PacBio 2+3 Полноразмерный раствор мРНК
Функции
● Дизайн исследования:
Объединенный образец секвенирован с помощью PacBio для идентификации изоформ транскрипта.
Отдельные образцы (повторные экземпляры и условия для тестирования), секвенированные с помощьюNGS для количественной оценки экспрессии транскриптов
● Секвенирование PacBio в режиме CCS, генерация считываний HiFi.
● Секвенирование полноразмерных транскриптов.
● Анализ не требует наличия эталонного генома; однако его можно использовать
● Биоинформатический анализ включает не только экспрессию на уровне генов и изоформ, но также анализ днРНК, слияний генов, полиаденилирования и структуры генов.
Преимущества
● Высокая точность: HiFi считывает с точностью >99,9% (Q30), что сопоставимо с NGS
● Альтернативный анализ сплайсинга.: секвенирование всех транскриптов позволяет идентифицировать и охарактеризовать изоформы.
● Сочетание сильных сторон PacBio и NGS.: позволяет количественно оценить экспрессию на уровне изоформы, раскрывая изменения, которые могут быть замаскированы при анализе всей экспрессии гена.
● Обширный опыт: имея за плечами более 1100 полноценных проектов транскриптома PacBio и обработку более 2300 образцов, наша команда привносит богатый опыт в каждый проект.
● Послепродажная поддержка: наши обязательства выходят за рамки завершения проекта и предусматривают трехмесячный период послепродажного обслуживания. В течение этого времени мы предлагаем дальнейшее сопровождение проекта, помощь в устранении неполадок и сеансы вопросов и ответов для решения любых вопросов, связанных с результатами.
Требования к образцам и доставка
| Библиотека | Стратегия секвенирования | Рекомендуемые данные | Контроль качества |
| Библиотека CCS мРНК, обогащенная PolyA | ПакБио Продолжение II ПакБио Ревио | 20/40 ГБ 5/10 М CCS | Q30≥85% |
| Поли А обогащенный | Иллюмина PE150 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Нуклеотиды
|
| Конц.(нг/мкл) | Количество (мкг) | Чистота | Честность |
| Библиотека Иллюмина | ≥ 10 | ≥ 0,2 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограниченное или полное отсутствие загрязнения белками или ДНК на геле. | Для растений: RIN≥4,0; Для животных: РИН≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограниченное или отсутствующее повышение базовой линии |
| Библиотека ПакБио | ≥ 100 | ≥ 1,0 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограниченное или полное отсутствие загрязнения белками или ДНК на геле. | Растения: RIN≥7,5 Животные: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; ограниченное или отсутствующее повышение базовой линии |
Рекомендуемая доставка образцов
Контейнер: центрифужная пробирка объемом 2 мл (не рекомендуется использовать фольгу).
Маркировка образца: Группа + повтор, например, А1, А2, А3; Б1, Б2, Б3.
Отгрузка:
1. Сухой лед:Пробы необходимо упаковать в мешки и закопать в сухой лед.
2. Пробирки RNAstable: образцы РНК можно сушить в пробирках для стабилизации РНК (например, RNAstable®) и транспортировать при комнатной температуре.
Включает в себя следующий анализ:
Контроль качества исходных данных
Альтернативный анализ полиаденилирования (APA)
Анализ транскрипта слияния
Альтернативный анализ сплайсинга
Сравнительный анализ универсальных однокопийных ортологов (BUSCO)
Новый анализ транскриптов: предсказание кодирующих последовательностей (CDS) и функциональная аннотация
Анализ днРНК: прогноз днРНК и мишеней
Микроспутниковая идентификация (SSR)
Анализ дифференциально экспрессируемых транскриптов (DET)
Анализ дифференциально экспрессируемых генов (DEG)
Функциональная аннотация DEG и DET
Анализ БУСКО
Альтернативный анализ сплайсинга
Альтернативный анализ полиаденилирования (APA)
Дифференциально экспрессируемые гены (DEG) и транскрипты (анализ DETs9)
Сети белок-белкового взаимодействия DET и DEG
Изучите достижения, достигнутые благодаря полноразмерному секвенированию мРНК PacBio 2+3 от BMKGene, с помощью тщательно подобранной коллекции публикаций.
Чао, К. и др. (2019) «Динамика развития транскриптома стебля Populus», журнал Plant Biotechnology Journal, 17 (1), стр. 206–219. дои: 10.1111/PBI.12958.
Дэн, Х. и др. (2022) «Динамические изменения содержания аскорбиновой кислоты во время развития и созревания плодов Actinidia latifolia (плодовая культура, богатая аскорбатом) и связанные с ними молекулярные механизмы», Международный журнал молекулярных наук, 23 (10), стр. 5808. дои: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Хуа, X. и др. (2022) «Эффективное предсказание генов пути биосинтеза, участвующих в биоактивных полифиллинах Парижской полифиллы», Communications Biology 2022 5:1, 5(1), стр. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Лю, М. и др. (2023) «Комбинированный анализ PacBio Iso-Seq и Illumina RNA-Seq анализа транскриптома Tuta absoluta (Meyrick) и генов цитохрома P450», Insects, 14 (4), p. 363. дои: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Ван, Лицзюнь и др. (2019) «Обзор сложности транскриптома с использованием анализа одиночных молекул PacBio в режиме реального времени в сочетании с секвенированием РНК Illumina для лучшего понимания биосинтеза рицинолевой кислоты у Ricinus communis», BMC Genomics, 20 (1), стр. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/РИСУНКИ/7.
