-
Метагеномное секвенирование -NGS
Метагеном — это совокупность всего генетического материала смешанного сообщества организмов, такого как метагеномы окружающей среды и человека. Он содержит геномы как культивируемых, так и некультивируемых микроорганизмов. Метагеномное секвенирование с помощью дробовика с помощью NGS позволяет изучать эти сложные геномные ландшафты, встроенные в образцы окружающей среды, обеспечивая больше, чем просто таксономическое профилирование, давая также детальное представление о разнообразии видов, динамике численности и сложных популяционных структурах. Помимо таксономических исследований, метагеномика дробовика также предлагает перспективу функциональной геномики, позволяющую исследовать закодированные гены и их предполагаемую роль в экологических процессах. Наконец, установление корреляционных сетей между генетическими элементами и факторами окружающей среды способствует целостному пониманию сложного взаимодействия между микробными сообществами и их экологическим фоном. В заключение отметим, что метагеномное секвенирование является ключевым инструментом для разгадки геномных сложностей различных микробных сообществ, освещая многогранные отношения между генетикой и экологией в этих сложных экосистемах.
Платформы: Illumina NovaSeq и DNBSEQ-T7.
-
Метагеномное секвенирование-TGS
Метагеном — это совокупность генетического материала смешанного сообщества организмов, например метагеномов окружающей среды и человека. Он содержит геномы как культивируемых, так и некультивируемых микроорганизмов. Метагеномное секвенирование позволяет изучать эти сложные геномные ландшафты, встроенные в экологические образцы, обеспечивая нечто большее, чем просто таксономическое профилирование. Он также предлагает взгляд на функциональную геномику, исследуя закодированные гены и их предполагаемую роль в процессах окружающей среды. В то время как традиционные подходы с секвенированием Illumina широко использовались в метагеномных исследованиях, появление Nanopore и долгосрочного секвенирования PacBio изменило эту область. Технологии Nanopore и PacBio расширяют возможности последующего биоинформационного анализа, в частности сборки метагенома, обеспечивая более непрерывную сборку. Отчеты показывают, что метагеномика на основе нанопор и PacBio успешно создала полные и закрытые бактериальные геномы из сложных микробиомов (Moss, EL и др., Nature Biotech, 2020). Интеграция считываний Nanopore со считываниями Illumina обеспечивает стратегический подход к исправлению ошибок, смягчая присущую Nanopore низкую точность. Эта синергетическая комбинация использует сильные стороны каждой платформы секвенирования, предлагая надежное решение для преодоления потенциальных ограничений и повышения точности и надежности метагеномного анализа.
Платформа: Nanopore PromethION 48, Illumia и PacBio Revio.
-
Полногеномное бисульфитное секвенирование (WGBS)
Полногеномное бисульфитное секвенирование (WGBS) является золотым стандартом методологии для углубленного изучения метилирования ДНК, в частности пятого положения цитозина (5-мЦ), основного регулятора экспрессии генов и клеточной активности. Принцип, лежащий в основе WGBS, включает обработку бисульфитом, вызывающую превращение неметилированных цитозинов в урацил (от C до U), оставляя при этом метилированные цитозины неизмененными. Этот метод обеспечивает одноосновное разрешение, что позволяет исследователям всесторонне исследовать метилом и выявлять аномальные закономерности метилирования, связанные с различными состояниями, особенно раком. Используя WGBS, ученые могут получить беспрецедентное понимание ландшафта метилирования всего генома, обеспечивая детальное понимание эпигенетических механизмов, которые лежат в основе различных биологических процессов и заболеваний.
