Тепловая карта
Инструмент Heatmap принимает матричный файл данных в качестве входного и позволяет пользователям фильтровать, нормализовать и кластерные данные. Основным вариантом использования тепловых карт является кластерный анализ уровня экспрессии генов между различными образцами.
Аннотация гена
Инструмент аннотации генов выполняет аннотацию генов на основе выравнивания последовательностей входных файлов FASTA по различным базам данных.
Базовый инструмент поиска локального выравнивания (взрыв)
Инструмент Blast представляет собой интегрированную версию BMKCloud от NCBI Blast и может использоваться для выполнения тех же функций с использованием данных, загруженных в учетную запись BMKCloud.
CDS_UTR прогнозирование
Инструмент прогнозирования CDS_UTR предназначен для прогнозирования областей кодирования (CDS) и некодирующих областей (UTR) в заданных последовательностях транскриптов на основе результатов взрыва в отношении известных баз данных белков и результатов прогнозирования ORF.
Манхэттенский сюжет
Манхэттенский графический инструмент позволяет отображать эксперименты с высокой выборкой и обычно используется в исследованиях ассоциации по всему геному (GWAS).
Диаграмма цирок
Инструмент диаграммы Circos обеспечивает эффективную визуализацию того, как геномная особенность распределяется по всему геному. Общие функции включают количественные локусы, SNP, инделы, структурные варианты и число копий.
Обогащение генов онтология (GO)
Инструмент обогащения GO обеспечивает функциональный анализ обогащения. Основным программным обеспечением в этом инструменте является пакет Topgo-Bioconductor, который включает в себя дифференциальный анализ выражения, анализ обогащения GO и визуализацию результатов.
Анализ сетевой сети взвешенных генов (WGCNA)
WGCNA является широко используемым методом интеллектуального анализа данных для обнаружения модулей коэкспрессии генов. Это применимо к различным наборам данных экспрессии, включая данные экспрессии генов микрочипов и NGS.
Интерпроскан
Инструмент InterProscan обеспечивает анализ и классификацию последовательности интерпроте.
Go kegg обогащение
Инструмент обогащения GO KEGG - это дизайн для создания гистограммы обогащения GO, гистограммы обогащения KEGG и пути обогащения KEGG на основе предоставленного набора генов и соответствующей аннотации.