Полноразмерное секвенирование мРНК -Пакбио
Функции
● Синтез кДНК из мРНК Poly-A с последующей подготовкой библиотеки
● Секвенирование в режиме CCS, генерируя чтения HiFi
● Секвенирование транскриптов полнометражных транскриптов
● Анализ не требует эталонного генома; Однако это может быть использовано
● Биоинформатический анализ позволяет анализировать транскрипты изоформы Lncrna, слияния генов, полиаденилирование и структуру генов
Сервисные преимущества
●Высокая точность: HiFi читает с точностью> 99,9% (Q30), сопоставимо с NGS
● Альтернативный анализ сплайсинга: Секвенирование всего транскриптов позволяет идентификацию и характеристику изоформ
●Обширный опыт: С учетом завершения более 1100 полнометражных транскриптомных проектов Pacbio и обработки более 2300 образцов наша команда приносит богатый опыт в каждый проект.
●Пост-продажа поддержка: Наше обязательство выходит за рамки завершения проекта с 3-месячным периодом послепродажного обслуживания. В течение этого времени мы предлагаем последующее наблюдение за проектом, помощь в устранении неполадок и сеансы вопросов и ответов для решения любых запросов, связанных с результатами.
Требования к выборке и доставка
| Библиотека | Стратегия секвенирования | Данные рекомендуются | Контроль качества |
| Библиотека MRNA CCS, обогащенная Polya | Pacbio продолжение II Pacbio Revio | 20/40 ГБ 5/10 м CCS | Q30≥85% |
Требования к образцу:
Нуклеотиды:
● Растения:
Корень, стебель или лепесток: 450 мг
Лист или семя: 300 мг
Фрукты: 1,2 г
● Животное:
Сердце или кишечник: 300 мг
Viscera или Brain: 240 мг
Мышца: 450 мг
Кости, волосы или кожа: 1G
● членистоногие:
Насекомые: 6G
Ракообразные: 300 мг
● Целая кровь: 1 трубка
● Клетки: 106 ячейки
| Конц. (Нг/мкл) | Количество (мкг) | Чистота | Честность |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Ограниченное или нет белка или загрязнения ДНК, показанного на геле. | Для растений: rin≥7,5; Для животных: rin≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; ограниченная или нет базовой высоты |
Рекомендуемая доставка образца
Контейнер: 2 мл центрифужная трубка (оловянная фольга не рекомендуется)
Образец маркировки: группа+репликация, например, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Отгрузка:
1. Сухой лен: образцы должны быть упакованы в мешки и похоронены в сухих льда.
2. Rnastable Tribes: Образцы РНК можно сушить в трубке стабилизации РНК (например, Rnastable®) и отправлены при комнатной температуре.
Обслуживание рабочего перехода
Дизайн эксперимента
Образец доставки
РНК -экстракция
Библиотека строительство
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажные услуги
Включает следующий анализ:
● Сырой контроль качества данных
● альтернативный анализ полиаденилирования (APA)
● Анализ транскрипции слияния
● Альтернативный анализ сплайсинга
● Анализ сравнительного анализа универсальных однокопирующих ортологов (BUSCO)
● Новый анализ транскриптов: прогнозирование кодирующих последовательностей (CDS) и функциональная аннотация
● Анализ LNCRNA: прогнозирование LNCRNA и мишеней
● Идентификация микросателитов (SSR)
Busco Analysis
Альтернативный анализ сплайсинга
Альтернативный анализ полиаденилирования (APA)
Функциональная аннотация новых транскриптов
Исследуйте достижения, облегченные в этой публикации BMKGene нанопор.
MA, Y. et al. (2023) «Сравнительный анализ методов секвенирования РНК PACBIO и ONT РНК для идентификации яда Nemopilema Nomurai», Genomics, 115 (6), p. 110709. DOI: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) «Динамика развития транскриптома ствола населения», Журнал Biotechnology Plant Biotechnology, 17 (1), с. 206–219. doi: 10.1111/pbi.12958.
Deng, H. et al. (2022) «Динамические изменения содержания аскорбиновой кислоты во время развития фруктов и созревания актинидий Latifolia (богатый аскорбатом фруктов) и связанных молекулярных механизмов», Международный журнал молекулярных наук, 23 (10), с. 5808. DOI: 10.3390/ijms23105808/s1.
Hua, X. et al. (2022) «Эффективное прогнозирование генов путей биосинтеза, участвующих в биоактивных полифиллинах в Париже Полифилла», Биология связи 2022 5: 1, 5 (1), с. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Лю, М. и соавт. (2023) «Комбинированный анализ Pacbio iso-seq и illumina rna-seq транскриптома Tuta Absoluta (Meyrick) и генов цитохрома P450», насекомые, 14 (4), с. 363. doi: 10.3390/насекомые14040363/s1.
Wang, Lijun et al. (2019) «Обзор сложности транскриптома с использованием анализа в реальном времени в реальном времени Pacbio в сочетании с секвенированием РНК Illumina для лучшего понимания биосинтеза рицинолевой кислоты в Ricinus communis ', BMC Genomics, 20 (1), с. 1–17. doi: 10.1186/s12864-019-5832-9.