-
Анализ хроматина, доступного для транспозазы, с высокопроизводительным секвенированием (ATAC-seq)
ATAC-seq — это высокопроизводительный метод секвенирования, используемый для полногеномного анализа доступности хроматина. Его использование обеспечивает более глубокое понимание сложных механизмов глобального эпигенетического контроля над экспрессией генов. В этом методе используется гиперактивная транспозаза Tn5 для одновременной фрагментации и маркировки открытых областей хроматина путем вставки адаптеров секвенирования. Последующая ПЦР-амплификация приводит к созданию библиотеки секвенирования, которая позволяет комплексно идентифицировать открытые области хроматина в определенных пространственно-временных условиях. ATAC-seq обеспечивает целостное представление о доступных ландшафтах хроматина, в отличие от методов, которые фокусируются исключительно на сайтах связывания транскрипционных факторов или конкретных областях, модифицированных гистонами. Секвенируя эти открытые области хроматина, ATAC-seq выявляет области, с большей вероятностью связанные с активными регуляторными последовательностями и потенциальными сайтами связывания факторов транскрипции, предлагая ценную информацию о динамической модуляции экспрессии генов по всему геному.
-
Секвенирование ампликонов 16S/18S/ITS-PacBio
Гены 16S и 18S рРНК вместе с областью внутреннего транскрибируемого спейсера (ITS) служат ключевыми маркерами молекулярного дактилоскопирования благодаря сочетанию высококонсервативных и гипервариабельных областей, что делает их бесценными инструментами для характеристики прокариотических и эукариотических организмов. Амплификация и секвенирование этих регионов предлагают безизолирующий подход для изучения микробного состава и разнообразия в различных экосистемах. Хотя секвенирование Illumina обычно нацелено на короткие гипервариабельные области, такие как V3-V4 16S и ITS1, было продемонстрировано, что превосходная таксономическая аннотация достижима путем секвенирования полной длины 16S, 18S и ITS. Этот комплексный подход приводит к увеличению процента точно классифицированных последовательностей, достигая уровня разрешения, который распространяется на идентификацию видов. Платформа для секвенирования одиночных молекул в реальном времени (SMRT) PacBio отличается тем, что обеспечивает высокоточные длинные считывания (HiFi), которые охватывают полноразмерные ампликоны, конкурируя по точности с секвенированием Illumina. Эта возможность позволяет исследователям получить непревзойденное преимущество — панорамный вид на генетический ландшафт. Расширенный охват значительно повышает разрешение аннотаций видов, особенно в бактериальных или грибковых сообществах, что позволяет глубже понять тонкости микробных популяций.
-
Секвенирование ампликонов 16S/18S/ITS-NGS
Секвенирование ампликонов с помощью технологии Illumina, специально нацеленное на генетические маркеры 16S, 18S и ITS, является мощным методом для раскрытия филогении, таксономии и численности видов в микробных сообществах. Этот подход включает секвенирование гипервариабельных областей генетических маркеров домашнего хозяйства. Первоначально представленный как молекулярный отпечаток пальцаВёзес и др.в 1977 году этот метод произвел революцию в профилировании микробиома, позволив проводить анализ без изоляции. С помощью секвенирования 16S (бактерии), 18S (грибы) и внутреннего транскрибируемого спейсера (ITS, грибы) исследователи могут идентифицировать не только распространенные виды, но также редкие и неопознанные. Широко распространенное в качестве основного инструмента секвенирование ампликонов стало инструментом выявления дифференциальных микробных составов в различных средах, включая рот человека, кишечник, стул и за его пределами.
-
Повторное секвенирование полного генома бактерий и грибов
Проекты по повторному секвенированию целого генома бактерий и грибов имеют решающее значение для развития микробной геномики, позволяя дополнять и сравнивать микробные геномы. Это облегчает разработку ферментации, оптимизацию промышленных процессов и исследование путей вторичного метаболизма. Кроме того, повторное секвенирование грибов и бактерий имеет решающее значение для понимания адаптации к окружающей среде, оптимизации штаммов и выявления динамики генетической эволюции, что имеет широкие последствия в медицине, сельском хозяйстве и науке об окружающей среде.
-
Полноразмерное секвенирование ампликонов PacBio 16S/18S/ITS
Платформа Amplicon (16S/18S/ITS) разработана с учетом многолетнего опыта в проектном анализе микробного разнообразия, который содержит стандартизированный базовый анализ и персонализированный анализ: базовый анализ охватывает основное содержание анализа текущих микробных исследований, содержание анализа является богатым и всеобъемлющим, а результаты анализа представляются в виде отчетов по проекту; Содержание персонализированного анализа разнообразно. Можно выбирать образцы и гибко устанавливать параметры в соответствии с базовым отчетом об анализе и целью исследования для реализации индивидуальных требований. Операционная система Windows, простая и быстрая.
