Сборка генома T2T, геном без разрыва.
1stДва генома риса1
Название: Сборка и проверка двух контрольных геномов без разрывов для риса Xian/Indica раскрывает понимание архитектуры центра центромеры
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Опубликовано время: 1 января 2021 года.
Институт: Сельскохозяйственный университет Хуажонга, Китай
Материалы
О. Сатива Сянь/Индикасорта риса 'Zhenshan 97 (ZS97)' и 'Minghui 63 (MH63)
Стратегия секвенирования
NGS Reads + HiFi Reads + CLR Reads + Bionano + HI-C
Данные:
ZS97: 8,34 ГБ (~ 23x) Hifi Reads + 48,39 ГБ (~ 131x) CLR считывает + 25 ГБ (~ 69x) NGS + 2 клетки Bionano Irys
MH63: 37,88 ГБ (~ 103x) HIFI считывает + 48,97 ГБ (~ 132x) CLR считывает + 28 ГБ (~ 76x) NGS + 2 клетки Bionano Irys
Рисунок 1 Два безберических генома риса (MH63 и ZS97)
2ndБанановый геном2
Название: Теломер-толомерные хромосомы банана с использованием секвенирования нанопор
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Опубликовано время: 17 апреля 2021 года.
Институт: Université Paris-Saclay, Франция
Материалы
Двойной гаплоидМуса АкуминатасппMalaccensis(DH-Pahang)
Стратегия секвенирования и данные:
HISEQ2500 PE250 MODE+ MINION/ PROMETION (93GB, ~ 200X)+ Оптическая карта (DLE-1+ BSPQ1)
Таблица 1 Сравнение генома Musa Acuminata (DH-Pahang)
Рисунок 2 Сравнение архитектуры Musa Genomes
3rdPhaeodactylum tricornutum genome3
Название: Сборка генома Tolomere-to-TelomereP
Haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Время публикации: 04 мая 2021 г.
Институт: Западный университет, Канада
Материалы
Phaeodactylum tricornutum(Культурная коллекция водорослей и простейших CCAP 1055/1)
Стратегия секвенирования и данные:
1 Оксфордская нанопора протоковая ячейка + 2 × 75 парного среднего уровня среднего выхода NextSeq 550 Run
Рисунок 3 Рабочий процесс для сборки генома Tolomere-to-Telomere
4thЧеловеческий геном CHM134
Название: Полная последовательность человеческого генома
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Время публикации: 27 мая 2021 г.
Институт: Национальные институты здравоохранения (NIH), США
Материалы: Cell Line CHM13
Стратегия секвенирования и данные:
30 × Pacbio Circular Consus Sequencing (HIFI), 120 × Oxford Nanopore Supra-Long Sequencing Read, 100 × Illumina без ПЦР-секвенирования (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics HI-C (HI-C), Оптические карты Bionano, MAPS, Illumina / Arima HI-C (HI-C), Bionano Optical Map, Illumina / Arima HI-C (HI-C), Bionano, оптические карты Bionano, Illumina / Arima HI-C (HI-C), Bionano. и Strand-seq
Таблица 2 Сравнение GRCH38 и T2T-CHM13 Генома человека
Ссылка
1. Серги Нурк и соавт. Полная последовательность человеческого генома. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Каролин Belser et al. Теломерные хромосомы банана с использованием нанопор с использованием секвенирования нанопор. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3. Dadaniel J. Giguere et al. У сборка генома Tolomere-to-Telomere Phaeodactylum tricornutum. Biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song et al. Сборка и проверка двух контрольных геномов без пробелов для риса Xian/Indica выявляет понимание архитектуры центра центромеры. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Время сообщения: январь-06-2022