Сравнительная геномика
Преимущества сервиса
●Обширная экспертиза и записи публикаций: с учетом накопленного BMKGene завершила более 90 проектов сравнительной геномики, совокупный импакт-фактор достиг 900.
●Комплексный биоинформатический анализ: пакет анализов содержит восемь наиболее часто требуемых анализов, предоставляя хорошо продуманные, готовые к публикации цифры и позволяющие легко интерпретировать результаты.
●Высококвалифицированная команда биоинформатики и короткий цикл анализа: обладая большим опытом сравнительного геномного анализа, команда BMKGene выполняет разнообразные требования к персонализированному анализу в короткие сроки.
●Послепродажная поддержка:Наши обязательства выходят за рамки завершения проекта и предусматривают трехмесячный период послепродажного обслуживания. В течение этого времени мы предлагаем дальнейшее сопровождение проекта, помощь в устранении неполадок и сеансы вопросов и ответов для решения любых вопросов, связанных с результатами.
Технические характеристики услуги
| Ориентировочное время выполнения | Количество видов | Анализы |
| 30 рабочих дней | 6–12 | Кластеризация семейства генов Расширение и сокращение семейства генов Построение филогенетического дерева Оценка времени дивергенции (требуется калибровка окаменелостей) Время вставки LTR (для растений) Полное дублирование генома (для растений) Избирательное давление Синтенный анализ |
Биоинформатический анализ
● Семья Джин
● Филогенетика
● Время расхождения
● Избирательное давление
● Синтенный анализ
Требования к образцам и доставка
Образец требований:
Ткань или ДНК для секвенирования и сборки генома
Для тканей
| Разновидность | Салфетка | Опрос | ПакБио CCS |
| Животное | Висцеральная ткань | 0,5 ~ 1 г | ≥ 3,5 г |
| Мышечная ткань | |||
| ≥ 5,0 г | |||
| ≥ 5,0 мл | |||
| Кровь млекопитающих | |||
| ≥ 0,5 мл | |||
| Кровь птицы/рыбы | |||
| Растение | Свежий лист | 1 ~ 2 г | ≥ 5,0 г |
| Лепесток/Стебель | 1 ~ 2 г | ≥ 10,0 г | |
| Корень/Семя | 1 ~ 2 г | ≥ 20,0 г | |
| Клетки | Культивированная клетка | - | ≥ 1 х 108 |
Данные
Файлы последовательности генома (.fasta) и файлы аннотаций (.gff3) близкородственных видов.
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образца
Строительство библиотеки
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
*Показанные здесь демонстрационные результаты взяты из геномов, опубликованных с помощью Biomarker Technologies.
1. Оценка времени вставки LTR: на рисунке показано уникальное бимодальное распределение времени вставки LTR-RT в геном ржи Вейнинг по сравнению с другими видами. Самый последний пик появился около 0,5 миллиона лет назад.
Ли Гуан и др.,Природная генетика, 2021 г.
2. Анализ филогении и семейства генов чайота (Sechium edule). Анализируя чайот и другие 13 родственных видов генного семейства, чайот оказался наиболее тесно связанным со змеиной тыквой (Trichosanthes anguina). Чайот, полученный из змеиной тыквы примерно 27–45 млн лет назад, а дупликация всего генома (WGD) наблюдалась у чайота через 25 ± 4 млн лет назад, что является третьим событием WGD среди тыквенных.
Фу А и др.,Исследования в области садоводства, 2021 г.
3. Синтенный анализ: некоторые гены, связанные с фитогормонами в развитии плодов, были обнаружены у чайота, змеиной тыквы и тыквы. Корреляция между чайотом и тыквой немного выше, чем между чайотом и змеиной тыквой.
Фу А и др.,Исследования в области садоводства, 2021 г.
4. Анализ семейства генов: обогащение KEGG при расширении и сокращении семейства генов в геномах G.thurberi и G.davidsonii показало, что гены, связанные с биосинтезом стероидов и биосинтезом брассиностероидов, были расширены.
Ян Цз и др.,БМК Биология, 2021 г.
5. Анализ дупликации всего генома: анализ распределения 4DTV и Ks показал событие дупликации всего генома. Пики внутривидового развития свидетельствуют о событиях дупликации. Пики межвидового взаимодействия отражают события видообразования. Анализ показал, что по сравнению с тремя другими близкородственными видами, O. europaea в последнее время претерпел крупномасштабную дупликацию генов.
Рао Дж и др.,Исследования в области садоводства, 2021 г.
Дело БМК
Роза без колючек: геномные открытия, связанные с адаптацией к влаге
Опубликовано: Национальный научный обзор, 2021 г.
Стратегия секвенирования:
'Бейси'сбез шипов' (Р.Вичурайнан) геном:
Прибл. 93 X PacBio + ок. 90 X нанопор + 267 X Illumina
Ключевые результаты
1. Высококачественный геном R.wichuraiana был создан с использованием методов секвенирования длительного считывания, в результате чего размер сборки составил 530,07 МБ (оценочный размер генома составил примерно 525,9 МБ по данным проточной цитометрии и 525,5 по данным исследования генома; Гетерозиготность составила около 1,03%). Оценка BUSCO составила 93,9%. По сравнению с «Старым румянцем» (haploOB) качество и полнота этого генома были подтверждены базовой однобазовой точностью и индексом сборки LTR (LAI=20,03). Геном R.wichuraiana содержит 32 674 гена, кодирующих белок.
2. Совместный мультиомный анализ, включающий сравнительную геномику, транскриптомику и анализ QTL генетической популяции, выявил решающее видообразование между R. wichuraiana и Rosa chinensis. Кроме того, вариации экспрессии родственных генов в QTL, вероятно, будут связаны с формированием паттерна шипов на стебле.
Сравнительный геномный анализ между Basye's Thornless и Rosa chinensis, включая анализ синтении, кластер семейства генов, анализ расширения и сжатия, выявил большое количество вариаций, которые связаны с важнейшими признаками роз. Уникальное расширение семейства генов NAC и FAR1/FRS, скорее всего, было связано с устойчивостью к черной пятнистости.
Сравнительный геномный анализ геномов BT и haploOB.
Чжун М. и др. «Роза без колючек: геномные идеи, связанные с адаптацией к влажности»Национальный научный обзор, 2021;, nwab092.