-
Полноразмерный транскриптом PacBio (не эталонный)
Используя данные секвенирования изоформ Pacific Biosciences (PacBio) в качестве входных данных, это приложение способно идентифицировать полноразмерные последовательности транскриптов (без сборки). Сопоставляя полноразмерные последовательности с эталонным геномом, транскрипты можно оптимизировать по известным генам, транскриптам, кодирующим областям и т. д. В этом случае можно достичь более точной идентификации структур мРНК, например, путем альтернативного сплайсинга и т. д. Совместный анализ с данными секвенирования транскриптома NGS обеспечивает более полную аннотацию и более точную количественную оценку экспрессии на уровне транскрипта, что в значительной степени приносит пользу последующей дифференциальной экспрессии и функциональному анализу.
-
Бисульфитное секвенирование с уменьшенным представлением (RRBS)
Бисульфитное секвенирование с уменьшенным представлением (RRBS) стало экономичной и эффективной альтернативой полногеномному бисульфитному секвенированию (WGBS) в исследованиях метилирования ДНК. Хотя WGBS предоставляет исчерпывающую информацию, исследуя весь геном с единым базовым разрешением, его высокая стоимость может быть ограничивающим фактором. RRBS стратегически решает эту проблему, выборочно анализируя репрезентативную часть генома. Эта методология основана на обогащении областей, богатых CpG-островками, путем расщепления MspI с последующим выбором размера фрагментов 200-500/600 п.о. Следовательно, секвенируются только регионы, проксимальные к CpG-островкам, а регионы с удаленными CpG-островками исключаются из анализа. Этот процесс в сочетании с бисульфитным секвенированием позволяет обнаруживать метилирование ДНК с высоким разрешением, а метод секвенирования PE150 фокусируется конкретно на концах вставок, а не на середине, что повышает эффективность профилирования метилирования. RRBS — бесценный инструмент, который позволяет проводить экономически эффективные исследования метилирования ДНК и расширяет знания об эпигенетических механизмах.
-
Секвенирование прокариотической РНК
Секвенирование РНК дает возможность комплексного профилирования всех транскриптов РНК внутри клеток в определенных условиях. Эта передовая технология служит мощным инструментом, раскрывающим сложные профили экспрессии генов, генные структуры и молекулярные механизмы, связанные с разнообразными биологическими процессами. Секвенирование РНК, широко применяемое в фундаментальных исследованиях, клинической диагностике и разработке лекарств, позволяет глубже понять тонкости клеточной динамики и генетической регуляции. Наша обработка образцов прокариотической РНК адаптирована для прокариотических транскриптомов и включает в себя истощение рРНК и направленную подготовку библиотеки.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Метатранскриптомное секвенирование
Используя технологию секвенирования Illumina, служба метатранскриптомного секвенирования BMKGENE раскрывает динамическую экспрессию генов разнообразного множества микробов, от эукариот до прокариотов и вирусов, в естественных средах, таких как почва, вода, море, стул и кишечник. Наши комплексные услуги позволяют исследователям углубляться в полные профили экспрессии генов сложных микробных сообществ. Помимо таксономического анализа, наша служба секвенирования метатранскриптомов облегчает исследование функционального обогащения, проливая свет на дифференциально экспрессируемые гены и их роль. Откройте для себя множество биологических идей, путешествуя по сложным ландшафтам экспрессии генов, таксономического разнообразия и функциональной динамики в этих разнообразных экологических нишах.
-
Сборка генома грибов de novo
BMKGENE предлагает универсальные решения для геномов грибов, удовлетворяющие разнообразные исследовательские потребности и желаемую полноту генома. Использование только короткого секвенирования Illumina позволяет создать черновой вариант генома. Секвенирование с коротким и длинным считыванием с использованием Nanopore или Pacbio объединяется для более точного генома гриба с более длинными контигами. Более того, интеграция секвенирования Hi-C еще больше расширяет возможности, позволяя получить полный геном на уровне хромосом.
