Секвенирование ДНК/РНК -Пакбио
Функции
Два режима секвенирования на секвенсоре Pacbio: непрерывное длинное чтение (CLR) и Circular Consensus Read (CCS)
| Режим секвенирования | Размер библиотеки | Теоретические данныеВыход (на клетку) | Один базТочность | Приложения |
| CLR | 20 КБ, 30 КБ и т. Д. | 80 ГБ до 130 ГБ | Примерно 85% | De novoSV Calling и т. Д. |
| CCS | 15-20 КБ | От 14 до 40 ГБ/ячейки (продолжение II) От 70 до 110 ГБ/клетки (Revio) Зависит от образцов | Примерно 99% | De novo, SNP/Indel/SV Calling, iso-seq, |
Сравнение производительности и особенностей Revio и продолжения II
| Условия | Система продолжения II | Система Revio | Увеличивать |
| Более высокая плотность | 8 миллионов ZMW | 25 миллионов ZMW | 3x |
| Независимые этапы | 1 | 4 | 4x |
| Более короткие времена пробега | 30 часов | 24 часа | 1,25x |
| 30x Hifi Human Genomes / год | 88 | 1300 | 15x в целом |
Сервисные преимущества
● Более 8 лет опыта на платформе секвенирования Pacbio с тысячами закрытых проектов с различными видами.
● Полностью оснащен новейшими платформами секвенирования Pacbio, Revio, чтобы гарантировать достаточную пропускную способность секвенирования.
● Более быстрое время поворота, более высокий выход данных и более точные данные.
● Предоставлено в сотни высокоэффективных публикаций на базе Pacbio.
Требования к выборке
| Тип примера | Количество | Концентрация (Qubit®) | Объем | Чистота | Другие |
| Геномная ДНК | Зависеть от требований к данным | ≥50 нг/мкл | ≥15 мкл | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230 = 1,8-2,5 ； Чистый пик при 260 нм ，Нет загрязнения | Концентрация должна быть измерена с помощью кубита и кубита/нанопор = 0,8-2,5 |
| Общая РНК | ≥1,2 мкг | ≥120 нг/мкл | ≥15 мкл | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5 ；Нет загрязнения | Значение RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Служба рабочего процесса
Приготовление образца
Библиотека строительство
Секвенирование
Анализ данных
Доставка проекта
1. Доходность данных
Данные, полученные из 63 клеток CCS (от 26 видов)
| ДАННЫЕ-Пакбио-CCS-15 кб | Средний | Максимум | Мин | Медиана |
| Уход - подчинки (ГБ) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS (GB) | 25,93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Полимераза N50 | 145 651 | 175 430 | 118,118 | 144,689 |
| Подподавни N50 | 17 509 | 23 924 | 12 485 | 17 584 |
| CCS N50 | 14 490 | 19 034 | 9 876 | 14 747 |
| Средняя длина полимераза | 67,995 | 89 379 | 49 664 | 66,433 |
| Средняя длина-подчинения | 15 866 | 21 036 | 11 657 | 16 012 |
| Средняя длина CCS | 14 489 | 19 074 | 8 575 | 14 655 |
Данные, полученные из 16 клеток CLR (из 76 видов)
| DATA-PACBIO-CLR-30 КБ | Средний | Максимум | Мин | Медиана |
| Уход - подчинки (ГБ) | 142.20 | 291.40 | 50,55 | 142.49 |
| Полимераза N50 | 39,456 | 121,191 | 15 389 | 35,231 |
| Подподавни N50 | 28 490 | 41 012 | 14 430 | 29 063 |
| Средняя длина полимераза | 22 063 | 48 886 | 8 747 | 21 555 |
| Средняя длина-подчинения | 17 720 | 27 225 | 8 293 | 17 779 |
2. Data QC - демонстрацияСтатистика по доходности данных
| Образец | CCS читает Num | Общие базы CCS (BP) | CCS читает N50 (BP) | Средняя длина CCS (BP) | CCS Самое длинное чтение (BP) | базы подчинений (BP) | Скорость CCS (%) |
| PB_BMKXXX | 3444,159 | 54,164,122 586 | 15 728 | 15 726 | 36,110 | 863 326,330,465 | 6.27 |
