мРНК-сек (NGS) – De novo

Секвенирование мРНК позволяет профилировать все транскрипты мРНК в клетках в определенных условиях и является широко используемой технологией в различных областях исследований. Конвейер BMKCloud De novo mRNA-seq предназначен для анализа библиотек секвенирования, обогащенных поли-А, когда эталонный геном недоступен. Процесс начинается с контроля качества, за которым следуетзановосборка транскрипта и выбор набора унигенов. Анализ структуры унигена позволяет предсказать кодирующую последовательность (CDS) и повторы простой последовательности (SSR). Впоследствии анализ дифференциальной экспрессии обнаруживает дифференциально экспрессируемые гены (DEG) среди тестируемых условий с последующей функциональной аннотацией и обогащением DEG для извлечения биологической информации.