратегия выявления сложных признаков, связанных с генетическими вариациями.
-
Полноразмерная транскриптомика Nanopore
Сложные и изменчивые альтернативные изоформы в организмах являются важными генетическими механизмами регуляции экспрессии генов и разнообразия белков. Точная идентификация структур транскриптов является основой для углубленного изучения закономерностей регуляции экспрессии генов. Платформа секвенирования Nanopore успешно вывела транскриптомные исследования на уровень изоформ. Эта аналитическая платформа предназначена для анализа данных RNA-Seq, генерируемых на платформе Nanopore на основе эталонного генома, что обеспечивает качественный и количественный анализ как на уровне генов, так и на уровне транскриптов.
-
цирк-РНК
Циркулярная РНК (циркулярная РНК) представляет собой тип некодирующей РНК, которая, как недавно обнаружено, играет жизненно важную роль в регуляторных сетях, участвующих в развитии устойчивости к окружающей среде и т. д. В отличие от линейных молекул РНК, например мРНК, днРНК, 3' и 5' концы циркРНК соединены вместе, образуя кольцевую структуру, которая предохраняет их от расщепления экзонуклеазой и более стабильна, чем большая часть линейных РНК. Было обнаружено, что CircRNA выполняет разнообразные функции в регуляции экспрессии генов. ЦирРНК может действовать как церНК, которая конкурентно связывает микроРНК, известную как губка микроРНК. Платформа анализа секвенирования CircRNA позволяет анализировать структуру и экспрессию CircRNA, прогнозировать целевые показатели и проводить совместный анализ с другими типами молекул РНК.
-
БСА
Платформа группового сегрегантного анализа состоит из одноэтапного стандартного анализа и расширенного анализа с индивидуальной настройкой параметров. BSA — это метод, используемый для быстрой идентификации генетических маркеров, связанных с фенотипом. Основной рабочий процесс БСА включает в себя: 1. отбор двух групп особей с крайне противоположными фенотипами; 2. объединение ДНК, РНК или SLAF-seq (разработано Biomarker) всех людей для формирования двух объемов ДНК; 3. идентификация дифференциальных последовательностей относительно эталонного генома или между ними, 4. прогнозирование связанных областей-кандидатов с помощью алгоритма ED и SNP-индекса; 5. Функциональный анализ и обогащение генов в регионах-кандидатах и т. д. Также доступен более продвинутый анализ данных, включая скрининг генетических маркеров и разработку праймеров.
-
Ампликон (16S/18S/ИТС)
Платформа Amplicon (16S/18S/ITS) разработана с учетом многолетнего опыта в проектном анализе микробного разнообразия, который содержит стандартизированный базовый анализ и персонализированный анализ: базовый анализ охватывает основное содержание анализа текущих микробных исследований, содержание анализа является богатым и всеобъемлющим, а результаты анализа представляются в виде отчетов по проекту; Содержание персонализированного анализа разнообразно. Можно выбирать образцы и гибко устанавливать параметры в соответствии с базовым отчетом об анализе и целью исследования для реализации индивидуальных требований. Операционная система Windows, простая и быстрая.
-
Эволюционная генетика
Эволюционная генетика — это комплексная служба секвенирования, призванная предложить содержательную интерпретацию эволюции внутри большой группы людей на основе генетических вариаций, включая SNP, InDels, SV и CNV. Эта услуга включает в себя весь необходимый анализ, необходимый для выяснения эволюционных сдвигов и генетических характеристик популяций, включая оценку структуры популяций, генетического разнообразия и филогенетических взаимоотношений. Более того, он углубляется в исследования потока генов, что позволяет оценить эффективный размер популяции и время дивергенции. Исследования в области эволюционной генетики дают ценную информацию о происхождении и адаптации видов.
В BMKGENE мы предлагаем два направления проведения эволюционных генетических исследований на больших популяциях: использование полногеномного секвенирования (WGS) или выбор метода секвенирования генома с уменьшенным представлением — разработанного собственными силами метода амплифицированного фрагмента специфического локуса (SLAF). В то время как WGS подходит для небольших геномов, SLAF становится экономически эффективной альтернативой для изучения более крупных популяций с более длинными геномами, эффективно сводя к минимуму затраты на секвенирование.
