Полноразмерное секвенирование транскриптома на основе нанопор
Секвенирование нанопор отличается от других платформ секвенирования тем, что нуклеотиды считываются напрямую, без синтеза ДНК, и генерирует длинные чтения в десятки килобаз. Это дает возможность прямого считывания полноразмерных транскриптов и решения проблем транскриптомных исследований.
√ Низкая погрешность, специфичная для последовательности
√ Полноразмерное считывание кДНК для изучения структуры гена
√ Для покрытия того же количества транскриптов требуется меньше данных
√ Идентификация нескольких изоформ одного гена
√ Количественная оценка экспрессии на уровне изоформ
Типичный конвейер биоинформатики
Последние успешные случаи использования биомаркерных технологий
1. Сравнительный анализ полноразмерных транскриптомов выявил динамику развития стебля Gnetum luofuense.
Журнал: Границы генетики
Опубликовано: март 2021 г.
Ключевые слова: МинИОН | Альтернативный сплайсинг | АПА | днРНК | Дифференциально экспрессируемые транскрипты
Читать полный текст
2. Однонаправленное перемещение малых РНК от побегов к корням в межвидовых гетеротрансплантатах.
Журнал: Природные растения
Опубликовано: январь 2021 г.
Ключевые слова: Нанопор | Иллюмина | полноразмерное обнаружение мобильной мРНК
3. Полноразмерный транскриптомный анализ корней спаржи раскрывает молекулярный механизм солеустойчивости, индуцируемой арбускулярными микоризными грибами.
Журнал: Экологическая и экспериментальная ботаника
Опубликовано: январь 2021 г.
Ключевые слова: МинИОН | Дифференциально экспрессируемые транскрипты | Факторы транскрипции | Альтернативный сплайсинг
4. Изменения физиологических характеристик и полноразмерный транскриптом корней и листьев розы (Rosa chinensis) в ответ на стресс, вызванный засухой.
Журнал: Физиология растений и клеток
Опубликовано: октябрь 2020 г.
Ключевые слова: ПрометИОН | Дифференциально экспрессируемые транскрипты | Функциональное прогнозирование | Сплайсированные изоформы | ТФ и днРНК
5. Анализ и всестороннее сравнение PacBio и секвенирования РНК транскриптома Arabidopsis на основе нанопор.
Журнал: Растительный метод
Опубликовано: апрель 2020 г.
Ключевые слова: GridION | ПрометИОН | ПакБио Продолжение | Иллюмина НоваСек | Выравнивание генома | Расшифровка идентификации | Альтернативный сплайсинг | ССР | днРНК | Количественное определение изоформ
Новости и основные моменты цель – поделиться последними успешными случаями с Biomarker Technologies, фиксируя новые научные достижения, а также выдающиеся методы, примененные в ходе исследования.
Время публикации: 08 января 2022 г.