Секвенирование эукариотической мРНК-NGS
Функции
● Захват полимРНК перед подготовкой библиотеки.
● Дополнительная подготовка библиотеки направленной мРНК для получения данных секвенирования конкретной цепи.
● Биоинформатический анализ экспрессии генов и структуры транскриптов.
Преимущества
●Обширная экспертиза: Наша команда обработала в BMKgene более 600 000 образцов, охватывающих различные типы образцов, такие как клеточные культуры, ткани и жидкости организма. Мы привносим богатый опыт в каждый проект и успешно завершили более 100 000 проектов секвенирования мРНК в различных областях исследований.
●Строгий контроль качества: Мы реализуем основные контрольные точки на всех этапах: от подготовки образцов и библиотек до секвенирования и биоинформатики. Такой тщательный мониторинг обеспечивает неизменно высокое качество результатов, гарантируя, что ваш проект находится в надежных руках.
●Комплексная аннотация: Мы используем несколько баз данных для функциональной аннотации дифференциально экспрессируемых генов (DEG) и выполнения соответствующего анализа обогащения. Этот комплексный подход дает представление о клеточных и молекулярных процессах, лежащих в основе реакции транскриптома, гарантируя, что вы будете полностью информированы о результатах вашего проекта.
●Послепродажная поддержка: Наши обязательства выходят за рамки завершения проекта и предусматривают трехмесячный период послепродажного обслуживания. В течение этого времени мы предлагаем дальнейшее сопровождение проекта, помощь в устранении неполадок и сеансы вопросов и ответов для решения любых вопросов, связанных с результатами.
Требования к образцам и доставка
| Библиотека | Стратегия секвенирования | Рекомендуемые данные | Контроль качества |
| Поли А обогащенный | Иллюмина PE150 ДНБСЕК-Т7 | 6 -10 Гб | Q30≥85% |
Образец требований:
Нуклеотиды:
| Конц. (нг/мкл) | Количество (мкг) | Чистота | Честность | |
| Стандартная библиотека | ≥ 10 | ≥ 0,2 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограниченное или полное отсутствие загрязнения белками или ДНК на геле. | Для растений: RIN≥4,0; Для животных: РИН≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограниченное или отсутствующее повышение базовой линии |
| Направленная библиотека | ≥ 10 | ≥ 0,2 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограниченное или полное отсутствие загрязнения белками или ДНК на геле. | Для растений: RIN≥4,0; Для животных: РИН≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограниченное или отсутствующее повышение базовой линии |
● Растения:
Корень, стебель или лепесток: 450 мг
Лист или семя: 300 мг
Фрукты: 1,2 г
●Животное:
Сердце или кишечник: 300 мг
Внутренности или мозг: 240 мг
Мышцы: 450 мг
Кости, волосы или кожа: 1 г
● Членистоногие:
Насекомые: 6 г
Ракообразные: 300 мг
● Цельная кровь: 1 тюбик
● Ячейки: 106 клетки
Рекомендуемая доставка образцов
Контейнер: центрифужная пробирка объемом 2 мл (не рекомендуется использовать фольгу).
Маркировка образца: Группа + повтор, например, А1, А2, А3; Б1, Б2, Б3... ...
Отгрузка:
1. Сухой лед: Пробы необходимо упаковать в мешки и закопать в сухой лед.
2. Табличные пробирки для РНК: образцы РНК можно сушить в пробирках для стабилизации РНК (например, RNAstable®) и транспортировать при комнатной температуре.
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образца
экстракция РНК
Строительство библиотеки
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
Биоинформатика
Эукариотический Рабочий процесс анализа секвенирования мРНК
Биоинформатика
ØКонтроль качества исходных данных
ØВыравнивание эталонного генома
ØАнализ структуры транскрипта
ØКоличественная оценка экспрессии
ØАнализ дифференциальной экспрессии
ØАннотация и обогащение функций
Выравнивание эталонного генома
Насыщение данными
Корреляция выборок и оценка биологических повторов
Дифференциально экспрессируемые гены (DEG)
Функциональная аннотация DEG
Функциональное обогащение ДЭГ
Изучите достижения, достигнутые благодаря услугам BMKGene по секвенированию мРНК эукариотических NGS, с помощью тщательно подобранной коллекции публикаций.
Хуанг Л. и др. (2023) «Триклозан и триклокарбан ослабляют обонятельную способность золотых рыбок, ограничивая распознавание запахов, нарушая передачу обонятельных сигналов и нарушая обработку обонятельной информации», Water Research, 233, стр. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Цзя, LJ и др. (2023) «Aspergillus fumigatus захватывает человеческий p11, чтобы перенаправить содержащие грибы фагосомы на недеградационный путь», Cell Host & Microbe, 31(3), стр. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Джин, К. и др. (2022) «Факторы транскрипции TCP, участвующие в развитии побегов бамбука Ма (Dendrocalamus latiflorus Munro)», Frontiers in Plant Science, 13, стр. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Вэнь, X. и др. (2022) «Геном хризантемы lavandulifolium и молекулярный механизм, лежащий в основе различных типов головок», Horticultural Research, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Чжан, Юцзе и др. (2023) «Каскадный нанореактор для усиления сонодинамической терапии колоректального рака посредством синергетического увеличения АФК и блокирования аутофагии», Nano Today, 49, стр. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
