Pacbio полноразмерный транскриптом

Полноразмерное секвенирование транскрипта Pacbio, ISOSEQ, обеспечивает точную идентификацию изоформ транскрипта, проливая свет на альтернативное полиаденилирование и сплайсинг и приводит к более точному анализу экспрессии генов. Полноразмерный транскриптом BMKCloud Pacbio предназначен для анализа библиотек кДНК, секвенированных в режиме круглого консенсуса (CCS) и идентифицирует полноразмерные нехимерные (FLNC) последовательности, которые затем кластеризуются в не избыточные транскрипты. Последующий анализ BUSCO оценивает полноту сборки транскриптома. Из собранного транскриптома выполняется множественный анализ: альтернативный сплайсинг, простые повторения последовательности (SSR), прогнозирование LncRNA и соответствующие гены -мишени, прогнозирование новых генов, анализ семейства генов, анализ транскрипционных факторов и функциональную аннотацию транскриптов.