Взаимодействие хроматина на основе Hi-C
Особенности сервиса
● Секвенирование на Illumina NovaSeq с PE150.
● Для обслуживания требуются образцы тканей вместо извлеченных нуклеиновых кислот для перекрестной сшивки формальдегидом и сохранения взаимодействий ДНК-белок.
● Эксперимент Hi-C включает ограничение и восстановление концов липких концов с помощью биотина с последующей циркуляризацией полученных тупых концов с сохранением взаимодействия. Затем ДНК извлекают с помощью стрептавидиновых шариков и очищают для последующего приготовления библиотеки.
Преимущества сервиса
●Оптимальная конструкция рестрикционного фермента: обеспечить высокую эффективность Hi-C для разных видов с до 93% действительных пар взаимодействия.
●Обширная экспертиза и записи публикаций:BMKGene имеет обширный опыт работы с более чем 2000 проектами секвенирования Hi-C 800 различных видов и различными патентами. Более 100 опубликованных случаев с совокупным импакт-фактором более 900.
●Высококвалифицированная команда биоинформатики:с собственными патентами и авторскими правами на программное обеспечение для экспериментов Hi-C и анализа данных, а также самостоятельно разработанным программным обеспечением для визуализации данных.
●Послепродажная поддержка:Наши обязательства выходят за рамки завершения проекта и предусматривают трехмесячный период послепродажного обслуживания. В течение этого времени мы предлагаем дальнейшее сопровождение проекта, помощь в устранении неполадок и сеансы вопросов и ответов для решения любых вопросов, связанных с результатами.
●Комплексная аннотация: мы используем несколько баз данных для функциональной аннотации генов с выявленными вариациями и выполняем соответствующий анализ обогащения, предоставляя информацию о нескольких исследовательских проектах.
Технические характеристики услуги
| Библиотека | Стратегия последовательности | Рекомендуемый вывод данных | Разрешение сигнала Hi-C |
| Hi-C библиотека | Иллюмина PE150 | Хроматиновая петля: 150x ТЭД: 50x | Хроматиновая петля: 10Кб ТАД: 40Кб |
Требования к обслуживанию
| Тип образца | Требуемая сумма |
| Животные ткани | ≥2 г |
| Цельная кровь | ≥2 мл |
| Грибы | ≥1 г |
| Растение – молодая ткань | 1 г/аликвота, рекомендуется 2-4 аликвоты |
| Культивированные клетки | ≥1x107 |
Включает следующий анализ:
● Контроль качества исходных данных;
● Картирование и контроль качества библиотеки Hi-C: действительные пары взаимодействия и показатели затухания взаимодействия (IDE);
● Полногеномное профилирование взаимодействия: цис/транс-анализ и карта взаимодействия Hi-C;
● Анализ распределения отсеков A/B;
● Идентификация TAD и петель хроматина;
● Дифференциальный анализ элементов трехмерной структуры хроматина среди образцов и соответствующая функциональная аннотация связанных генов.
Пропорциональное распределение цис и транс
Тепловая карта хромосомных взаимодействий между образцами
Распределение компартментов A/B по всему геному
Распределение петель хроматина по всему геному
Визуализация ТАД
Изучите исследовательские достижения, которым способствуют услуги секвенирования Hi-C BMKGene, с помощью тщательно подобранной коллекции публикаций.
Мэн Т. и др. (2021) «Сравнительный интегрированный мультиомик-анализ идентифицирует CA2 как новую мишень для хордомы»,Нейроонкология, 23 (10), стр. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Сюй, Л. и др. (2021) «Трехмерная дезорганизация и перестройка генома дают представление о патогенезе НАЖБП с помощью интегрированного секвенирования Hi-C, нанопор и РНК»,Акта Фармасьютика Синика Б, 11(10), стр. 3150–3164. дои: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
