Эволюционная генетика
Сервисные преимущества
Такаги и др.,Заводский журнал, 2013
●Комплексный биоинформационный анализ:Включение оценки генетического разнообразия, которое отражает эволюционный потенциал видов и выявляет надежную филогенетическую связь между видами с минимизированным влиянием конвергентной эволюции и параллельной эволюции
●Дополнительный индивидуальный анализ: например, оценка времени и скорости дивергенции на основе изменений на уровне нуклеотидов и аминокислот.
●Обширные экспертизы и записи публикации: BMKGene более 15 лет накапливал массовый опыт в проектах по популяции и эволюционной генетике, охватывая тысячи видов и т. Д., И внес свой вклад в более чем 1000 проектов высокого уровня, опубликованных в природе, молекулярных растениях, журнале Biotechnology Plant и т. Д.
● Команда с высококвалифицированной биоинформатикой и короткий цикл анализа: С большим опытом в анализе передового геномики команда BMKGene проводит всесторонний анализ с быстрым временем обращения.
● Поддержка после продажи:Наше обязательство выходит за рамки завершения проекта с 3-месячным периодом послепродажного обслуживания. В течение этого времени мы предлагаем последующее наблюдение за проектом, помощь в устранении неполадок и сеансы вопросов и ответов для решения любых запросов, связанных с результатами.
Технические характеристики и требования услуг
| Тип секвенирования | Рекомендуемый масштаб населения | Стратегия секвенирования | Нуклеотидные требования |
| Секвенирование всего генома | ≥ 30 человек, с ≥ 10 человек из каждой подгруппы
| 10x | Концентрация: ≥ 1 нг/ мкл Общая сумма ≥ 30 нг Ограниченное или нет деградации или загрязнения |
| Специфический локус амплифицированный фрагмент (SLAF) | Глубина тега: 10x Количество тегов: <400 МБ: рекомендуется WGS <1 ГБ: 100K метки 1 ГБ > 2 ГБ: 300K теги Макс 500 тыс. Теги | Концентрация ≥ 5 нг/мкл Общая сумма ≥ 80 нг Nanodrop od260/280 = 1,6-2,5 Агарозный гель: нет или ограниченного деградации или загрязнения
|
Обслуживание рабочего перехода
Дизайн эксперимента
Образец доставки
Библиотека строительство
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажные услуги
Служба включает в себя анализ структуры популяции (филогенетическое дерево, PCA, диаграмма стратификации населения), разнообразие населения и отбор населения (неравновесное уравнение связей, селективный выбор полезных участков). Сервис также может включать индивидуальный анализ (например, время дивергенции, поток генов).
*Демо -результаты, показанные здесь, взяты из геномов, опубликованных с Bmkgene
1. Анализ эволюции содержит построение филогенетического дерева, структуры популяции и PCA на основе генетических вариаций.
Филогенетическое дерево представляет собой таксономические и эволюционные отношения между видами с общим предком.
PCA направлен на визуализацию близости между подпущными.
Структура популяции показывает наличие генетически различной субпопуляции с точки зрения частот аллелей.
Чен, et. Ал.,ПНА, 2020
2. Selective Sweep
Селективный разверток относится к процессу, с помощью которого выбирается выгодное место, и частоты связанных нейтральных участков увеличиваются, а частоты не связанных сайтов снижаются, что приводит к снижению региона.
Обнаружение по всему геному на селективных областях развертки обрабатывается путем расчета генетического индекса популяции (π ， FST, TJIMA D) всех SNP в скользящем окне (100 т) на определенном этапе (10 КБ).
Нуклеотидное разнообразие (π)
Таджима d
Индекс фиксации (FST)
Wu, et. Ал.,Молекулярное растение, 2018
3. Генерный поток
Wu, et. Ал.,Молекулярное растение, 2018
4. Демографическая история
Zhang, et. Ал.,Природа экология и эволюция, 2021
5. Время дивергенции
Zhang, et. Ал.,Природа экология и эволюция, 2021
Исследуйте достижения, которые облегчают эволюционные генетические услуги BMKGene посредством кураторской коллекции публикаций:
Hassanyar, AK et al. (2023) «Открытие молекулярных маркеров SNP и генов-кандидатов, связанных с резистентностью вируса сакбруда у личинок APIS Cerana CeranМеждународный журнал молекулярных наук, 24 (7). doi: 10.3390/ijms24076238.
Chai, J. et al. (2022) «Открытие дикого, генетически чистого китайского гиганта саламандры создает новые возможности для сохранения»,Зоологические исследования, 2022, Vol. 43, выпуск 3, страницы: 469-480, 43 (3), с. 469–480. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101.
Хан, М. и соавт. (2022) 'Филогеографическая картина и история эволюции населения коренного элимуса Сибирикуса Л. на плато Цинхай-Тибетского,Границы в науке о растениях, 13, с. 882601. DOI: 10.3389/fpls.2022.882601/bibtex.
Wang, J. et al. (2022) «Геномное понимание эволюции Лонгана из сборки генома на уровне хромосом и геномики популяции Longan Hearnsions»,Исследование садоводства, 9. doi: 10.1093/hr/uhac021.
