Анализ эукариотической мРНК (доступны варианты на основе эталона и de novo)
Этот конвейер использует данные NGS RNA-Seq в качестве входных данных и выдает результаты нескольких последующих анализов, включая, помимо прочего: оценку качества данных секвенирования,зановоаннотация сайта транскрипции, анализ сплайсинга переменных, анализ дифференциальной экспрессии, аннотация функций и анализ обогащения.
Анализ длинных некодирующих РНК
Длинные некодирующие РНК (днРНК) представляют собой некодирующие транскрипты длиной более 200 нт, которые, как известно, играют роль в организации и регуляции хроматина. Технологии высокопроизводительного секвенирования и биоинформатика позволили нам понять последовательности днРНК и информацию о позиционировании, чтобы идентифицировать днРНК с важными регуляторными функциями. Этот конвейер обеспечивает анализ днРНК в дополнение к анализам, упомянутым в конвейере анализа мРНК эукариот.
Секвенирование ампликонов 16S/18S/ITS
Система анализа микробного разнообразия Amplicon Sequencing была разработана на основе многолетнего опыта проектов по анализу микробного разнообразия. В состав конвейера входит стандартизированный базовый анализ, который охватывает основное содержание анализа текущих микробных исследований и персонализированный анализ. Отчет об анализе является богатым и всеобъемлющим, с возможностью проведения разнообразного личного анализа. Кроме того, семплы и группы можно изменять «на лету» для дополнительной настройки и контроля.
Метагеномный анализ дробовика
Конвейер метагеномного анализа Shotgun использует данные NGS из смешанных геномных материалов, извлеченных из образцов окружающей среды. Включенный анализ предоставляет подробную информацию о разнообразии и численности видов, структуре популяций, филогенетических отношениях, функциональных генах и сетях корреляции с факторами окружающей среды.
Вариантный анализ NGS-WGS
Вариантный анализ NGS-WGS — это интегрированный конвейер обнаружения вариантов, который выполняет контроль качества данных, выравнивание последовательностей, аннотацию и анализ мутаций генов. Конвейер следует передовым практикам GATK для обнаружения SNP и InDel и использует Manta для вызова структурных вариантов.
Полногеномное исследование ассоциаций (GWAS)
Конвейер GWAS представляет собой последующий анализ, который в качестве входных данных принимает ранее созданные файлы VCF и соответствующие данные фенотипа для когорты людей. Используя специальные статистические методологии, GWAS стремится выявить вариации нуклеотидов по всему геному, коррелирующие с фенотипическими различиями. Он играет решающую роль в изучении функциональных генов, связанных со сложными заболеваниями человека и сложными особенностями растений и животных.
Анализ массовой сегрегации (BSA)
Анализ BSA включает объединение людей с крайними фенотипическими характеристиками из отдельной популяции. Сравнивая дифференциальные локусы между объединенными образцами, этот подход быстро идентифицирует тесно связанные молекулярные маркеры, связанные с генами-мишенями. Широко используемый при генетическом картировании растений и животных, он является ценным инструментом для селекции с использованием маркеров.
Эволюционно-генетический анализ
Рабочий процесс эволюционного генетического анализа использует обширный опыт BMKGENE в проектах генетической эволюции и включает построение филогенетических деревьев, анализ неравновесия по сцеплению, оценку генетического разнообразия, выборочную идентификацию выборки, анализ родства, анализ главных компонентов и характеристику структуры популяции.
