Секвенирование генома растений/животных de novo
De novoСеквенирование относится к построению всего генома вида с использованием технологий секвенирования в отсутствие эталонного генома. Введение и широкое распространение секвенирования третьего поколения с более длительным чтением имеют значительно усиление сборки генома за счет увеличения перекрытия между чтениями. Это улучшение особенно актуально при работе с сложными геномами, такими как те, которые проявляют высокую гетерозиготность, высокое соотношение повторяющихся областей, полиплоидов и областей с повторяющимися элементами, аномальным содержимым GC или высокой сложностью, которые обычно плохо собираются с использованием секвенирования короткого чтения, аномального один.
Наше универсальное решение предоставляет интегрированные услуги секвенирования и биоинформатический анализ, которые обеспечивают высококачественный сборщик DE novo. Первоначальный обзор генома с Illumina дает оценки размера и сложности генома, и эта информация используется для руководства следующим этапом длинно читаемого секвенирования с Pacbio Hifi, за которым следуетde novoсборка контигов. Последующее использование сборки HIC позволяет закреплять контиги к геному, получая сборку на уровне хромосомы. Наконец, геном аннотируется прогнозом генов и последовательно экспрессируемыми генами, прибегая к транскриптомам с коротким и длинным чтением.
Сервисные функции
● Интеграция множественных услуг секвенирования и биоинформации в одностороннем решении:
Обследование генома с Illumina для оценки размера генома и руководства последующими этапами;
Долгое чтение секвенирования дляde novoсборка контигов;
Секвенирование HI-C для привязки хромосом;
секвенирование мРНК для аннотации генов;
Валидация сборки.
● Служба, подходящая для построения новых геномов или улучшения существующих эталонных геномов для интересующих видов.
Сервисные преимущества
Разработка платформ секвенирования и биоинформатики вde novoСборка генома
(Amarasinghe sl et al.,Биология генома, 2020)
●Обширный опыт и запись публикации: BMKGene накопил огромный опыт в высококачественном сборке генома разнообразных видов, включая диплоидные геномы и очень сложные геномы полиплоидных и аллополиплоидных видов. С 2018 года мы внесли свой вклад в300 высокоэффективных публикаций, и 20 из них опубликованы в генетике природыПолем
● Однопопное решение: Наш интегрированный подход объединяет несколько технологий секвенирования и биоинформационный анализ в сплоченном рабочем процессе, обеспечивая высококачественный собранной геном.
●Адаптирован к вашим потребностям: Наш рабочий процесс обслуживания настраивается, что позволяет адаптация к геномам с различными функциями и конкретными потребностями в исследованиях. Это включает в себя размещение гигантских геномов, полиплоидные геномы, высоко гетерозиготные геномы и многое другое.
●Высококвалифицированная биоинформатика и лабораторная команда: с большим опытом как в экспериментальной, так и в биоинформатике фронта сложных сборок генома и серии патентов и авторских прав.
●Поддержка после продажи:Наше обязательство выходит за рамки завершения проекта с 3-месячным периодом послепродажного обслуживания. В течение этого времени мы предлагаем последующее наблюдение за проектом, помощь в устранении неполадок и сеансы вопросов и ответов для решения любых запросов, связанных с результатами.
Спецификации обслуживания
| Обзор генома | Сборка генома | Уровень хромосомы | Аннотация генома |
| 50x Illumina novaseq PE150
| 30x pacbio ccs hifi читает | 100x hi-c | RNA-Seq Illumina PE150 10 ГБ + (необязательный) Полная длина РНК-seq Pacbio 40 ГБ или Нанопора 12 ГБ |
Требования к обслуживанию
Для обследования генома, сборки генома и сборки HI-C:
| Ткани или экстрагированные нуклеиновые кислоты | Обзор генома | Сборка генома с Pacbio | HI-C Assembly |
| Животные внутренние | 0,5-1 г
| ≥ 3,5 г | ≥2 г |
| Мышцы животных | ≥ 5 г | ||
| Кровь млекопитающих | 1,5 мл
| ≥ 5 мл | ≥2 мл |
| Птица/рыбная кровь | ≥ 0,5 мл | ||
| Растение- свежий лист | 1-2 г | ≥ 5 г | ≥ 4 г |
| Культируемые клетки |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Насекомое | 0,5-1 г | ≥ 3 г | ≥ 2 г |
| Извлеченная ДНК | Концентрация: ≥1 нг/ мкл Количество ≥ 30 нг Ограниченное или нет деградации или загрязнения | Концентрация: ≥ 50 нг/ мкл Количество: 10 мкг/проточная ячейка/образец OD260/280 = 1,7-2,2 OD260/230 = 1,8-2,5 Ограниченное или нет деградации или загрязнения |
-
|
Для аннотации генома с транскриптомикой:
| Ткани или экстрагированные нуклеиновые кислоты | Transcriptom Illumina | Pacbio Transcriptome | Нанопор транскриптом |
| Растение- корень/стебель/лепесток | 450 мг | 600 мг | |
| Растение - лист/семя | 300 мг | 300 мг | |
| Растение - фрукты | 1,2 г | 1,2 г | |
| Сердце животного/кишечник | 300 мг | 300 мг | |
| Животные внутренние/мозг | 240 мг | 240 мг | |
| Мышцы животных | 450 мг | 450 мг | |
| Животные кости/волосы/кожа | 1 г | 1 г | |
| Членистоногие - насекомое | 6 | 6 | |
| Членистоногие -Крастацея | 300 мг | 300 мг | |
| Целая кровь | 1 трубка | 1 трубка | |
| Извлеченная РНК | Концентрация: ≥ 20 нг/ мкл Количество ≥ 0,3 мкг OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Рин≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Концентрация: ≥ 100 нг/ мкл Количество ≥ 0,75 мкг OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Рин≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Концентрация: ≥ 100 нг/ мкл Количество ≥ 0,75 мкг OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Рин≥ 7,5 5≥28S/18S≥1 |
Рекомендуемая доставка образца
Контейнер: 2 мл центрифужная трубка (оловянная фольга не рекомендуется)
(Для большинства образцов мы рекомендуем не сохранять в этаноле.)
