Нанопора Полноразмерный транскриптом

Секвенирование транскриптома нанопор — мощный метод секвенирования полноразмерных кДНК, позволяющий точно идентифицировать и количественно определять изоформы транскриптов. Полноразмерный транскриптомный конвейер BMKCloud Nanopore предназначен для анализа данных RNA-Seq, генерируемых на платформе Nanopore, в сравнении с высококачественным, хорошо аннотированным эталонным геномом, обеспечивая качественный и количественный анализ как на уровне генов, так и на уровне транскриптов. После контроля качества получают полноразмерные нехимерные (FLNC) последовательности, а консенсусные последовательности картируют с эталонным геномом для удаления избыточных транскриптов. Из этого набора транскриптов количественно оценивают экспрессию, идентифицируют и функционально аннотируют дифференциально экспрессируемые гены и транскрипты. В разработку также входят анализ альтернативного полиаденилирования (APA), анализ альтернативного сплайсинга, анализ повторов простых последовательностей (SSR), прогнозирование днРНК и соответствующих мишеней, прогнозирование кодирующих последовательностей (CDS), анализ семейства генов, анализ факторов транскрипции, прогнозирование новых генов. и функциональная аннотация транскриптов.