Геном генома de novo
BMKGENE предлагает универсальные решения для геномов грибков, удовлетворение разнообразных потребностей в исследованиях и желаемой полноты генома. Использование короткого чткого секвенирования Illumina только позволяет генерировать черновик генома. Короткие чтения и длинно читаемого секвенирования с использованием нанопоры или Pacbio объединяются для более изысканного грибкового генома с более длинными контигами. Кроме того, интеграция секвенирования HI-C дополнительно расширяет возможности, что позволяет достичь полного генома на уровне хромосомы.
Сервисные функции
С тремя возможными вариантами выбора в зависимости от желаемой степени полноты генома:
● Вариант черновика генома: коротко читаемое секвенирование с Illumina novaseq PE150.
● Опция генома генома:
Обзор генома: Illumina novaseq PE150.
Сборка генома: Pacbio Revio (Hifi Reads) или Nanopore Promethion 48.
● Геном геном на уровне хромосомы:
Обзор генома: Illumina novaseq PE150.
Сборка генома: Pacbio Revio (Hifi Reads) или Nanopore Promethion 48.
Кондиг-привязка с сборкой HI-C.
Сервисные преимущества
●Доступны многочисленные стратегии секвенирования: Для различных целей исследования и требований к полноте генома
●Полный рабочий процесс биоинформатики:Это включает в себя сборку генома и прогнозирование множественных геномных элементов, функциональной аннотации генов и закрепления контига.
●Обширный опыт: С собранием более 12 000 микробных геномов мы приносим более десятилетия опыта, высококвалифицированную группу по анализу, всеобъемлющий контент и отличную поддержку после продажи.
●Поддержка после продажи:Наше обязательство выходит за рамки завершения проекта с 3-месячным периодом послепродажного обслуживания. В течение этого времени мы предлагаем последующее наблюдение за проектом, помощь в устранении неполадок и сеансы вопросов и ответов для решения любых запросов, связанных с результатами.
Спецификации обслуживания
| Услуга | Стратегия секвенирования | Контроль качества |
| Черновик геном | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Прекрасный геном | Обследование генома: Illumina PE150 50 x Сборка: Pacbio Hifi 30x или Nanopore 100x | Contig N50 ≥1 МБ (Pacbio Unicellular) Contig N50 ≥2 МБ (Ont Unicellular) Contig N50 ≥500KB (другие) |
| Геном на уровне хромосом | Обследование генома: Illumina PE150 50 x Сборка: Pacbio Hifi 30x или Nanopore 100x HI-C Сборка 100x | Коэффициент привязки контига> 90%
|
Требования к обслуживанию
| Концентрация (нг/мкл) | Общее количество (мкг) | Объем (мкл) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,6 |
| Нанопора | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Одноклеточный гриб: ≥3,5x1010 ячейки
Макро -гриб: ≥10 г
Обслуживание рабочего перехода
Образец доставки
Библиотека строительство
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажные услуги
Включает следующий анализ:
Обследование генома:
- Секвенирование управления качеством данных
- Оценка генома: размер, гетерозиготность, повторяющиеся элементы
Тонкая сборка генома:
- Секвенирование управления качеством данных
- De novoСборка
- Анализ компонентов генома: прогнозирование CD и множественные геномные элементы
- Функциональная аннотация с несколькими общими базами данных (GO, KEGG и т. Д.) И расширенными базами данных (Card, VFDB и т. Д.)
HI-C Assembly:
- Оценка библиотеки HI-C.
- Контиги привязки кластеризации, заказы и ориентация
- Оценка сборки HI-C: на основе эталонного генома и тепловой карты
Обследование генома: распределение K-MER
Сборка генома: гомологичная аннотация гена (база данных NR)
Сборка генома: функциональная аннотация генов (GO)
Исследуйте достижения, облегченные Службами Ассамблеи генома BMKGENE, посредством кураторской коллекции публикаций.
Hao, J. et al. (2023) «Интегрированное омическое профилирование лекарственного гриба INONOTUS Obliquus при погруженных в погружение»,BMC Genomics, 24 (1), с. 1–12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/фигуры/3.
Lu, L. et al. (2023) «Секвенирование генома выявляет эволюцию и патогенные механизмы пшеничного патогенового ризоктонии Cerealis»,The Crop Journal, 11 (2), с. 405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) «Ресурсы генома для четырех видов Clarireedia, вызывая долларовое место на разнообразных газонах»,Болезнь растений, 107 (3), с. 929–934. doi: 10.1094/pdis-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) «Генетические и молекулярные доказательства системы спаривания тетраполярного спаривания в съедобном грибах Grifola Frondosa»,Журнал грибов, 9 (10), с. 959. doi: 10.3390/jof9100959/s1.
