Основные моменты
Для нас большая честь пригласить на этот двухчасовой вебинар шесть экспертов в области геномики сельскохозяйственных культур. Наши докладчики дадут углубленную интерпретацию двух геномных исследований ржи, которые были недавно опубликованы наПриродная генетика:
1. Сборка генома в масштабе хромосом дает представление о биологии, эволюции и агрономическом потенциале ржи.
2. Высококачественная сборка генома подчеркивает геномные характеристики ржи и агрономически важные гены.
Кроме того, мы рады видеть старшего научного сотрудника компании Biomarker Technologies, который поделится своим опытом сборки генома de novo.
Повестка дня
09:00 по центральноевропейскому времени
Приветственное слово
Чжэн Хун-кун
Основатель и генеральный директор Biomarker Technologies
Дэн Син-ван
Президент Школы передовых сельскохозяйственных наук Пекинского университета
09:15 утра
Повышение качества ржи, тритикале и пшеницы за счет использования высококачественной эталонной последовательности генома.
На этом вебинаре профессор Ван предоставил нам общую обновленную информацию о текущем статусе геномных исследований triticeae и продемонстрировал успех и прорывы двух выдающихся работ по исследованиям генома ржи, которые были недавно опубликованы в журнале Nature Genetics и представили все исследования. группы, возглавляющие и вносящие вклад в работы.
09:25 утра
Геномика зерновых @ IPK Gatersleben
Зерновые травы трибы Triticeae были основным источником пищи в регионах с умеренным климатом, которые долгое время считались горячей точкой в улучшении сельскохозяйственных культур и селекции. Среди всех культивируемых видов это племя известно своими чрезвычайно сложными геномными особенностями, включая большие размеры генома, высокое содержание TE, полиплоидию и т. д. На этой сессии профессор Нильс Штайн дал нам общее представление об IPK Gatersleben и современном состоянии зерновых культур. геномные исследования@IPK Gatersleben.
09:35 утра
Сборка генома в масштабе хромосом дает представление о биологии, эволюции и агрономическом потенциале ржи.
Доктор М. Тимоти Рабанус-Уоллес, Институт генетики растений и исследований плана посевов им. Лейбница (IPK)Рожь (Secale Cereale L.) — исключительно климатоустойчивая зерновая культура, широко используемая для производства улучшенных сортов пшеницы посредством интрогрессивной гибридизации и обладающая полным репертуаром генов, необходимых для гибридной селекции. Рожь аллогамна и одомашнена лишь недавно, что дает культивируемой ржи доступ к разнообразному и пригодному для использования дикому генофонду. Чтобы еще больше повысить агрономический потенциал ржи, мы создали аннотированную сборку генома ржи размером 7,9 Мбит в масштабе хромосом и тщательно проверили ее качество, используя набор молекулярно-генетических ресурсов. Мы демонстрируем применение этого ресурса с помощью широкого спектра исследований. Представлены данные о неполной генетической изоляции культурной ржи от диких сородичей, механизмах структурной эволюции генома, устойчивости к патогенам, устойчивости к низким температурам, системах контроля рождаемости при гибридной селекции, а также преимуществах урожайности от интрогрессии ржи и пшеницы.
10:05 утра
Высококачественная сборка генома подчеркивает геномные характеристики ржи и агрономически важные гены.
Рожь — ценная продовольственная и кормовая культура, важный генетический ресурс для улучшения пшеницы и тритикале, незаменимый материал для эффективных сравнительных геномных исследований трав. Здесь мы секвенировали геном ржи Вейнинг, элитного китайского сорта ржи. Собранные контиги (7,74 Гб) составляли 98,47% предполагаемого размера генома (7,86 Гб), при этом 93,67% контигов (7,25 Гб) относились к семи хромосомам. Повторяющиеся элементы составляли 90,31% собранного генома. По сравнению с ранее секвенированными геномами Triticeae, ретротранспозоны Daniela, Sumaya и Sumana показали сильное распространение во ржи. Дальнейший анализ сборки Вейнинга пролил новый свет на дупликации генов по всему геному и их влияние на гены биосинтеза крахмала, физическую организацию сложных локусов проламина, особенности экспрессии генов, лежащие в основе признака ранней колошения, а также предполагаемые хромосомные области и локусы, связанные с одомашниванием у ржи. Эта последовательность генома обещает ускорить исследования геномики и селекции ржи и родственных ей зерновых культур.
10:35 утра
Проблемы, решения и будущее сборки генома de novo
Геном высокого качества является основой геномных исследований. Хотя быстрое развитие секвенирования и алгоритмов позволило значительно упростить и повысить эффективность сборки генома, требования к точности и полноте сборки также растут по мере углубления исследовательских целей. В этом докладе я расскажу о популярных в настоящее время технологиях сборки генома, приведу несколько успешных случаев и взгляну на будущее развитие.
Время публикации: 08 января 2022 г.