BMKCloud Войти
1

секвенирование мРНК (NGS) с эталонным геномом

百迈客云网站-11

секвенирование мРНК (NGS) с эталонным геномом

РНК-секвенирование — это стандартный инструмент в науках о жизни и растениеводстве, устраняющий разрыв между геномами и протеомами. Его сила заключается в обнаружении новых транскриптов и количественной оценке их экспрессии в одном анализе. Он широко используется для сравнительных транскриптомных исследований, проливающих свет на гены, связанные с различными признаками или фенотипами, например, для сравнения мутантов с дикими типами или выявления экспрессии генов в определенных условиях. Приложение BMKCloud mRNA (Reference) объединяет количественный анализ экспрессии, анализ дифференциальной экспрессии (DEG) и анализ структуры последовательностей в биоинформатический конвейер mRNA-seq (NGS) и объединяет сильные стороны аналогичного программного обеспечения, обеспечивая удобство и удобство для пользователя. Пользователи могут загружать свои данные секвенирования РНК в облако, где приложение предлагает комплексное универсальное решение для биоинформатического анализа. Кроме того, он уделяет приоритетное внимание обслуживанию клиентов, предлагая персонализированные операции с учетом конкретных потребностей пользователей. Пользователи могут самостоятельно устанавливать параметры и отправлять задание конвейера, проверять интерактивный отчет, просматривать данные/диаграммы и выполнять интеллектуальный анализ данных, например: выбор целевого гена, функциональную кластеризацию, построение диаграмм и т. д.

Результаты демо
Интеллектуальный анализ данных
Требование импорта
Основной анализ
Ссылка
Результаты демо

Интеллектуальный анализ данных

Требование импорта

Платформа:Иллюмина, MGI
Стратегия:РНК-Seq
Макет: Паритетные, чистые данные.
Тип библиотеки:fr-нецепь, fr-первая нить или fr-вторая нить
Длина чтения:150 б.п.
Тип файла:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz или *.fq.gz. Система будетавтоматически соединять файлы .fastq в соответствии с их именами,например, *_1.fastq в паре с *._2.fastq.
Количество образцов:Ограничений по количеству нетобразцов, но время анализа будет увеличиваться по мере увеличения количествавыборки растут.
Рекомендуемый объем данных:6G на образец

Основной анализ
Основные методы анализа и биоинформатические инструменты секвенирования мРНК (Справочник)трубопровод выглядит следующим образом:
1. Контроль качества исходных данных:
•Удаление некачественных последовательностей, адаптерных последовательностей,и т. д;
•Инструменты: собственная разработка;
2. Приведение данных в соответствие с эталонным геномом:
•Сопоставление считываний с помощью алгоритма, учитывающего сращивание, относительноэталонный геном.
•Инструменты:ХИСАТ2, Самтулс
3. Анализ качества библиотеки:
•Анализ длины вставки, анализ насыщенности последовательности и т.д.;
•Инструменты:Самтулс;
4. Анализ структуры последовательности:
• Альтернативный анализ сплайсинга, оптимизация структуры генов,предсказание новых генов и т. д.;
•Инструменты:Струнный галстук, gffcompare, ГАТК,АЛМАЗ, ИнтерПроСкан, иХММЕР.
5. Анализ дифференциальной экспрессии:
• Скрининг ДЭГ, анализ взаимосвязей, функциональныйобогащение;
Различные результаты визуализации;
RсСЭГсек, DESeq2, ggplot2, DEXSeq
Ссылка
1. Ким, Дэхван и др. «Выравнивание генома на основе графов игенотипирование с помощью HISAT2 и HISAT-генотипа».ПриродаБиотехнология37 (2019): 907–915.
2. Маккенна, Аарон и др. «Инструментарий для анализа генома:Платформа MapReduce для анализа ДНК следующего поколенияданные секвенирования».Геномные исследования20 9 (2010): 1297-303.
3. Ли, Хэн и др. «Формат выравнивания/карты последовательностей иСАМтулс».Биоинформатика25 (2009): 2078–2079.
4. Перцеа, Михаэла и др. «StringTie позволяет улучшитьреконструкция транскриптома по считываниям RNA-seq».ПриродаБиотехнология33 (2015): 290–295.
5. Лав, Майкл И. и др. «Умеренная оценка кратности изменения идисперсия данных секвенирования РНК с помощью DESeq2».ГеномБиология15 (2014): н. стр.
6. Эдди, Шон Р. «Ускоренный поиск профиля HMM».ПЛОС Вычислительная биология7 (2011): н. стр.

получить предложение

Напишите здесь свое сообщение и отправьте его нам

Отправьте нам сообщение: