-
Взаимодействие хроматина на основе Hi-C
Hi-C — это метод, предназначенный для определения конфигурации генома путем сочетания исследования взаимодействий на основе близости и высокопроизводительного секвенирования. Метод основан на сшивании хроматина формальдегидом с последующим расщеплением и повторным лигированием таким образом, что только фрагменты, которые ковалентно связаны, будут образовывать продукты лигирования. Секвенируя эти продукты лигирования, можно изучить трехмерную организацию генома. Hi-C позволяет изучить распределение частей генома, которые слабо упакованы (отделения А, эухроматин) и с большей вероятностью являются транскрипционно активными, а также областей, которые более плотно упакованы (отделения В, гетерохроматин). Hi-C также можно использовать для выявления топологически связанных доменов (TAD), областей генома, которые имеют складчатую структуру и, вероятно, имеют схожие паттерны экспрессии, а также для идентификации петель хроматина, областей ДНК, которые связаны между собой белками и которые часто обогащены регуляторными элементами. Служба секвенирования Hi-C BMKGene дает исследователям возможность исследовать пространственные аспекты геномики, открывая новые возможности для понимания регуляции генома и ее последствий для здоровья и болезней.
-
Секвенирование иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq)
Иммунопреципитация хроматина (CHIP) — это метод, который использует антитела для избирательного обогащения ДНК-связывающих белков и соответствующих им геномных мишеней. Его интеграция с NGS позволяет осуществлять полногеномное профилирование мишеней ДНК, связанных с модификацией гистонов, факторами транскрипции и другими ДНК-связывающими белками. Этот динамический подход позволяет сравнивать сайты связывания в различных типах клеток, тканях или состояниях. Область применения ChIP-Seq простирается от изучения регуляции транскрипции и путей развития до выяснения механизмов заболеваний, что делает его незаменимым инструментом для понимания ландшафтов регуляции генома и продвижения терапевтических идей.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Полногеномное бисульфитное секвенирование (WGBS)
Полногеномное бисульфитное секвенирование (WGBS) является золотым стандартом методологии для углубленного изучения метилирования ДНК, в частности пятого положения цитозина (5-мЦ), основного регулятора экспрессии генов и клеточной активности. Принцип, лежащий в основе WGBS, включает обработку бисульфитом, вызывающую превращение неметилированных цитозинов в урацил (от C до U), оставляя при этом метилированные цитозины неизмененными. Этот метод обеспечивает одноосновное разрешение, что позволяет исследователям всесторонне исследовать метилом и выявлять аномальные закономерности метилирования, связанные с различными состояниями, особенно раком. Используя WGBS, ученые могут получить беспрецедентное понимание ландшафта метилирования всего генома, обеспечивая детальное понимание эпигенетических механизмов, которые лежат в основе различных биологических процессов и заболеваний.
-
Анализ хроматина, доступного для транспозазы, с высокопроизводительным секвенированием (ATAC-seq)
ATAC-seq — это высокопроизводительный метод секвенирования, используемый для полногеномного анализа доступности хроматина. Его использование обеспечивает более глубокое понимание сложных механизмов глобального эпигенетического контроля над экспрессией генов. В этом методе используется гиперактивная транспозаза Tn5 для одновременной фрагментации и маркировки открытых областей хроматина путем вставки адаптеров секвенирования. Последующая ПЦР-амплификация приводит к созданию библиотеки секвенирования, которая позволяет комплексно идентифицировать открытые области хроматина в определенных пространственно-временных условиях. ATAC-seq обеспечивает целостное представление о доступных ландшафтах хроматина, в отличие от методов, которые фокусируются исключительно на сайтах связывания транскрипционных факторов или конкретных областях, модифицированных гистонами. Секвенируя эти открытые области хроматина, ATAC-seq выявляет области, с большей вероятностью связанные с активными регуляторными последовательностями и потенциальными сайтами связывания факторов транскрипции, предлагая ценную информацию о динамической модуляции экспрессии генов по всему геному.
-
Бисульфитное секвенирование с уменьшенным представлением (RRBS)
Бисульфитное секвенирование с уменьшенным представлением (RRBS) стало экономичной и эффективной альтернативой полногеномному бисульфитному секвенированию (WGBS) в исследованиях метилирования ДНК. Хотя WGBS предоставляет исчерпывающую информацию, исследуя весь геном с единым базовым разрешением, его высокая стоимость может быть ограничивающим фактором. RRBS стратегически решает эту проблему, выборочно анализируя репрезентативную часть генома. Эта методология основана на обогащении областей, богатых CpG-островками, путем расщепления MspI с последующим выбором размера фрагментов 200-500/600 п.о. Следовательно, секвенируются только регионы, проксимальные к CpG-островкам, а регионы с удаленными CpG-островками исключаются из анализа. Этот процесс в сочетании с бисульфитным секвенированием позволяет обнаруживать метилирование ДНК с высоким разрешением, а метод секвенирования PE150 фокусируется конкретно на концах вставок, а не на середине, что повышает эффективность профилирования метилирования. RRBS — бесценный инструмент, который позволяет проводить экономически эффективные исследования метилирования ДНК и расширяет знания об эпигенетических механизмах.
