Полногеномное секвенирование растений/животных
Особенности сервиса
● Подготовка библиотеки может быть стандартной или без ПЦР.
● Доступен на 4 платформах секвенирования: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 или PacBio Revio.
● Биоинформатический анализ, ориентированный на выявление вариантов: SNP, InDel, SV и CNV.
Преимущества сервиса
●Обширная экспертиза и записи публикаций: Накопленный опыт секвенирования генома более 1000 видов привел к появлению более 1000 опубликованных случаев с совокупным импакт-фактором более 5000.
●Комплексный биоинформатический анализ: включая вызов вариантов и аннотацию функций.
● Послепродажная поддержка:Наши обязательства выходят за рамки завершения проекта и предусматривают трехмесячный период послепродажного обслуживания. В течение этого времени мы предлагаем дальнейшее сопровождение проекта, помощь в устранении неполадок и сеансы вопросов и ответов для решения любых вопросов, связанных с результатами.
●Комплексная аннотация: Мы используем несколько баз данных для функциональной аннотации генов с выявленными вариациями и выполняем соответствующий анализ обогащения, предоставляя информацию о нескольких исследовательских проектах.
Технические характеристики услуги
| Варианты, подлежащие идентификации | Стратегия секвенирования | Рекомендуемая глубина |
| СНП и ИнДел | Иллюмина НоваСек PE150 или МГИ Т7 | 10x |
| SV и CNV (менее точные) | 30x | |
| SV и CNV (точнее) | Нанопор Пром P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV и CNV | ПакБио Ревио | 10x |
Образцы требований
| Тканевые или экстрагированные нуклеиновые кислоты | Иллюмина/МГИ | Нанопор | ПакБио
| ||
| Внутренности животных | 0,5-1 г | ≥ 3,5 г
| ≥ 3,5 г
| ||
| Мышцы животных | ≥ 5 г
| ≥ 5 г
| |||
| Кровь млекопитающих | 1,5 мл | ≥ 0,5 мл
| ≥ 5 мл
| ||
| Кровь птицы/рыбы | ≥ 0,1 мл
| ≥ 0,5 мл
| |||
| Растение – Свежий лист | 1-2 г | ≥ 2 г
| ≥ 5 г
| ||
| Культивированные клетки |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Мягкие ткани насекомых/Особь | 0,5-1 г | ≥ 1 г
| ≥ 3 г
| ||
| Извлеченная ДНК
| Концентрация: ≥ 1 нг/мкл Количество: ≥ 30 нг Ограниченная деградация или загрязнение или их отсутствие
| Концентрация Количество
ОД260/280
ОД260/230
Ограниченная деградация или загрязнение или их отсутствие
| ≥ 40 нг/мкл 4 мкг/проточная кювета/образец
1,7-2,2
≥1,5 | Концентрация Количество
ОД260/280
ОД260/230
Ограниченная деградация или загрязнение или их отсутствие | ≥ 50 нг/мкл 10 мкг/проточная кювета/образец
1,7-2,2
1,8-2,5 |
| Подготовка библиотеки без ПЦР: Концентрация≥ 40 нг/мкл Сумма≥ 500 нг | |||||
Рабочий процесс обслуживания
Доставка образца
экстракция ДНК
Строительство библиотеки
Секвенирование
Анализ данных
Доставка данных
Включает в себя следующий анализ:
- Контроль качества необработанных данных
- Статистика соответствия эталонному геному
- Вариант идентификации: SNP, InDel, SV и CNV.
- Функциональная аннотация вариантов
Статистика соответствия эталонному геному – распределение глубины секвенирования
Вызов SNP среди нескольких выборок
Идентификация InDel - статистика длины InDel в регионе CDS и полногеномной области.
Распределение вариантов по геному - график Циркоса
Функциональная аннотация генов с идентифицированными вариантами – Онтология генов
Чай, К. и др. (2023) «Глутатион S-трансфераза GhTT19 определяет пигментацию лепестков цветов посредством регулирования накопления антоцианов в хлопке», Plant Biotechnology Journal, 21(2), стр. 433. дои: 10.1111/PBI.13965.
Ченг, Х. и др. (2023) «Геном дикой гевеи бразильской на хромосомном уровне предоставляет новые инструменты для геномной селекции и ценные локусы для повышения выхода каучука», Plant Biotechnology Journal, 21 (5), стр. 1058–1072. дои: 10.1111/PBI.14018.
Ли, А. и др. (2021) «Геном эстуарной устрицы дает представление о воздействии климата и адаптивной пластичности», Communications Biology 2021 4:1, 4(1), стр. 1–12. дои: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Цзэн Т. и др. (2022) «Анализ изменений генома и метилирования у местных китайских кур с течением времени дает представление о сохранении видов», Communications Biology, 5 (1), стр. 1–12. дои: 10.1038/s42003-022-03907-7.