Образец маркировки: образцы должны быть четко помечены и идентичны представленной образец информации.
Отгрузка: сухой лен: образцы должны быть упакованы в сумки сначала и похоронены в сухом льду.
Рабочий процесс
Обслуживание рабочего перехода
Дизайн эксперимента
Образец доставки
Экстракция ДНК
Библиотека строительство
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажные услуги
Полный биоинформационный анализ, разделенного на 4 шага:
1) Обследование генома, основанное на анализе K-MER с NGS Reads:
Оценка размера генома
Оценка гетерозиготности
Оценка повторяющихся регионов
2) Сборка генома с Pacbio Hifi:
De novoсборка
Оценка сборки: включая анализ BUSCO для полноты генома и отображения NGS и Pacbio Hifi Reads
3) Сборка HI-C:
Библиотека HI-C QC: оценка действительных взаимодействий HI-C
Сборка HI-C: кластеризация контигов в группах, за которыми следуют упорядочение CONTIG в каждой группе и назначение ориентации Contig
Оценка HI-C
4) аннотация генома:
Некодирующая РНК-прогноз
Идентификация повторяющихся последовательностей (транспозоны и тандемные повтора)
Прогноз гена
§De novo: Алгоритмы AB initio
§ На основании гомологии
§ На основании транскриптома, с длинными и короткими чтениями: чтенияde novoсобрано или нанесло на карту в черновик геном
§ Аннотация прогнозируемых генов с несколькими базами данных
1) Анализ генома- K-MER
2) Сборка генома
2) Сборка генома - Pacbio Hifi читает картирование для проекта сборки
2) Сборка HI-C-оценка действительных паров взаимодействия HI-C
3) HI-C пост-сборка
4) Аннотация генома - интеграция прогнозируемых генов
4) аннотация генома - предсказанная аннотация генов
Исследуйте достижения, облегченные службами Ассамблеи генома BMKGene, посредством кураторской коллекции публикаций:
Li, C. et al. (2021) «Последовательности генома выявляют глобальные маршруты рассеивания и предполагают конвергентные генетические адаптации в эволюции морских лошадей», Nature Communications, 12 (1). doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
Li, Y. et al. (2023) «Масштабные хромосомные изменения приводят к изменениям экспрессии на уровне генома, адаптации окружающей среды и видообразованию в Gayal (BOS Frontalis), молекулярная биология и эволюция, 40 (1). doi: 10.1093/molbev/msad006.
Tian, T. et al. (2023) «Сборка генома и генетическое рассечение выдающейся засухи засухи зародышевой плазмы», Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), с. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Чжан, Ф. и соавт. (2023) «Выявляющая эволюция биосинтеза алкалоида тропана путем анализа двух геномов в семействе Solanaceae», Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), с. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Сложные тематические исследования:
Тогомерскую сборку:Фу, А. и соавт. (2023) «Ассамблея генома с теломерной толомерой горькой дыни (Momordica Charantia L. var. Abbreviata ser.) Выявляет развитие фруктов, состав и созревание генетических характеристик», Исследование садоводства, 10 (1). doi: 10.1093/hr/uhac228.
Гаплотип сборка:Ху, В. и соавт. (2021) «Аллель определенный геном выявляет биаллельную дифференцировку во время эволюции маниоки», Молекулярное растение, 14 (6), с. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Гигантская сборка генома:Юань, Дж. И соавт. (2022) «Геномная основа гига-хромосомов и гига-геном дерева Peony Paeonia ostii ', Nature Communications 2022 13: 1, 13 (1), стр. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Полиплоидный геном сборка:Zhang, Q. et al. (2022) «Геномное понимание недавнего восстановления хромосомы автополиплаидного сахарного тростника Sccharum Spontaneum», Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), с. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
