Сборка генома на основе Hi-C
Hi-C — это метод, предназначенный для определения конфигурации хромосом путем сочетания исследования взаимодействий на основе близости и высокопроизводительного секвенирования. Считается, что интенсивность этих взаимодействий отрицательно коррелирует с физическим расстоянием на хромосомах. Таким образом, данные Hi-C используются для управления кластеризацией, упорядочиванием и ориентацией собранных последовательностей в черновом геноме и их закреплением на определенном количестве хромосом. Эта технология позволяет собирать геном на уровне хромосом при отсутствии популяционной генетической карты. Каждому геному нужен Hi-C.
Особенности сервиса
● Секвенирование на Illumina NovaSeq с PE150.
● Для обслуживания требуются образцы тканей вместо извлеченных нуклеиновых кислот для перекрестной сшивки формальдегидом и сохранения взаимодействий ДНК-белок.
● Эксперимент Hi-C включает ограничение и восстановление концов липких концов с помощью биотина с последующей циркуляризацией полученных тупых концов с сохранением взаимодействия. Затем ДНК извлекают с помощью стрептавидиновых шариков и очищают для последующего приготовления библиотеки.
Преимущества сервиса
Обзор Hi-C
(Либерман-Эйден Е. и др.,Наука, 2009)
●Устранение необходимости в генетических популяционных данных:Hi-C заменяет важную информацию, необходимую для привязки контига.
●Высокая плотность маркеров:что приводит к высокому коэффициенту закрепления контигов, превышающему 90%.
●Обширная экспертиза и публикации:BMKGene имеет обширный опыт работы с более чем 2000 случаями сборки генома Hi-C от 1000 различных видов и различными патентами. Более 200 опубликованных случаев имеют совокупный импакт-фактор более 2000.
●Высококвалифицированная команда биоинформатиков:Благодаря собственным патентам и авторским правам на программное обеспечение для экспериментов Hi-C и анализа данных, программное обеспечение собственной разработки для визуализации данных позволяет вручную перемещать, реверсировать, отменять и повторять блоки.
●Послепродажная поддержка:Наши обязательства выходят за рамки завершения проекта и предусматривают трехмесячный период послепродажного обслуживания. В течение этого времени мы предлагаем дальнейшее сопровождение проекта, помощь в устранении неполадок и сеансы вопросов и ответов для решения любых вопросов, связанных с результатами.
●Комплексная аннотация: мы используем несколько баз данных для функциональной аннотации генов с выявленными вариациями и выполняем соответствующий анализ обогащения, предоставляя информацию о нескольких исследовательских проектах.
Технические характеристики услуги
| Подготовка библиотеки | Стратегия секвенирования | Рекомендуемый вывод данных | Контроль качества |
| Hi-C библиотека | Иллюмина НоваСек PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Образцы требований
| Салфетка | Требуемая сумма |
| Внутренности животных | ≥ 2 г |
| Мышцы животных | |
| Кровь млекопитающих | ≥ 2 мл |
| Кровь птицы/рыбы | |
| Растение – Свежий лист | ≥ 3 г |
| Культивированные клетки | ≥ 1x107 |
| Насекомое | ≥ 2 г |
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образца
Строительство библиотеки
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
1) Контроль качества исходных данных
2) Контроль качества библиотеки Hi-C: оценка действительных взаимодействий Hi-C.
3) Сборка Hi-C: кластеризация контигов в группы с последующим упорядочиванием контигов внутри каждой группы и заданием ориентации контигов.
4) Оценка Hi-C
Hi-C Library QC – оценка допустимых пар взаимодействия Hi-C.
Сборка Hi-C – статистика
Оценка после сборки – тепловая карта интенсивности сигнала между бункерами
Изучите достижения, достигнутые благодаря услугам по сборке Hi-C от BMKGene, с помощью тщательно подобранной коллекции публикаций.
Тиан Т. и др. (2023) «Сборка генома и генетическое исследование известной засухоустойчивой зародышевой плазмы кукурузы», Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), стр. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Ван, З.Л. и др. (2020) «Хромосомная сборка генома азиатской медоносной пчелы Apis cerana», Frontiers in Genetics, 11, стр. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Чжан Ф. и др. (2023) «Выявление эволюции биосинтеза тропановых алкалоидов путем анализа двух геномов семейства пасленовых», Nature Communications 2023 14:1, 14(1), стр. 1–18. дои: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Чжан X. и др. (2020) «Геномы баньянового дерева и осы-опылителя дают представление о коэволюции инжира и осы», Cell, 183(4), стр. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
